تجميع الجينوم القائم على HI-C
Hi-C هي طريقة مصممة لالتقاط تكوين الكروموسوم من خلال الجمع بين التفاعلات المستندة إلى القرب والتسلسل عالي الإنتاجية. يُعتقد أن شدة هذه التفاعلات مرتبطة سلبًا بالمسافة المادية على الكروموسومات. لذلك ، يتم استخدام بيانات HI-C لتوجيه التجميع والطلب وتوجيه التسلسلات المجمعة في مسودة جينوم وترسيخها على عدد معين من الكروموسومات. تمكن هذه التكنولوجيا مجموعة جينوم على مستوى الكروموسوم في غياب خريطة وراثية قائمة على السكان. كل جينوم واحد يحتاج إلى HI-C.
ميزات الخدمة
● التسلسل على Illumina Novaseq مع PE150.
● تتطلب الخدمة عينات من الأنسجة ، بدلاً من الأحماض النووية المستخرجة ، إلى الارتباط المتقاطع مع الفورمالديهايد والحفاظ على تفاعلات بروتين الحمض النووي.
● تتضمن تجربة HI-C تقييدًا وإصلاح النهايات اللزجة مع البيوتين ، تليها تعميم الأطراف الفاتحة الناتجة مع الحفاظ على التفاعلات. ثم يتم سحب الحمض النووي مع حبات الستربتافيدين وتنقيتها لإعداد المكتبة اللاحق.
مزايا الخدمة
نظرة عامة على hi-c
(Lieberman-Aiden E et al. ،علوم، 2009)
●التخلص من الحاجة إلى بيانات السكان الوراثية:يستبدل HI-C المعلومات الأساسية المطلوبة لترسيخ Contig.
●كثافة العلامة العالية:مما يؤدي إلى ارتفاع نسبة الربط تزيد عن 90 ٪.
●سجلات خبرة واسعة النشر:يتمتع BMKGENE بخبرة واسعة مع أكثر من 2000 حالة من تجميع الجينوم HI-C من 1000 نوع مختلف ومختلف براءات الاختراع. أكثر من 200 حالة منشورة لها عامل تأثير تراكمي لأكثر من عام 2000.
●فريق المعلوماتية الحيوية ذات المهارات العالية:مع براءات الاختراع الداخلية وحقوق النشر للبرامج لتجارب HI-C وتحليل البيانات ، يتيح برنامج بيانات التصور الذي تم تطويره ذاتيًا نقل الكتل اليدوي والعكس والإلغاء والإعادة.
●دعم ما بعد البيع:يمتد التزامنا إلى ما هو أبعد من إكمال المشروع مع فترة خدمة ما بعد البيع لمدة 3 أشهر. خلال هذا الوقت ، نقدم متابعة المشروع ، واستكشاف الأخطاء وإصلاحها ، وجلسات أسئلة وأجوبة لمعالجة أي استفسارات تتعلق بالنتائج.
●شرح شامل: نستخدم قواعد بيانات متعددة لتوضيح الجينات وظيفيًا مع اختلافات محددة وأداء تحليل الإثراء المقابل ، وتوفير رؤى حول مشاريع البحث المتعددة.
مواصفات الخدمة
| تحضير المكتبة | استراتيجية التسلسل | إخراج البيانات الموصى بها | ضبط الجودة |
| مكتبة HI-C | Illumina Novaseq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85 ٪ |
متطلبات العينة
| منديل | المبلغ المطلوب |
| أحشاء الحيوانات | ≥ 2 جم |
| عضلة الحيوان | |
| دم الثدييات | ≥ 2 مل |
| دواجن/دم السمك | |
| ورقة النبات الطازجة | ≥ 3 جم |
| الخلايا المثقف | ≥ 1x107 |
| حشرة | ≥ 2 جم |
تدفق عمل الخدمة
تصميم التجربة
تسليم العينة
بناء المكتبة
التسلسل
تحليل البيانات
خدمات ما بعد البيع
1) البيانات الخام QC
2) مكتبة HI-C QC: تقدير تفاعلات HI-C صالحة
3) مجموعة HI-C: تجميع contigs في مجموعات ، تليها طلب contig داخل كل مجموعة وتعيين اتجاه contig
4) تقييم HI-C
Hi-C Library QC-تقدير أزواج التفاعل الصالحة Hi-C
مجموعة HI-C-الإحصاءات
تقييم ما بعد التجميع-خريطة الحرارة لكثافة الإشارة بين الصناديق
استكشاف التطورات التي تسهلها خدمات تجميع HI-C من BMKGene من خلال مجموعة من المنشورات المنسقة.
تيان ، ت. وآخرون. (2023) "جمعية الجينوم والتشريح الوراثي لبراعة بارزة في الذرة المقاومة للجفاف" ، وراثة الطبيعة 2023 55: 3 ، 55 (3) ، ص. 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
وانغ ، زل وآخرون. (2020) "تجميع على نطاق الكروموسوم لجينوم Apis Cerana الآسيوي Apis Cerana ، الحدود في علم الوراثة ، 11 ، ص. 524140. doi: 10.3389/fgene.2020.00279/bibtex.
Zhang ، F. et al. (2023) "الكشف عن تطور التخليق الحيوي القلوي التروباني عن طريق تحليل جينومات اثنين في عائلة Solanaceae" ، Nature Communications 2023 14: 1 ، 14 (1) ، ص. 1-18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang ، X. et al. (2020) "جينومات شجرة بانيان ودبور الملقحات توفر نظرة ثاقبة على FIG-WASP Covolution" ، الخلية ، 183 (4) ، ص. 875-889.E17. doi: 10.1016/j.cell.2020.09.043
