BMKMANU S1000 النسخ المكاني
المخطط الفني للنسخ المكاني BMKMANU S1000
سمات
● الدقة: 5 ميكرومتر
● قطر البقعة: 2.5 ميكرومتر
● عدد المواقع: حوالي 2 مليون
● 3 تنسيقات محتملة لمنطقة الالتقاط: 6.8 مم * 6.8 مم، 11 مم * 11 مم أو 15 مم * 20 مم
● يتم تحميل كل حبة باركود ببادئات مكونة من 4 أقسام:
ذيل بولي (DT) لتحضير مرنا وتوليف [كدنا].
المعرف الجزيئي الفريد (UMI) لتصحيح تحيز التضخيم
الباركود المكاني
تسلسل ملزم للقراءة الجزئية 1 التمهيدي التسلسل
● H&E وتلطيخ المقاطع بالفلورسنت
● إمكانية الاستخدامتكنولوجيا تجزئة الخلايا: تكامل تلطيخ H&E، وتلطيخ الفلورسنت، وتسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) لتحديد حدود كل خلية وتعيين التعبير الجيني لكل خلية بشكل صحيح.
مزايا بيكممانو S1000
●القرار الخلوية الفرعية: تحتوي كل منطقة التقاط على أكثر من 2 مليون نقطة مشفرة مكانية يبلغ قطرها 2.5 ميكرومتر ومسافة 5 ميكرومتر بين مراكز البقعة، مما يتيح تحليل النسخ المكاني بدقة خلوية فرعية (5 ميكرومتر).
●تحليل القرار متعدد المستويات:تحليل مرن متعدد المستويات يتراوح من 100 ميكرومتر إلى 5 ميكرومتر لحل ميزات الأنسجة المتنوعة بدقة مثالية.
● إمكانية استخدام تقنية تجزئة الخلايا "ثلاثة في شريحة واحدة":من خلال الجمع بين تلطيخ الفلورة، وتلطيخ H&E، وتسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) على شريحة واحدة، تتيح خوارزمية التحليل "ثلاثة في واحد" لدينا تحديد حدود الخلايا للنسخ اللاحقة المستندة إلى الخلايا.
●متوافق مع منصات التسلسل المتعددة: يتوفر كل من NGS وتسلسل القراءة الطويلة.
●تصميم مرن لمنطقة الالتقاط النشطة من 1 إلى 8: حجم منطقة الالتقاط مرن، حيث يمكن استخدام 3 تنسيقات (6.8 مم * 6.8 مم، 11 مم * 11 مم، 15 مم * 20 مم)
●خدمة وقفة واحدة: إنه يدمج جميع الخطوات القائمة على الخبرة والمهارة، بما في ذلك التقسيم بالتبريد، والتلطيخ، وتحسين الأنسجة، والتشفير المكاني، وإعداد المكتبة، والتسلسل، والمعلوماتية الحيوية.
●المعلوماتية الحيوية الشاملة والتصور سهل الاستخدام للنتائج:تتضمن الحزمة 29 تحليلاً وأكثر من 100 رقم عالي الجودة، بالإضافة إلى استخدام برامج مطورة داخليًا لتصور وتخصيص تقسيم الخلايا والتجمع الموضعي.
●تحليل البيانات المخصصة والتصور: متاح لطلبات البحث المختلفة
●فريق فني ذو مهارات عالية: مع خبرة في أكثر من 250 نوعًا من الأنسجة وأكثر من 100 نوع بما في ذلك الإنسان والفئران والثدييات والأسماك والنباتات.
●تحديثات في الوقت الحقيقي على المشروع بأكمله: مع السيطرة الكاملة على التقدم التجريبي.
●تحليل مشترك اختياري مع تسلسل مرنا أحادي الخلية
مواصفات الخدمة
|
عينة متطلبات
| مكتبة |
استراتيجية التسلسل
| البيانات الموصى بها | ضبط الجودة |
| عينات البرد المضمنة أكتوبر، 3 كتل لكل عينة | مكتبة S1000 [كدنا] | Illumina PE150 (تتوفر منصات أخرى) | قراءة 100K PE لكل 100 ميكرومتر (60-150 جيجابايت) | رين>7 |
لمزيد من التفاصيل حول إرشادات إعداد العينات وسير عمل الخدمة، فلا تتردد في التحدث إلى أخبير بمكجين
تدفق عمل الخدمة
في مرحلة إعداد العينة، يتم إجراء تجربة أولية لاستخراج الحمض النووي الريبي لضمان الحصول على الحمض النووي الريبي عالي الجودة. في مرحلة تحسين الأنسجة، يتم تلطيخ الأقسام وتصورها ويتم تحسين ظروف النفاذية لإطلاق الرنا المرسال من الأنسجة. ثم يتم تطبيق البروتوكول الأمثل أثناء بناء المكتبة، يليه التسلسل وتحليل البيانات.
يتضمن سير عمل الخدمة الكامل تحديثات في الوقت الفعلي وتأكيدات من العميل للحفاظ على حلقة تعليقات سريعة الاستجابة، مما يضمن التنفيذ السلس للمشروع.
يتم تحليل البيانات التي تم إنشاؤها بواسطة BMKMANU S1000 باستخدام برنامج "BSTMatrix"، الذي تم تصميمه بشكل مستقل بواسطة BMKGENE، مما يؤدي إلى إنشاء مصفوفة التعبير الجيني. ومن هناك، يتم إنشاء تقرير قياسي يتضمن مراقبة جودة البيانات وتحليل العينات الداخلية والتحليل بين المجموعات.
● مراقبة جودة البيانات:
إخراج البيانات وتوزيع نقاط الجودة
كشف الجينات لكل بقعة
تغطية الأنسجة
● تحليل العينة الداخلية:
ثراء الجينات
التجميع الموضعي، بما في ذلك تحليل الأبعاد المخفضة
تحليل التعبير التفاضلي بين المجموعات: تحديد جينات العلامة
الشرح الوظيفي وإثراء الجينات العلامة
● التحليل المشترك بين المجموعات:
إعادة دمج البقع من كلا العينات (على سبيل المثال، المريضة والسيطرة) وإعادة التجمع
تحديد الجينات المحددة لكل مجموعة
الشرح الوظيفي وإثراء الجينات العلامة
التعبير التفاضلي لنفس المجموعة بين المجموعات
بالإضافة إلى ذلك، قامت BMKGENE بتطوير "BSTViewer" وهي أداة سهلة الاستخدام تمكن المستخدم من تصور التعبير الجيني والتجمع الموضعي بدقة مختلفة.
قامت BMKGene بتطوير برنامج لتصور سهل الاستخدام
تجميع بقعة BSTViewer بدقة متعددة المستويات
BSTellViewer: تقسيم الخلايا تلقائيًا ويدويًا
تحليل العينة الداخلية
التجمعات الموضعية:
تحديد الجينات المميزة والتوزيع المكاني:
التحليل بين المجموعات
مجموعة البيانات من كلا المجموعتين وإعادة المجموعة:
الجينات المميزة للمجموعات الجديدة:
استكشف التطورات التي سهلتها خدمات النسخ المكانية من BMKGene باستخدام تقنية BMKManu S1000 في هذا المنشور المميز:
أغنية، X. وآخرون. (2023) "تكشف النسخ المكانية عن خلايا الكلورنشيمية المستحثة بالضوء والتي تشارك في تعزيز تجديد البراعم في مسامير الطماطم"،وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم في الولايات المتحدة الأمريكية، 120(38)، ص. e2310163120. دوى: 10.1073/pnas.2310163120
أنت، Y. وآخرون. (2023) "مقارنة منهجية للطرق النسخية المكانية القائمة على التسلسل"،com.bioRxiv، ص. 2023.12.03.569744. دوى: 10.1101/2023.12.03.569744.
