Nanopore نسخة كاملة الطول

يعد تسلسل نسخ Nanopore وسيلة قوية لتسلسل cDNAs كامل الطول، وتحديد الأشكال الإسوية للنص بدقة وقياسها. تم تصميم خط أنابيب BMKCloud Nanopore Full-Length Transcriptome Pipeline لتحليل بيانات RNA-Seq التي تم إنشاؤها على منصة Nanopore مقابل جينوم مرجعي مشروح جيدًا عالي الجودة، مما يوفر تحليلًا نوعيًا وكميًا على مستوى الجينات والنسخة. بعد مراقبة الجودة، يتم الحصول على تسلسلات غير خيالية (FLNC) كاملة الطول ويتم تعيين تسلسلات متفق عليها للجينوم المرجعي لإزالة النصوص الزائدة عن الحاجة. من مجموعة النصوص هذه، يتم قياس التعبير كميًا ويتم تحديد الجينات والنصوص المعبر عنها تفاضليًا وتعليقها وظيفيًا. يتضمن خط الأنابيب أيضًا تحليل متعدد الأدينيلات البديل (APA)، وتحليل الربط البديل، وتحليل تكرار التسلسل البسيط (SSR)، والتنبؤ بـ lncRNA والأهداف المقابلة، والتنبؤ بتسلسلات الترميز (CDS)، وتحليل عائلة الجينات، وتحليل عامل النسخ، والتنبؤ بالجينات الجديدة. والشرح الوظيفي للنصوص.