تسلسل جينوم النبات/الحيوان دي نوفو
دي نوفويشير التسلسل إلى بناء الجينوم الكامل للأنواع باستخدام تقنيات التسلسل في غياب الجينوم المرجعي. إن مقدمة واعتماد تسلسل الجيل الثالث ، والتي تضم قراءات أطول ، قد عززت مجموعة الجينوم بشكل كبير من خلال زيادة التداخل بين القراءات. هذا التحسين وثيق الصلة بشكل خاص عند التعامل مع الجينومات الصعبة ، مثل تلك التي تظهر متغاير الزيجوت العالي ، ونسبة عالية من المناطق المتكررة ، والبوليدان ، والمناطق ذات العناصر المتكررة ، ومحتويات GC غير طبيعية ، أو التعقيد العالي الذي يتم تجميعه بشكل سيئ عادةً باستخدام تسلسل القراءة القصيرة القصيرة. وحيد.
يوفر حلنا المكون من واحد خدمات التسلسل المتكاملة والتحليلات الحيوية التي توفر جينوم DE Novo عالي الجودة. يوفر مسح جينوم أولي مع Illumina تقديرات لحجم الجينوم وتعقيدها ، ويتم استخدام هذه المعلومات لتوجيه الخطوة التالية من التسلسل طويل القراءة مع Pacbio Hifi ، تليهادي نوفوتجميع contigs. يتيح الاستخدام اللاحق لتجميع HIC ترسيخ contigs للجينوم ، والحصول على مجموعة على مستوى الكروموسوم. أخيرًا ، يتم شرح الجينوم من خلال التنبؤ الجيني والتسلسل الجينات المعبر عنها ، واللجوء إلى النصوص مع قراءات قصيرة وطويلة.
ميزات الخدمة
● دمج خدمات التسلسل والمعلومات الحيوية المتعددة في حل واحد:
مسح الجينوم مع Illumina لتقدير حجم الجينوم وتوجيه الخطوات اللاحقة ؛
قراءة تسلسل طويل لدي نوفوتجميع contigs.
تسلسل HI-C لترسيخ الكروموسوم ؛
تسلسل مرنا للتعليق على الجينات ؛
التحقق من صحة التجميع.
● الخدمة المناسبة لبناء الجينومات الجديدة أو تحسين الجينومات المرجعية الحالية لأنواع الاهتمام.
مزايا الخدمة
تطوير منصات التسلسل والمعلوماتية الحيوية فيدي نوفوجمعية الجينوم
(Amarasinghe Sl et al. ،بيولوجيا الجينوم، 2020)
●سجل خبرة واسعة النشر: لقد تراكمت BMKGENE خبرة هائلة في تجميع الجينوم عالي الجودة من الأنواع المتنوعة ، بما في ذلك الجينومات ثنائية الصبغيات والجينومات المعقدة للغاية من الأنواع متعددة الصبغية والبلدان. منذ عام 2018 ، ساهمنا في أكثر300 منشور عالي التأثير ، ويتم نشر 20+ منها في علم الوراثة الطبيعة.
● حل واحد: يجمع نهجنا المتكامل بين تقنيات التسلسل المتعددة والتحليلات المعلوماتية الحيوية في سير عمل متماسك ، مما يوفر جينومًا تجميعًا عالي الجودة.
●مصمم لتلبية احتياجاتك: سير عمل الخدمة الخاص بنا قابل للتخصيص ، مما يسمح بالتكيف مع الجينومات ذات الميزات المتنوعة واحتياجات البحث المحددة. ويشمل ذلك استيعاب الجينومات العملاقة ، الجينومات polyploid ، جينومات غير متجانسة للغاية ، وأكثر من ذلك.
●معلومات حيوية عالية الماهرة وفريق مختبر: مع خبرة رائعة في كل من الجبهة التجريبية والمعلوماتية الحيوية لمجموعات الجينوم المعقدة وسلسلة من براءات الاختراع وحقوق الطبع والنشر للبرامج.
●دعم ما بعد البيع:يمتد التزامنا إلى ما هو أبعد من إكمال المشروع مع فترة خدمة ما بعد البيع لمدة 3 أشهر. خلال هذا الوقت ، نقدم متابعة المشروع ، واستكشاف الأخطاء وإصلاحها ، وجلسات أسئلة وأجوبة لمعالجة أي استفسارات تتعلق بالنتائج.
