bmkmanu S3000_Spatial transcriptome
BMKMANU S3000 مخطط تقني للنسخة المكانية
سمات
- القرار: 3.5 ميكرون
- قطر البقعة: 2.5 ميكرون
- عدد المواقع: حوالي 4 ملايين
- 3 تنسيقات منطقة الالتقاط الممكنة: 6.8 مم * 6.8 مم ، 11 ملم * 11 مم أو 15 ملم * 20 مم
- يتم تحميل كل حبة مشفرة بالاشعال تتكون من 4 أقسام:
• ذيل بولي (DT) لتوليف مرنا وتوليف [كدنا] ،
• المعرف الجزيئي الفريد (UMI) لتصحيح تحيز التضخيم
• الباركود المكاني
• تسلسل ملزم من القراءة الجزئية 1 التسلسل التمهيدي
- H&E وتلطيخ الفلورسنت من الأقسام
- إمكانية استخدام تقنية تجزئة الخلايا: دمج تلطيخ H&E ، وتلطيخ الفلورسنت ، وتسلسل الحمض النووي الريبي لتحديد حدود كل خلية وتعيين التعبير الجيني بشكل صحيح لكل خلية. معالجة تحليل التنميط المكاني المصب على أساس سلة الخلية.
- من الممكن تحقيق تحليل متعدد المستويات الدقة: تحليل مرن متعدد المستويات يتراوح من 100um إلى 3.5 UM لحل ميزات الأنسجة المتنوعة بدقة مثالية.
مزايا Bmkmanu S3000
-مضاعفة بقع القبض على 4 ملايين: مع دقة محسّنة قدرها 3.5 أم ، مما يؤدي إلى اكتشاف الجينات العليا و UMI لكل خلية. يؤدي هذا إلى تحسين التجميع للخلايا بناءً على ملفات تعريف النسخ ، مع تفاصيل أدق التي تتوافق مع بنية الأنسجة.
- دقة الخلايا الفرعية:احتوت كل منطقة لالتقاط أكثر من 2 مليون بقعة مشفرة مكانية بقطر 2.5 ميكرون وتباعد 5 ميكرون بين المراكز الفورية ، مما يتيح تحليل النص المكاني مع دقة الخلايا الفرعية (5 ميكرومتر).
-تحليل الدقة متعددة المستويات:تحليل متعدد المستويات مرن يتراوح من 100 ميكرون إلى 5 ميكرون لحل ميزات الأنسجة المتنوعة بدقة مثالية.
-إمكانية استخدام تقنية تجزئة الخلايا "ثلاثة في شريحة واحدة":الجمع بين تلطيخ مضان ، وتلطيخ H&E ، وتسلسل الحمض النووي الريبي على شريحة واحدة ، ويمكّن خوارزمية تحليلنا "الثلاثة في واحد" تحديد حدود الخلايا للنسخ القائمة على الخلايا اللاحقة.
-متوافق مع منصات التسلسل المتعددة: كل من NGS وتسلسل القراءة الطويلة المتاحة.
-تصميم مرن من 1-8 منطقة التقاط نشطة: حجم منطقة الالتقاط مرنة ، حيث يمكن استخدام 3 تنسيقات (6.8 مم * 6.8 مم ، 11 مم * 11 مم و 15 مم * 20 مم)
-خدمة واحدة: يدمج جميع الخبرة والخطوات القائمة على المهارات ، بما في ذلك تحريف البرد ، تلطيخ ، تحسين الأنسجة ، الترميز المكاني ، تحضير المكتبات ، التسلسل ، والمعلوماتية الحيوية.
-المعلوماتية الحيوية الشاملة والتصور سهل الاستخدام للنتائج:تتضمن الحزمة 29 تحليلًا و 100+ من الأرقام عالية الجودة ، جنبًا إلى جنب مع استخدام البرامج المطورة Inhouse لتصور وتخصيص تقسيم الخلايا والتجميع الموضعي.
-تحليل البيانات المخصصة وتصورها: متاح لطلبات البحث المختلفة
-فريق فني مهارات عالية: مع خبرة في أكثر من 250 نوع الأنسجة و 100+ نوع بما في ذلك الإنسان والماوس والثدييات والأسماك والنباتات.
-التحديثات في الوقت الفعلي على المشروع بأكمله: مع السيطرة الكاملة على التقدم التجريبي.
-تحليل مشترك اختياري مع تسلسل مرنا أحادي الخلية
مواصفات الخدمة
| متطلبات العينة | مكتبة | استراتيجية التسلسل | البيانات الموصى بها | ضبط الجودة |
| عينات كبريد من أكتوبر (القطر الأمثل: تقريبا. 6 × 6 × 6 مم) 2 كتل لكل عينة 1 للتجربة ، 1 للنسخ الاحتياطي | مكتبة S3000 [كدنا] | Illumina PE150 | 160K PE يقرأ لكل 100 درجة مئوية (250 جيجابايت) | رين> 7 |
لمزيد من التفاصيل حول توجيهات إعداد العينة وسير عمل الخدمة ، لا تتردد في التحدث إلى أخبير BMKGENE
تدفق عمل الخدمة
في مرحلة تحضير العينة ، يتم إجراء تجربة استخراج الحمض النووي الريبي السائبة الأولية لضمان الحصول على الحمض النووي الريبي عالي الجودة. في مرحلة تحسين الأنسجة ، يتم تلطيخ الأقسام وتصورها ويتم تحسين شروط النفاذية لإطلاق مرنا من الأنسجة. ثم يتم تطبيق البروتوكول المحسّن أثناء إنشاء المكتبة ، يليه التسلسل وتحليل البيانات.
يتضمن سير العمل الكامل للخدمة تحديثات في الوقت الفعلي وتأكيدات العميل للحفاظ على حلقة ملاحظات سريعة الاستجابة ، مما يضمن تنفيذ المشروع السلس.
يتم تحليل البيانات التي تم إنشاؤها بواسطة Bmkmanu S3000 باستخدام برنامج "BSTMatrix" ، والذي تم تصميمه بشكل مستقل بواسطة BMKGene ، مما يولد مستوى الخلية ومصفوفة التعبير الجيني متعدد المستويات. من هناك ، يتم إنشاء تقرير قياسي يتضمن مراقبة جودة البيانات وتحليل العينة الداخلية وتحليل بين المجموعات.
- مراقبة جودة البيانات:
- إخراج البيانات وتوزيع نقاط الجودة
- اكتشاف الجينات لكل بقعة
- تغطية الأنسجة
- تحليل العينة الداخلية:
- ثراء الجينات
- التجميع الفوري ، بما في ذلك تحليل الأبعاد المخفضة
- تحليل التعبير التفاضلي بين المجموعات: تحديد جينات العلامة
- التعليق التوضيحي الوظيفي وإثراء جينات العلامات
- تحليل بين المجموعات
-إعادة تجميع البقع من كلتا العينات (على سبيل المثال. مريض والسيطرة) وإعادة الكتلة
- تحديد جينات العلامات لكل مجموعة
- التعليق التوضيحي الوظيفي وإثراء جينات العلامات
- التعبير التفاضلي لنفس المجموعة بين المجموعات
بالإضافة إلى ذلك ، فإن BMKGENE تم تطويره "BSTViewer" هو أداة سهلة الاستخدام تمكن المستخدم من تصور التعبير الجيني والتجميع الموضعي بدقة مختلفة.
يوفر BMKGENE خدمات التنميط المكاني بدقة دقيقة للخلايا الواحدة (استنادًا إلى صندوق الخلية أو صندوق مربع متعدد المستويات من 100um إلى 3.5um).
تم تنفيذ بيانات التنميط المكاني من أقسام الأنسجة على شريحة S3000 كما أدناه.
دراسة الحالة 1: الدماغ الماوس
أدى تحليل قسم الدماغ الماوس مع S3000 إلى تحديد حوالي 94000 خلية ، مع تسلسل متوسط من جينات 2000 لكل خلية. أسفرت الدقة المحسّنة لـ 3.5 UM في تجميع مفصل للغاية للخلايا على أساس أنماط النسخ ، مع تحاكي مجموعات الخلايا على الهياكل المتمايزة للدماغ. ويلاحظ ذلك بسهولة من خلال تصور توزيع الخلايا التي يتم تجميعها كخلايا oligodendrocytes وخلايا الخلايا الدبقية الصغيرة ، والتي تقع على وجه الحصر تقريبًا باللون الرمادي والأبيض ، على التوالي.
دراسة الحالة 2: جنين الماوس
أدى تحليل قسم الجنين الماوس مع S3000 إلى تحديد ~ 2200 000 خلية ، مع تسلسل متوسط قدره حوالي 1600 جينات لكل خلية. أسفرت الدقة المحسنة لـ 3.5 UM في تجميع مفصل للغاية للخلايا على أساس أنماط النسخ ، مع 12 مجموعة في منطقة العين و 28 مجموعة في منطقة الدماغ.
تحليل الخلايا تحليل العينة الداخلية:
تحديد جينات العلامات والتوزيع المكاني:
-دقة أعلى خلوية أعلى: مقارنة بشريحة S1000 ، تحتوي كل مساحة لالتقاط من S3000 على 4 ملايين بقعة مشفرة مكانية بقطر 2.5 ميكروم (صندوق مربع: 3.5 ميكرون).
- أعلى كفاءة الالتقاط: مقارنة مع S1000 Slide ، زيادة median_umi من 30 ٪ إلى 70 ٪ ، زيادة الوسيطة من 30 ٪ إلى 60 ٪
مخطط رقاقة S1000:
مخطط رقاقة S3000:
