PacBio 2+3 حل mRNA كامل الطول
سمات
● تصميم الدراسة:
عينة مجمعة متسلسلة مع PacBio لتحديد الأشكال الإسوية للنص
عينات منفصلة (يكرر والشروط التي سيتم اختبارها) بالتسلسلNGS لقياس التعبير النصي
● تسلسل PacBio في وضع CCS، وإنشاء قراءات HiFi
● تسلسل النصوص الكاملة
● لا يتطلب التحليل وجود جينوم مرجعي؛ ومع ذلك، فإنه قد يتم توظيفها
● لا يشمل تحليل المعلومات الحيوية التعبير على مستوى الجينات والإسوفورم فحسب، بل يتضمن أيضًا تحليل lncRNA، ودمج الجينات، وتعدد الأدينيلات، وبنية الجينات
المزايا
● دقة عالية: يقرأ HiFi بدقة أكبر من 99.9% (Q30)، مقارنةً بـ NGS
● تحليل الربط البديل: تسلسل كافة النصوص يتيح التعرف على الشكل الإسوي وتوصيفه.
● مزيج من نقاط القوة PacBio وNGS: تمكين القياس الكمي للتعبير على المستوى الإسوي، وكشف النقاب عن التغيير الذي قد يكون ملثما عند تحليل التعبير الجيني بأكمله
● خبرة واسعة: مع سجل حافل بإكمال أكثر من 1100 مشروع نسخة كاملة من PacBio ومعالجة أكثر من 2300 عينة، يجلب فريقنا ثروة من الخبرة لكل مشروع.
● دعم ما بعد البيع: يمتد التزامنا إلى ما بعد استكمال المشروع بفترة خدمة ما بعد البيع مدتها 3 أشهر. خلال هذا الوقت، نقدم متابعة المشروع، والمساعدة في استكشاف الأخطاء وإصلاحها، وجلسات أسئلة وأجوبة لمعالجة أي استفسارات تتعلق بالنتائج.
متطلبات العينة والتسليم
| مكتبة | استراتيجية التسلسل | البيانات الموصى بها | ضبط الجودة |
| مكتبة PolyA المخصب mRNA CCS | باكبيو تتمة الثاني باكبيو ريفيو | 20/40 جيجابايت 5/10 م CCS | Q30≥85% |
| بولي المخصب | الومينا PE150 | 6-10 جيجابايت | Q30≥85% |
النيوكليوتيدات
|
| Conc. (نانوغرام / ميكرولتر) | المبلغ (ميكروغرام) | نقاء | نزاهة |
| مكتبة الومينا | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 يظهر تلوث محدود أو معدوم بالبروتين أو الحمض النووي على الجل. | للنباتات: RIN≥4.0؛ للحيوانات: RIN≥4.5؛ 5.0≥28S/18S≥1.0؛ ارتفاع خط الأساس محدود أو معدوم |
| مكتبة باكبيو | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 يظهر تلوث محدود أو معدوم بالبروتين أو الحمض النووي على الجل. | النباتات: RIN≥7.5 الحيوانات: رين≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0؛ ارتفاع خط الأساس محدود أو معدوم |
أوصى تسليم العينة
الحاوية: أنبوب طرد مركزي سعة 2 مل (لا ينصح باستخدام ورق القصدير)
وضع العلامات على العينات: المجموعة + النسخ المتماثل، على سبيل المثال A1، A2، A3؛ ب1، ب2، ب3.
شحنة:
1. الثلج الجاف:يجب تعبئة العينات في أكياس ودفنها في الثلج الجاف.
2. أنابيب RNAstable: يمكن تجفيف عينات RNA في أنبوب تثبيت RNA (مثل RNAstable®) وشحنها في درجة حرارة الغرفة.
يتضمن التحليل التالي:
مراقبة جودة البيانات الخام
التحليل البديل بعديد الأدينيلات (APA)
تحليل نص الانصهار
تحليل الربط البديل
قياس الأداء العالمي لتحليل Orthologs ذات النسخة الواحدة (BUSCO).
تحليل نص الرواية: التنبؤ بتسلسلات الترميز (CDS) والشرح الوظيفي
تحليل lncRNA: التنبؤ بـ lncRNA والأهداف
تحديد هوية الأقمار الصناعية الصغيرة (SSR)
تحليل النصوص المعبر عنها تفاضليًا (DETs).
تحليل الجينات المعبر عنها تفاضليًا (DEGs).
الشرح الوظيفي لـ DEGs وDETs
تحليل بوسكو
تحليل الربط البديل
التحليل البديل بعديد الأدينيلات (APA)
الجينات المعبر عنها تفاضليًا (DEGs) والنصوص (تحليل DETs9
شبكات تفاعل البروتين البروتين من DETs وDEGs
اكتشف التطورات التي تم تسهيلها بواسطة تسلسل PacBio 2+3 mRNA كامل الطول من BMKGene من خلال مجموعة منسقة من المنشورات.
تشاو، س. وآخرون. (2019) "الديناميكيات التنموية لنسخة جذع الحوذاء"، مجلة التكنولوجيا الحيوية النباتية، 17(1)، الصفحات من 206 إلى 219. دوى: 10.1111/PBI.12958.
دينغ، H. وآخرون. (2022) "التغيرات الديناميكية في محتوى حمض الأسكوربيك أثناء تطور الثمار ونضج الأكتينيديا لاتيفوليا (محصول فواكه غني بالأسكوربات) والآليات الجزيئية المرتبطة بها"، المجلة الدولية للعلوم الجزيئية، 23(10)، ص. 5808. دوى: 10.3390/IJMS23105808/S1.
هوا، X. وآخرون. (2022) "التنبؤ الفعال لجينات المسار التخليقي الحيوي المشاركة في البوليفيلين النشط بيولوجيًا في بوليفيلا باريس"، بيولوجيا الاتصالات 2022 5:1، 5(1)، الصفحات من 1 إلى 10. دوى: 10.1038/s42003-022-03000-z.
ليو، M. وآخرون. (2023) "التحليل المشترك لـ PacBio Iso-Seq وIllumina RNA-Seq لجينات Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome وCytochrome P450"، الحشرات، 14(4)، ص. 363. دوى: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
وانغ، ليجون وآخرون. (2019) "دراسة استقصائية لتعقيد النسخ باستخدام التحليل في الوقت الحقيقي لجزيء واحد من PacBio مع تسلسل Illumina RNA لفهم أفضل للتخليق الحيوي لحمض الريسينوليك في Ricinusommunis"، BMC Genomics، 20(1)، الصفحات من 1 إلى 17. دوى: 10.1186/S12864-019-5832-9/الأرقام/7.
