علم الجينوم المقارن
مزايا الخدمة
●سجلات خبرة واسعة النشر: مع المتراكم ، أكملت BMKGENE أكثر من 90 مشروعًا للجينوم المقارن ، مع عامل تأثير تراكمي بلغ 900.
●تحليل المعلومات الحيوية الشاملة: تحتوي حزمة التحليلات على التحليلات الثمانية الأكثر شيوعًا ، مما يوفر أرقامًا جاهزة للنشر بشكل جيد ويسمح بتفسير سهل للنتائج
●فريق المعلوماتية الحيوية ذات المهارات العالية ودورة التحليل القصيرة: مع خبرة رائعة في تحليل الجينوم المقارن ، يفي فريق BMKGENE بمتطلبات تحليل شخصية متنوعة في وقت قصير
●دعم ما بعد البيع:يمتد التزامنا إلى ما هو أبعد من إكمال المشروع مع فترة خدمة ما بعد البيع لمدة 3 أشهر. خلال هذا الوقت ، نقدم متابعة المشروع ، واستكشاف الأخطاء وإصلاحها ، وجلسات أسئلة وأجوبة لمعالجة أي استفسارات تتعلق بالنتائج.
مواصفات الخدمة
| وقت الدوران المقدر | عدد الأنواع | تحليلات |
| 30 يوم عمل | 6 - 12 | تجميع الأسرة الجين توسع عائلة الجينات والانكماش بناء شجرة phylogenetic تقدير وقت الاختلاف (المعايرة الأحفورية المطلوبة) وقت الإدراج LTR (للنباتات) تكرار الجينوم الكامل (للنباتات) ضغط انتقائي تحليل synteny |
تحليلات المعلوماتية الحيوية
● عائلة الجينات
● phylogenetics
● وقت الاختلاف
● ضغط انتقائي
● تحليل synteny
عينة المتطلبات والتسليم
متطلبات العينة:
الأنسجة أو الحمض النووي لتسلسل الجينوم والتجميع
للأنسجة
| صِنف | منديل | استطلاع | Pacbio CCS |
| حيوان | الأنسجة الحشوية | 0.5 ~ 1 g | ≥ 3.5 جم |
| أنسجة العضلات | |||
| ≥ 5.0 جم | |||
| ≥ 5.0 مل | |||
| دم الثدييات | |||
| ≥ 0.5 مل | |||
| دواجن/دم السمك | |||
| نبات | ورقة جديدة | 1 ~ 2 g | ≥ 5.0 جم |
| بتلة/ساق | 1 ~ 2 g | ≥ 10.0 جم | |
| الجذر/البذور | 1 ~ 2 g | ≥ 20.0 جم | |
| الخلايا | خلية مثقفة | - | ≥ 1 × 108 |
بيانات
ملفات تسلسل الجينوم (.fasta) وملفات التعليقات التوضيحية (.gff3) من الأنواع ذات الصلة الوثيقة
تدفق عمل الخدمة
تصميم التجربة
تسليم العينة
بناء المكتبة
التسلسل
تحليل البيانات
خدمات ما بعد البيع
*النتائج التجريبية الموضحة هنا كلها من الجينومات المنشورة مع تقنيات العلامات الحيوية
1. إدراج وقت إدراج: أظهر الشكل توزيعًا ثنائيًا فريدًا في أوقات إدخال LTR-RTS في جينوم الجاودار ، مقارنة بالأنواع الأخرى. ظهرت الذروة الأخيرة منذ حوالي 0.5 مليون عام.
لي قوانغ وآخرون ،علم الوراثة الطبيعة، 2021
2. تحليل عائلة الجينات والجينات على Chayote (Secheium edule): عن طريق تحليل Chayote والأنواع الـ 13 الأخرى ذات الصلة في عائلة الجينات ، تم العثور على المرتبطة بشكل وثيق مع قرع الثعبان (Trichosanthes Anguina). وقد لوحظت تشايوت المستمدة من قرع الثعبان في حوالي 27-45 ميا وازدواج الجينوم الكامل (WGD) في Chayote في 25 ± 4 MYA ، وهو الحدث الثالث في WGD في Cucuibitaceae.
فو A et al. ،أبحاث البستنة، 2021
3. تحليل Synteny: تم العثور على بعض الجينات المتعلقة بالهرمونات النباتية في تطور الفاكهة في Chayote و Snake Squash. العلاقة بين Chayote والاسكواش أعلى قليلاً من تلك بين Chayote و Snake Swourd.
فو A et al. ،أبحاث البستنة، 2021
4. جين تحليل الأسرة: أظهر تخصيب KEGG على التوسع في عائلة الجينات وتقلصها في جينومات G.Thurberi و G.Davidsonii أن التخليق الحيوي الستيرويد والجينات ذات الصلة بالتكوين الحيوي البرازينيوستيرويد تم توسيعها.
يانغ زي وآخرون ،بيولوجيا BMC، 2021
5. تحليل الازدواجية الجينوم: أظهر تحليل توزيع 4DTV و KS حدث تكرار الجينوم بالكامل. قمم من intraspecies أظهرت أحداث الازدواجية. قمم بين الأنواع الموضحة أحداث التحديد. أشار التحليل إلى أن المقارنة مع الأنواع الثلاثة الأخرى ذات الصلة الوثيقة ، مرت O. Europaea من خلال تكرار الجينات على نطاق واسع في الآونة الأخيرة.
Rao G et al. ،أبحاث البستنة، 2021
قضية BMK
وردة بدون وخز: رؤى جينومية مرتبطة بالتكيف مع الرطوبة
تم النشر: المراجعة الوطنية للعلوم، 2021
استراتيجية التسلسل:
باسيشوكة'(ر.ويتشورينان) الجينوم:
تقريبا. 93 × باكبيو + تقريبا. 90 × nanopore + 267 x Illumina
النتائج الرئيسية
1. تم بناء جينوم R.Wichuraiana الجودة باستخدام تقنيات التسلسل طويلة القراءة ، والتي تسفر عن مجموعة من 530.07 ميغابايت (كان حجم الجينوم المقدر حوالي 525.9 ميجابايت من خلال قياس التدفق الخلوي و 525.5 من خلال مسح الجينوم ； كان حوالي 1.03 ٪). وكانت النتيجة المقدرة بوسو 93.9 ٪. مقارنةً بـ "Old Blush" (Haploob) ، تم تأكيد جودة واكتمال هذا الجينوم من خلال دقة قاعدة واحدة ومؤشر تجميع LTR (LAI = 20.03). R.Wichuraiana Genome يحتوي على 32،674 جينات ترميز البروتين.
2. تحليل المشترك بين الأميك ، الذي يتكون من علم الجينوم المقارن ، وعلم النصوص ، وتحليل QTL للسكان الوراثيين ، كشف عن الانتقام الحاسم بين R. Wichuraiana و Rosa Chinensis. أيضا ، من المحتمل أن يرتبط تباين التعبير للجينات ذات الصلة في QTL بنقش وخز الجذعية.
كشفت Anaysis الجينوم المقارن بين Basye ؛ S Thornless و Rosa Chinensis بما في ذلك تحليل Synteny ، مجموعة عائلة الجينات ، تحليل التوسع والانكماش ، عن عدد كبير من الاختلافات ، والتي تتعلق بالسمات الحاسمة في الورود. كان من المحتمل جدًا أن يرتبط التوسع الفريد في عائلة الجينات NAC و FAR1/FRS بمقاومة البقعة السوداء.
تحليل الجينوم المقارن بين جينومات BT و Haploob.
Zhong ، M. ، et al. "روز بدون وخز: الرؤى الجينومية المرتبطة بالتكيف مع الرطوبة"المراجعة الوطنية للعلوم، 2021 ؛ ، nwab092.