مواصفات الخدمة
| مسح الجينوم | جمعية الجينوم | مستوى الكروموسوم | تعليق الجينوم |
| 50x Illumina Novaseq PE150
| 30x Pacbio CCS Hifi يقرأ | 100x HI-C | RNA-seq Illumina PE150 10 غيغابايت + (خياري) كامل الطول RNA-seq باكبيو 40 جيجابايت أو نانوبور 12 جيجابايت |
متطلبات الخدمة
لمسح الجينوم ، جمعية الجينوم وتجميع HI-C:
| الأنسجة أو الأحماض النووية المستخرجة | مسح الجينوم | مجموعة الجينوم مع باكبيو | التجميع HI-C |
| أحشاء الحيوانات | 0.5-1 جم
| ≥ 3.5 جم | ≥2 جم |
| عضلة الحيوان | ≥ 5 غرام | ||
| دم الثدييات | 1.5 مل
| ≥ 5 مل | ≥2 مل |
| دواجن/دم السمك | ≥ 0.5 مل | ||
| ورقة النبات الطازجة | 1-2 جم | ≥ 5 غرام | ≥ 4 جم |
| الخلايا المثقف |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| حشرة | 0.5-1 جم | ≥ 3 جم | ≥ 2 جم |
| الحمض النووي المستخرج | التركيز: ≥1 نانوغرام/ ميكرولتر كمية ≥ 30 نانوغرام محدودة أو لا تدهور أو تلوث | التركيز: ≥ 50 نانوغرام/ ميكرولتر الكمية: 10 ميكروغرام/خلية تدفق/عينة OD260/280 = 1.7-2.2 OD260/230 = 1.8-2.5 محدودة أو لا تدهور أو تلوث |
-
|
لتوضيح الجينوم مع transcriptomics:
| الأنسجة أو الأحماض النووية المستخرجة | illumina transcriptome | pacbio transcriptome | نص نانوبور |
| نبات الجذر/الجذعية/البتلة | 450 ملغ | 600 ملغ | |
| النبات - ورقة/بذرة | 300 ملغ | 300 ملغ | |
| النبات - الفاكهة | 1.2 جم | 1.2 جم | |
| قلب الحيوان/الأمعاء | 300 ملغ | 300 ملغ | |
| أحشاء الحيوانات/الدماغ | 240 ملغ | 240 ملغ | |
| عضلة الحيوان | 450 ملغ | 450 ملغ | |
| عظام الحيوانات/الشعر/الجلد | 1 ز | 1 ز | |
| المفصليات - الحشرات | 6 | 6 | |
| مفصلية -crustacea | 300 ملغ | 300 ملغ | |
| دم كامل | 1 أنبوب | 1 أنبوب | |
| استخراج الحمض النووي الريبي | التركيز: ≥ 20 نانوغرام/ ميكرولتر كمية ≥ 0.3 ميكروغرام OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 رين≥ 6 5≥28S/18S≥1 | التركيز: ≥ 100 نانوغرام/ ميكرولتر كمية ≥ 0.75 ميكروغرام OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 رين≥ 8 5≥28S/18S≥1 | التركيز: ≥ 100 نانوغرام/ ميكرولتر كمية ≥ 0.75 ميكروغرام OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 رين≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
توصيل العينة الموصى به
الحاوية: أنبوب الطرد المركزي 2 مل (لا ينصح برقائق القصدير)
(بالنسبة لمعظم العينات ، نوصي بعدم الحفاظ في الإيثانول.)
عينة العلامات: يجب أن تكون العينات موضحة بوضوح ومطابقة لنموذج معلومات العينة المقدمة.
الشحنة: الجليد الجاف: يجب أن تكون العينات معبأة في أكياس أولاً ودُفن في الجليد الجاف.
