تسلسل الجينوم الكامل للنبات/الحيوان
مميزات الخدمة
● يمكن أن يكون إعداد المكتبة قياسيًا أو خاليًا من تفاعل البوليميراز المتسلسل
● متوفر في 4 منصات تسلسلية: Illumina NovaSeq، أو MGI T7، أو Nanopore Promethion P48، أو PacBio Revio.
● يركز تحليل المعلومات الحيوية على اكتشاف المتغيرات: SNP وInDel وSV وCNV
مزايا الخدمة
●خبرة واسعة وسجلات النشر: أدت الخبرة المتراكمة في تسلسل الجينوم لأكثر من 1000 نوع إلى نشر أكثر من 1000 حالة مع عامل تأثير تراكمي يزيد عن 5000.
●التحليل الشامل للمعلوماتية الحيوية: بما في ذلك استدعاء الاختلاف والتعليق التوضيحي للوظيفة.
● دعم ما بعد البيع:ويمتد التزامنا إلى ما هو أبعد من استكمال المشروع بفترة خدمة ما بعد البيع مدتها 3 أشهر. خلال هذا الوقت، نقدم متابعة المشروع، والمساعدة في استكشاف الأخطاء وإصلاحها، وجلسات أسئلة وأجوبة لمعالجة أي استفسارات تتعلق بالنتائج.
●شرح شامل: نحن نستخدم قواعد بيانات متعددة لتعليق الجينات وظيفيًا مع الاختلافات المحددة وإجراء تحليل التخصيب المقابل، مما يوفر رؤى حول مشاريع بحثية متعددة.
مواصفات الخدمة
| المتغيرات التي سيتم تحديدها | استراتيجية التسلسل | العمق الموصى به |
| SNP و إندل | إلومينا نوفا سيك بي إي 150 أو إم جي آي T7 | 10x |
| SV وCNV (أقل دقة) | 30x | |
| SV وCNV (أكثر دقة) | نانوبور حفلة موسيقية P48 | 20x |
| تعدد الأشكال (SNPs)، وIndels، وSV، وCNV | باكبيو ريفيو | 10x |
متطلبات العينة
| الأنسجة أو الأحماض النووية المستخرجة | إلومينا/MGI | نانوبور | باكبيو
| ||
| أحشاء الحيوان | 0.5-1 جم | ≥ 3.5 جم
| ≥ 3.5 جم
| ||
| عضلة الحيوان | ≥ 5 جم
| ≥ 5 جم
| |||
| دم الثدييات | 1.5 مل | ≥ 0.5 مل
| ≥ 5 مل
| ||
| دم الدواجن/الأسماك | ≥ 0.1 مل
| ≥ 0.5 مل
| |||
| نبات - أوراق طازجة | 1-2 جم | ≥ 2 جم
| ≥ 5 جم
| ||
| الخلايا المستزرعة |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| الأنسجة الرخوة للحشرة/فرد | 0.5-1 جم | ≥ 1 جم
| ≥ 3 جم
| ||
| الحمض النووي المستخرج
| التركيز: ≥ 1 نانوغرام/ ميكرولتر المبلغ: ≥ 30 نانوغرام محدودة أو معدومة التدهور أو التلوث
| تركيز كمية
أود260/280
أود260/230
محدودة أو معدومة التدهور أو التلوث
| ≥ 40 نانوغرام / ميكرولتر 4 ميكروغرام/خلية التدفق/العينة
1.7-2.2
≥1.5 | تركيز كمية
أود260/280
أود260/230
محدودة أو معدومة التدهور أو التلوث | ≥ 50 نانوغرام/ ميكرولتر 10 ميكروغرام/خلية التدفق/العينة
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| إعداد مكتبة خالية من PCR: التركيز≥ 40 نانوغرام/ميكرولتر المبلغ≥ 500 نانوغرام | |||||
تدفق عمل الخدمة
تسليم العينة
استخراج الحمض النووي
بناء المكتبة
التسلسل
تحليل البيانات
تسليم البيانات
يتضمن التحليل التالي:
- مراقبة جودة البيانات الخام
- إحصائيات التوافق مع الجينوم المرجعي
- تحديد البديل: SNP، InDel، SV وCNV
- الشرح الوظيفي للمتغيرات
إحصائيات التوافق مع الجينوم المرجعي – توزيع عمق التسلسل
استدعاء SNP بين عينات متعددة
تحديد InDel – إحصائيات طول InDel في منطقة CDS والمنطقة على مستوى الجينوم
التوزيع المتغير عبر الجينوم – مؤامرة السيرك
شرح وظيفي للجينات ذات المتغيرات المحددة – علم الجينات
تشاي، س. وآخرون. (2023) "يحدد الجلوتاثيون S-transferase GhTT19 تصبغ بتلات الزهور عن طريق تنظيم تراكم الأنثوسيانين في القطن"، مجلة التكنولوجيا الحيوية النباتية، 21 (2)، ص. 433. دوى: 10.1111/PBI.13965.
تشنغ، H. وآخرون. (2023) "يوفر جينوم Hevea brasiliensis البري على مستوى الكروموسوم أدوات جديدة للتربية بمساعدة الجينوم ومواقع قيمة لرفع إنتاجية المطاط"، مجلة التكنولوجيا الحيوية النباتية، 21(5)، الصفحات من 1058 إلى 1072. دوى: 10.1111/PBI.14018.
لي، A. وآخرون. (2021) "جينوم محار مصبات الأنهار يوفر رؤى ثاقبة حول تأثير المناخ واللدونة التكيفية"، بيولوجيا الاتصالات 2021 4:1، 4(1)، الصفحات من 1 إلى 12. دوى: 10.1038/s42003-021-02823-6.
تسنغ، T. وآخرون. (2022) "تحليل تغيرات الجينوم والميثيل في الدجاج الصيني الأصلي مع مرور الوقت يوفر نظرة ثاقبة للحفاظ على الأنواع"، علم الأحياء الاتصالات، 5 (1)، ص 1-12. دوى: 10.1038/s42003-022-03907-7.
