10x الجينوم الأعياد النصية المكانية
المخطط الفني
سمات
● القرار: 100 ميكرون
● قطر البقعة: 55 ميكرون
● عدد البقع: 4992
● منطقة الالتقاط: 6.5 × 6.5 مم
● يتم تحميل كل بقعة مشفرة بالاشعال تتكون من 4 أقسام:
- ذيل بولي (DT) لتوليف مرنا وتوليف [كدنا]
- المعرف الجزيئي الفريد (UMI) لتصحيح تحيز التضخيم
- الباركود المكاني
- تسلسل ملزمة للقراءة الجزئية 1 التسلسل التمهيدي
● H&E تلطيخ الأقسام
المزايا
●خدمة واحدة: يدمج جميع الخبرة والخطوات القائمة على المهارات ، بما في ذلك تحريف البرد ، تلطيخ ، تحسين الأنسجة ، الترميز المكاني ، إعداد المكتبات ، التسلسل والمعلوماتية الحيوية.
● الفريق الفني ذو المهارات العالية: مع خبرة في أكثر من 250 نوع الأنسجة و 100+ نوع بما في ذلك الإنسان والماوس والثدييات والأسماك والنباتات.
●تحديث الوقت الحقيقي للمشروع بأكمله: مع السيطرة الكاملة على التقدم التجريبي.
●المعلوماتية الحيوية القياسية الشاملة:تتضمن الحزمة 29 تحليلًا و 100 شخص عالي الجودة.
●تحليل البيانات المخصصة وتصورها: متاح لطلبات البحث المختلفة.
●تحليل مشترك اختياري مع تسلسل مرنا أحادي الخلية
تحديد
| متطلبات العينة | مكتبة | استراتيجية التسلسل | البيانات الموصى بها | ضبط الجودة |
| عينات كبريد من أكتوبر (القطر الأمثل: حوالي 6x6x6 mms) 2 كتل لكل عينة | مكتبة 10x الأعيار [كدنا] | Illumina PE150 | 50K PE يقرأ لكل بقعة (60 جيجابايت) | رين> 7 |
لمزيد من التفاصيل حول توجيهات إعداد العينة وسير عمل الخدمة ، لا تتردد في التحدث إلى أخبير BMKGENE
سير عمل الخدمة
في مرحلة تحضير العينة ، يتم إجراء تجربة استخراج الحمض النووي الريبي السائبة الأولية لضمان الحصول على الحمض النووي الريبي عالي الجودة. في مرحلة تحسين الأنسجة ، يتم تلطيخ الأقسام وتصورها ويتم تحسين شروط النفاذية لإطلاق مرنا من الأنسجة. ثم يتم تطبيق البروتوكول المحسّن أثناء إنشاء المكتبة ، يليه التسلسل وتحليل البيانات.
يتضمن سير العمل الكامل للخدمة تحديثات في الوقت الفعلي وتأكيدات العميل للحفاظ على حلقة ملاحظات سريعة الاستجابة ، مما يضمن تنفيذ المشروع السلس.
يشمل التحليل التالي:
مراقبة جودة البيانات:
o إخراج البيانات وتوزيع نقاط الجودة
o اكتشاف الجينات لكل بقعة
o تغطية الأنسجة
تحليل العينة الداخلية:
يا ثراء الجينات
o التجميع الفوري ، بما في ذلك تحليل الأبعاد المخفضة
o تحليل التعبير التفاضلي بين المجموعات: تحديد جينات العلامة
o التعليق التوضيحي الوظيفي وإثراء جينات العلامات
تحليل بين المجموعات
o إعادة تجميع البقع من كلتا العينات (على سبيل المثال. مريض والسيطرة) وإعادة الكتلة
o تحديد جينات العلامات لكل مجموعة
o التعليق التوضيحي الوظيفي وإثراء جينات العلامات
o التعبير التفاضلي لنفس المجموعة بين المجموعات
تحليل العينة الداخلية
التجميع بقعة
تحديد تحديد جينات وتوزيع المكاني
تحليل بين المجموعات
مزيج من البيانات من كلتا المجموعتين وإعادة الكتلة
علامة جينات مجموعات جديدة
استكشاف التطورات التي تسهلها خدمة Transcriptomics المكانية في Bmkgene بواسطة 10x isium في هذه المنشورات المميزة:
تشن ، د. وآخرون. (2023) 'MTHL1 ، متماثل ذبابة الفاكهة المحتملة للتصاق الثدييات GPCRs ، يشارك في تفاعلات مضادة للأورام على الخلايا الجينية المحقونة في الذباب "،وقائع الأكاديمية الوطنية لعلوم الولايات المتحدة الأمريكية، 120 (30) ، ص. E2303462120. doi: /10.1073/pnas.2303462120
تشن ، ي. وآخرون. (2023) "الصلب يمكّن تحديد الدقة العالية للبيانات النصية المكانية الزمانية" ،الإحاطات في المعلوماتية الحيوية، 24 (2) ، ص. 1-10. doi: 10.1093/bib/bbad068.
Liu ، C. et al. (2022) "أطلس مكاني الزماني للتكوين العضوي في تطوير الزهور الأوركيد" ،أبحاث الأحماض النووية، 50 (17) ، ص 9724-9737. doi: 10.1093/nar/gkac773.
وانغ ، ج. وآخرون. (2023) "دمج النسخ المكانية وتسلسل الحمض النووي الريبي النوكليس واحد يكشف عن الاستراتيجيات العلاجية المحتملة لورم الخلفيات الرحمية" ،المجلة الدولية للعلوم البيولوجية، 19 (8) ، ص. 2515-2530. doi: 10.7150/ijbs.83510.
