Exclusive Agency for Korea

banner-03

أخبار

تطور الجينوم ، pangenome

ما هو عموم الجينوم؟

تظهر الأدلة المتراكمة أن التباين بين سلالات مختلفة من الأنواع يمكن أن يكون ضخمًا. الجينوم الواحد واحد بعيد عن ما يكفي للحصول على الصورة الكاملة للمعلومات الوراثية لأنواع واحدة. الغرض من دراسة الجينوم هو الحصول على رسم بياني جيني أكثر شمولاً للأنواع وفك تشفير العلاقات بين السمات والرموز الوراثية من خلال إجراء مجموعة الجينوم دي نوفو من العديد من السلالات ، مما يسمح بتعدين أعمق وأوسع نطاقًا للتغيرات.

اتجاهات دراسة الجينوم

1

الشكل 1-اتجاهات الأوراق البحثية المنشورة من Genome.
ملاحظة: يوضح الشكل نتيجة أخذ "Genome" ككلمة رئيسية للبحث في عناوين المقالات المنشورة في مجلات Nature و Cell and Science Series

أ. يتم محاذاة القراءات من عينات متعددة إلى مرجع ويتم تجميع تلك غير المحددة في contigs جديدة. عن طريق إضافة هذه contigs الجديدة إلى التسلسل المرجعي الأصلي ، يمكن إنشاء مرجع pangenome. يتم تحديد المناطق التي يمكن الاستغناء عنها بناءً على تعيين جميع القراءات مرة أخرى إلى pangenome.

ب. تتيح تجميع De Novo للجينومات للانسدادات المتعددة مقاربات محاذاة الجينوم الكاملة لتحديد المناطق الجينية القابلة للاستغناء.

ج. يمكن بناء رسم بياني للعموم من محاذاة جينوم كاملة أو عن طريق مجموعة الرسم البياني De Novo ، والذي يخزن بكفاءة معلومات متغيرة للمناطق التي يمكن الاستغناء عنها كمسارات فريدة من خلال الرسم البياني.

كيف تبني جينوم عموم؟

2

الشكل 2 مقارنة من مقاربات الجينوم1

أ. يتم محاذاة القراءات من عينات متعددة إلى مرجع ويتم تجميع تلك غير المحددة في contigs جديدة. عن طريق إضافة هذه contigs الجديدة إلى التسلسل المرجعي الأصلي ، يمكن إنشاء مرجع pangenome. يتم تحديد المناطق التي يمكن الاستغناء عنها بناءً على تعيين جميع القراءات مرة أخرى إلى pangenome.

ب. تتيح تجميع De Novo للجينومات للانسدادات المتعددة مقاربات محاذاة الجينوم الكاملة لتحديد المناطق الجينية القابلة للاستغناء.

ج. يمكن بناء رسم بياني للعموم من محاذاة جينوم كاملة أو عن طريق مجموعة الرسم البياني De Novo ، والذي يخزن بكفاءة معلومات متغيرة للمناطق التي يمكن الاستغناء عنها كمسارات فريدة من خلال الرسم البياني.

نشرت مؤخرا الجينومات

● الاغتصاب الجينوم2

3

● طماطم عموم 3

4

● رايس عموم -جينوم4

5

● عباد الشمس عموم الجينوم5

6

● فول الصويا عموم الجينوم 6

7

● رايس عموم الجينوم7

8

● الشعير عموم الجينوم8

9

● القمح عموم الجينوم9

10

● الذرة الرفيعة الجينوم10

11

● العوالق النباتية عموم11

12

مرجع

1. باير بي ، جوليكتز AA ، Scheben A ، Batley J ، Edwards D. Plant Panomes هي المرجع الجديد. نباتات NAT. 2020 ؛ 6 (8): 914-920. doi: 10.1038/s41477-020-0733-0

2. Song JM ، Guan Z ، Hu J ، et al. ثمانية جينومات عالية الجودة تكشف عن العملة المعمارية للجينوم وتمايز النمط البيئي لـ Brassica Napus. نباتات NAT. 2020 ؛ 6 (1): 34-45. doi: 10.1038/s41477-019-0577-7

3. Gao L ، Gonda I ، Sun H ، et al. يكشف الجينوم من الطماطم عن جينات جديدة وأليل نادر ينظم نكهة الفاكهة. نات جينيت. 2019 ؛ 51 (6): 1044-1051. doi: 10.1038/s41588-019-0410-2

4. Zhao Q ، Feng Q ، Lu H ، et al. يسلط تحليل Genome Panome الضوء على مدى التباين الجيني في الأرز المزروع والبري [يظهر التصحيح المنشور في NAT Genet. 2018 أغسطس ؛ 50 (8): 1196]. نات جينيت. 2018 ؛ 50 (2): 278-284. doi: 10.1038/s41588-018-0041-z

5. Hübner S ، Bercovich N ، Todesco M ، et al. يظهر تحليل عموم عباد الشمس أن التهجين غير محتوى الجينات ومقاومة الأمراض. نباتات NAT. 2019 ؛ 5 (1): 54-62. doi: 10.1038/s41477-018-0329-0

6. Liu Y ، Du H ، Li P ، et al. عموم الجينوم من فول الصويا البرية والزراعة. خلية. 2020 ؛ 182 (1): 162-176.E13. doi: 10.1016/j.cell.2020.05.023

7. تشين P ، Lu H ، Du H ، وآخرون. يكشف تحليل الجينوم من 33 من إمكانات الأرز المتنوعة وراثيا عن اختلافات جينية خفية [تم نشرها على الإنترنت قبل الطباعة ، 2021 25]. خلية. 2021 ؛ S0092-8674 (21) 00581-X. doi: 10.1016/j.cell.2021.04.046

8. Jayakodi M ، Padmarasu S ، Haberer G ، et al. يكشف Genome الشعير عن الإرث الخفي لتربية الطفرة. طبيعة. 2020 ؛ 588 (7837): 284-289. doi: 10.1038/s41586-020-2947-8

9. Walkowiak S ، Gao L ، Monat C ، et al. تكشف جينومات القمح المتعددة التباين العالمي في التربية الحديثة. طبيعة. 2020 ؛ 588 (7837): 277-283. doi: 10.1038/s41586-020-2961-x

10. Tao Y ، Luo H ، Xu J ، et al. تباين واسع النطاق داخل الجينوم من الذرة الرفيعة المزروعة والبرية [تم نشره على الإنترنت قبل الطباعة ، 2021 مايو 20]. نباتات NAT. 2021 ؛ 10.1038 / s41477-021-00925-x. doi: 10.1038/s41477-021-00925-x

11. Fan X ، Qiu H ، Han W ، et al. يكشف pangenome العوالق النباتية عن نقل الجينات الأفقية بدائية النواة الواسعة من وظائف متنوعة. Sci Adv. 2020 ؛ 6 (18): EABA0111. تم النشر 2020 29 أبريل. doi: 10.1126/sciadv.aba0111


وقت النشر: يناير -04-2022

أرسل رسالتك إلينا: