مجموعة الجينوم T2T ، جينوم خالي من الفجوة
1stاثنين من جينومات الأرز1
العنوان: تجميع والتحقق من جينومات مرجعية خالية من الفجوة لشيان/إنديكا يكشف عن نظرة ثاقبة في بنية Centromere النباتية
دوي:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
الوقت النشر: 01 يناير ، 2021.
المعهد: الجامعة الزراعية في هوازهونغ ، الصين
مواد
O. Sativa Xian/Indicaأصناف الأرز 'Zhenshan 97 (ZS97)' و "Minghui 63 (MH63)
استراتيجية التسلسل
قراءات NGS + Hifi Reads + CLR Reads + Bionano + Hi-C
بيانات:
ZS97: 8.34 GB （~ 23x） Hifi يقرأ + 48.39 جيجابايت (~ 131x) CLR يقرأ + 25 جيجابايت (~ 69x) NGS + 2 Bionano Irys Cells
MH63: 37.88 GB (~ 103x) يقرأ Hifi + 48.97 جيجابايت (~ 132x) CLR يقرأ + 28 جيجابايت (~ 76x) NGS + 2 Bionano Irys Cells
الشكل 1 الشكلان جينومات خالية من الفجوة من الأرز (MH63 و ZS97)
2ndجينوم الموز2
العنوان: كروموسومات التيلومير إلى تيلوميري غير ملتوية من الموز باستخدام تسلسل نانوبور
دوي:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
نشر الوقت: 17 أبريل 2021.
المعهد: جامعة باريس ساكلي ، فرنسا
مواد
فرسان مزدوجموسى acuminatasppmalaccensis(DH-Pahang)
استراتيجية التسلسل والبيانات:
HISEQ2500 PE250 MODE+ MINION/ PROMETHION (93GB ، ~ 200x)+ MAP البصري (DLE-1+ BSPQ1)
الجدول 1 مقارنة بين مجموعات الجينوم موسى (DH-Pahang)
الشكل 2 الشكل 2 مقارنة بنية جينومات موسى
3rdجينوم phaeodactylum tricornutum3
العنوان: Telomere-to-Telomere Genome Assembly ofP
haeodactylum tricornutum
دوي:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
الوقت المنشور: 04 مايو ، 2021
المعهد: الجامعة الغربية ، كندا
مواد
phaeodactylum tricornutum(مجموعة الثقافة من الطحالب والبروتوزوا CCAP 1055/1)
استراتيجية التسلسل والبيانات:
1 خلية تدفق Minion Nanopore Oxford + A 2 × 75 مقترنة منتصف المخرجات NextSeq 550 Run
الشكل 3 سير العمل لتجميع الجينوم التيلومير إلى تيلوميري
4thHuman CHM13 الجينوم4
العنوان: التسلسل الكامل للجينوم البشري
دوي:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
الوقت المنشور: 27 مايو ، 2021
المعهد: المعاهد الوطنية للصحة (NIH) ، الولايات المتحدة الأمريكية
المواد: خط الخلية CHM13
استراتيجية التسلسل والبيانات:
30 × تسلسل الإجماع الدائري Pacbio (HIFI) ، 120 × أوكسفورد نانوبور تسلسل القراءة الطويلة للغاية ، تسلسل 100 × خالي من PCR (ILMN) ، 70 × Illumina / arima Genomics HI-C (HI-C) ، Pionano Optical Japs ، و strand-seq
الجدول 2 مقارنة بين الجينوم البشري GRCH38 و T2T-CHM13
مرجع
1.Sergey Nurk et al. التسلسل الكامل للجينوم البشري. Biorxiv 2021.05.26.445798 ؛ دوي:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2. Caroline Belser et al. كروموسومات التيلومير إلى telomere من الموز باستخدام تسلسل نانوبور. Biorxiv 2021.04.16.440017 ؛ دوي:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al. التيلومير إلى telomere الجينوم التجميع من phaeodactylum tricornutum. Biorxiv 2021.05.04.442596 ؛ دوي:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4. Jia-Ming Song et al. يكشف التجميع والتحقق من صحة جينومات مرجعية خالية من الفجوة لشيان/إنديكا رايس نظرة ثاقبة بنية Centromere النباتية. Biorxiv 2020.12.24.424073 ؛ دوي:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
وقت النشر: يناير -06-2022