دي نوفو جمعية الجينوم الفطرية
تقدم BMKGENE حلولاً متعددة الاستخدامات للجينومات الفطرية، وتلبي الاحتياجات البحثية المتنوعة واكتمال الجينوم المطلوب. إن استخدام تسلسل Illumina قصير القراءة وحده يسمح بتوليد مسودة الجينوم. يتم الجمع بين القراءات القصيرة وتسلسل القراءة الطويلة باستخدام Nanopore أو Pacbio للحصول على جينوم فطري أكثر دقة مع contigs أطول. علاوة على ذلك، فإن دمج تسلسل Hi-C يعزز القدرات بشكل أكبر، مما يتيح الوصول إلى جينوم كامل على مستوى الكروموسوم.
مميزات الخدمة
مع ثلاثة خيارات ممكنة للاختيار من بينها اعتمادًا على الدرجة المطلوبة من اكتمال الجينوم:
● خيار مسودة الجينوم: تسلسل القراءة القصيرة باستخدام Illumina NovaSeq PE150.
● خيار الجينوم الفطري الدقيق:
مسح الجينوم: Illumina NovaSeq PE150.
مجموعة الجينوم: PacBio Revio (قراءة HiFi) أو Nanopore PromethION 48.
● الجينوم الفطري على مستوى الكروموسوم:
مسح الجينوم: Illumina NovaSeq PE150.
مجموعة الجينوم: PacBio Revio (قراءة HiFi) أو Nanopore PromethION 48.
تثبيت Contig مع مجموعة Hi-C.
مزايا الخدمة
●استراتيجيات التسلسل المتعددة المتاحة: لمختلف أهداف البحث ومتطلبات اكتمال الجينوم
●استكمال سير عمل المعلوماتية الحيوية:يتضمن ذلك تجميع الجينوم والتنبؤ بالعناصر الجينومية المتعددة، والشرح الجيني الوظيفي، وتثبيت contig.
●خبرة واسعة: مع تجميع أكثر من 12000 جينوم ميكروبي، فإننا نتمتع بأكثر من عقد من الخبرة، وفريق تحليل ذو مهارات عالية، ومحتوى شامل، ودعم ممتاز لما بعد البيع.
●دعم ما بعد البيع:ويمتد التزامنا إلى ما هو أبعد من استكمال المشروع بفترة خدمة ما بعد البيع مدتها 3 أشهر. خلال هذا الوقت، نقدم متابعة المشروع، والمساعدة في استكشاف الأخطاء وإصلاحها، وجلسات أسئلة وأجوبة لمعالجة أي استفسارات تتعلق بالنتائج.
مواصفات الخدمة
| خدمة | استراتيجية التسلسل | ضبط الجودة |
| مشروع الجينوم | الومينا بي اي 150 100x | Q30≥85% |
| الجينوم الدقيق | مسح الجينوم: Illumina PE150 50 x التجميع: PacBio HiFi 30x أو Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb (باكبيو أحادي الخلية) contig N50 ≥2Mb(ONT أحادي الخلية) contig N50 ≥500 كيلو بايت (أخرى) |
| الجينوم على مستوى الكروموسوم | مسح الجينوم: Illumina PE150 50 x التجميع: PacBio HiFi 30x أو Nanopore 100x مجموعة هاي سي 100x | نسبة إرساء Contig> 90%
|
متطلبات الخدمة
| التركيز (نانوغرام/ميليلتر) | المبلغ الإجمالي (ميكروغرام) | الحجم (ميليلتر) | أود260/280 | أود260/230 | |
| باكبيو | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| نانوبور | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| إلومينا | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
الفطريات وحيدة الخلية: ≥3.5x1010 الخلايا
الفطريات الكلية: ≥10 جم
تدفق عمل الخدمة
تسليم العينة
بناء المكتبة
التسلسل
تحليل البيانات
خدمات ما بعد البيع
يتضمن التحليل التالي:
مسح الجينوم:
- تسلسل مراقبة جودة البيانات
- تقدير الجينوم: الحجم، تغاير الزيجوت، العناصر المتكررة
تجميع الجينوم الدقيق:
- تسلسل مراقبة جودة البيانات
- من جديدحَشد
- تحليل مكونات الجينوم: التنبؤ بـ CDS والعناصر الجينومية المتعددة
- شرح وظيفي مع قواعد بيانات عامة متعددة (GO، KEGG، إلخ) وقواعد بيانات متقدمة (CARD، VFDB، إلخ.)
الجمعية مرحبا-C:
- تقييم مكتبة Hi-C.
- Contigs ترسيخ التجميع والترتيب والتوجيه
- تقييم مجموعة HI-C: بناءً على الجينوم المرجعي وخريطة الحرارة
مسح الجينوم: توزيع k-mer
تجميع الجينوم: شرح متماثل للجينات (قاعدة بيانات NR)
تجميع الجينوم: شرح الجينات الوظيفية (GO)
استكشف التطورات التي سهلتها خدمات تجميع الجينوم الفطري من BMKGene من خلال مجموعة منسقة من المنشورات.
هاو، J. وآخرون. (2023) "التنميط الأومي المتكامل للفطر الطبي Inonotus obliquus في ظل الظروف المغمورة"،علم الجينوم BMC، 24(1)، ص 1-12. دوى: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
لو، L. وآخرون. (2023) "تسلسل الجينوم يكشف عن التطور والآليات المسببة للأمراض لمسببات مرض بقعة القمح الحادة Rhizoctonia الحبوب"،مجلة المحاصيل، 11(2)، الصفحات من 405 إلى 416. دوى: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
تشانغ، H. وآخرون. (2023) "موارد الجينوم لأربعة أنواع من نبات الكلاريريديا تسبب بقعة دولارية على الأعشاب المتنوعة"،مرض النبات، 107(3)، الصفحات من 929 إلى 934. دوى: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
تشانغ، سس وآخرون. (2023) "الأدلة الجينية والجزيئية لنظام التزاوج رباعي الأقطاب في فطر الجريفولا فروندوسا الصالح للأكل"،مجلة الفطريات، 9(10)، ص. 959. دوى: 10.3390/JOF9100959/S1.