سير العمل
تدفق عمل الخدمة
تصميم التجربة
تسليم العينة
استخراج الحمض النووي
بناء المكتبة
التسلسل
تحليل البيانات
خدمات ما بعد البيع
تحليل المعلومات الحيوية الكاملة ، مفصولة في 4 خطوات:
1) مسح الجينوم ، استنادًا إلى تحليل K-MER مع قراءات NGS:
تقدير حجم الجينوم
تقدير التغاير الزيجوت
تقدير المناطق المتكررة
2) تجميع الجينوم مع باكبيو هايفي:
دي نوفوحَشد
تقييم التجميع: بما في ذلك تحليل BUSCO لاكتمال الجينوم ورسم الخرائط الخلفية لـ NGS و PACBIO HIFI
3) تجميع HI-C:
مكتبة HI-C QC: تقدير تفاعلات HI-C صالحة
مجموعة HI-C: تجميع contigs في مجموعات ، تليها طلب contig داخل كل مجموعة وتعيين اتجاه contig
HI-C تقييم
4) توضيح الجينوم:
عدم ترميز الحمض النووي الريبي التنبؤ
تحديد التسلسل المتكرر (تكرار Transposons و Tandem)
التنبؤ الجيني
§دي نوفو: خوارزميات ab initio
§ على أساس التماثل
§ استنادًا إلى النص ، مع القراءات الطويلة والقصيرة: القراءاتدي نوفوتم تجميعها أو تعيينها إلى مسودة الجينوم
§ شرح الجينات المتوقعة مع قواعد بيانات متعددة
1) تحليل الجينوم- k-mer
2) جمعية الجينوم
2) مجموعة الجينوم - Pacbio Hifi يقرأ رسم الخرائط إلى تجميع التجميع
2) مجموعة HI-C-تقدير أزواج التفاعل الصالحة HI-C
3) تقييم HI-C بعد التجميع
4) شرح الجينوم - تكامل الجينات المتوقعة
4) توضيح الجينوم - توضيح الجينات المتوقعة
استكشاف التطورات التي تسهلها خدمات جمعية جينوم دي نوفو من Bmkgene من خلال مجموعة من المنشورات:
لي ، سي. وآخرون. (2021) "تسلسل الجينوم تكشف عن طرق التشتت العالمية وتشير إلى تكيفات وراثية متقاربة في تطور فرس البحر" ، اتصالات الطبيعة ، 12 (1). doi: 10.1038/s41467-021-21379-x.
لي ، ي. وآخرون. (2023) "التغييرات الكروموسومية على نطاق واسع تؤدي إلى تغييرات التعبير على مستوى الجينوم ، والتكيف البيئي ، والانتقام في المثليين (BOS Fronalis)" ، وعلم الأحياء الجزيئي والتطور ، 40 (1). doi: 10.1093/molbev/msad006.
تيان ، ت. وآخرون. (2023) "جمعية الجينوم والتشريح الوراثي لبراعة بارزة في الذرة المقاومة للجفاف" ، وراثة الطبيعة 2023 55: 3 ، 55 (3) ، ص. 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang ، F. et al. (2023) "الكشف عن تطور التخليق الحيوي القلوي التروباني عن طريق تحليل جينومات اثنين في عائلة Solanaceae" ، Nature Communications 2023 14: 1 ، 14 (1) ، ص. 1-18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
تحدي دراسات الحالة:
جمعية التيلومير إلى تيلميري:فو ، أ. وآخرون. (2023) "تجميع الجينوم من التيلومير إلى تيلوميري للبطيخ المرير (Momordica Charantia L. Var. Abbreviata ser.) يكشف عن تطور الفاكهة والتكوين والخصائص الوراثية الناضجة" ، أبحاث البستنة ، 10 (1). doi: 10.1093/hr/uhac228.
مجموعة النمط الفرداني:هو ، دبليو وآخرون. (2021) "الجينوم المعرفة من قبل الأليل يكشف تمايز Biallelic أثناء تطور الكسافا" ، النبات الجزيئي ، 14 (6) ، ص. 851-854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
جمعية الجينوم العملاقة:يوان ، ج. وآخرون. (2022) "الأساس الجيني للكروموسومات Giga و Giga-genome من Tree Peony Paeonia Ostii" ، Nature Communications 2022 13: 1 ، 13 (1) ، pp. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
مجموعة الجينوم polyploid:Zhang ، Q. et al. (2022) "رؤى جينومية في الحد من الكروموسوم الأخير من السكر البوبوليويد السكر السكر العفوية" ، وراثة الطبيعة 2022 54: 6 ، 54 (6) ، ص. 885-896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
