-
ነጠላ-ኒውክሊየስ አር ኤን ኤ ቅደም ተከተል
ባለአንድ ሕዋስ ቀረጻ እና ብጁ ቤተመፃህፍት ግንባታ ቴክኒኮችን ማሳደግ ከከፍተኛ ደረጃ ቅደም ተከተል ጋር ተዳምሮ በሴል ደረጃ የጂን አገላለጽ ጥናቶችን አብዮቷል። ይህ ግኝት ውስብስብ የሕዋስ ህዝቦችን በጥልቀት እና በስፋት ለመመርመር ያስችላል, በሁሉም ሴሎች ላይ በአማካይ የጂን አገላለጽ ጋር የተያያዙ ውስንነቶችን በማለፍ እና በእነዚህ ህዝቦች ውስጥ ያለውን እውነተኛ ልዩነት ለመጠበቅ ያስችላል. ነጠላ ሕዋስ አር ኤን ኤ ተከታታይ (scRNA-seq) የማይካድ ጠቀሜታዎች ቢኖሩትም በተወሰኑ ቲሹዎች ውስጥ የአንድ ሴል እገዳ መፈጠር አስቸጋሪ እና ትኩስ ናሙናዎችን የሚፈልግ ከሆነ ተግዳሮቶች ያጋጥሙታል። በ BMKGene፣ ዘመናዊውን የ10X Genomics Chromium ቴክኖሎጂን በመጠቀም ነጠላ-ኒውክሊየስ አር ኤን ኤ ቅደም ተከተል (snRNA-seq) በማቅረብ ይህንን መሰናክል እንፈታዋለን። ይህ አካሄድ በነጠላ ሴል ደረጃ ወደ ግልባጭ ትንተና የሚቀርቡትን የናሙናዎች ስፔክትረም ያሰፋል።
የኒውክሊየሎችን ማግለል በፈጠራው 10X Genomics Chromium ቺፕ፣ ባለ ስምንት ቻናል የማይክሮ ፍሎይዲክስ ስርዓት ባለ ሁለት ማቋረጫ መንገዶችን ያሳያል። በዚህ ስርዓት ውስጥ ባርኮዶችን፣ ፕሪመርን፣ ኢንዛይሞችን እና አንድ ኒውክሊየስን የሚያካትቱ ጄል ዶቃዎች በናኖላይተር መጠን ያላቸው የዘይት ጠብታዎች ውስጥ ተሸፍነዋል፣ Gel Bead-in-Emulsion (GEM) ይመሰርታሉ። የጂኢኤም ምስረታ ተከትሎ፣ የሴል ሊሲስ እና ባርኮድ መለቀቅ በእያንዳንዱ GEM ውስጥ ይከሰታሉ። በመቀጠል፣ mRNA ሞለኪውሎች 10X ባርኮዶችን እና ልዩ ሞለኪውላር መለያዎችን (UMIs) በማካተት ወደ ሲዲኤንኤዎች በግልባጭ ይገለበጣሉ። እነዚህ ሲዲኤንኤዎች በነጠላ ሴል ደረጃ የጂን አገላለጽ መገለጫዎችን ጠንካራ እና አጠቃላይ ፍለጋን በማመቻቸት ለመደበኛ ቅደም ተከተል ቤተ መፃህፍት ግንባታ ተዳርገዋል።
መድረክ፡ 10× ጂኖሚክስ Chromium እና Illumina NovaSeq Platform
-
10x ጂኖሚክስ ቪዚየም የቦታ ትራንስክሪፕት
ስፓሻል ትራንስክሪፕቶሚክስ ተመራማሪዎች የቦታ አውድ ጠብቀው በቲሹዎች ውስጥ ያሉትን የጂን አገላለጽ ዘይቤዎች እንዲመረምሩ የሚያስችል ቴክኖሎጂ ነው። በዚህ ጎራ ውስጥ አንድ ኃይለኛ መድረክ 10x Genomics Visium ከኢሉሚና ቅደም ተከተል ጋር ተጣምሮ ነው። የ 10X Visium መርህ የቲሹ ክፍሎች የሚቀመጡበት በተሰየመ የመያዣ ቦታ ባለው ልዩ ቺፕ ላይ ነው። ይህ የተቀረጸበት ቦታ ባርኮድ የተደረገባቸው ቦታዎች አሉት፣ እያንዳንዱም በቲሹ ውስጥ ካለው ልዩ የቦታ ቦታ ጋር ይዛመዳል። ከቲሹ ውስጥ የተያዙት አር ኤን ኤ ሞለኪውሎች በተገላቢጦሽ የመገልበጥ ሂደት ውስጥ በልዩ ሞለኪውላዊ መለያዎች (UMIs) ምልክት ይደረግባቸዋል። እነዚህ ባርኮድ የተደረገባቸው ቦታዎች እና ዩኤምአይዎች በአንድ ሴል ጥራት ትክክለኛ የቦታ ካርታ እና የጂን አገላለጽ መጠንን ያነቃሉ። የቦታ ባርኮድ ናሙናዎች እና ዩኤምአይዎች ጥምረት የተፈጠረውን መረጃ ትክክለኛነት እና ልዩነት ያረጋግጣል። ተመራማሪዎች ይህንን የስፔሻል ትራንስክሪፕቶሚክስ ቴክኖሎጂን በመጠቀም ስለ ሴሎች የቦታ አደረጃጀት እና በቲሹዎች ውስጥ ስለሚፈጠሩት ውስብስብ ሞለኪውላዊ መስተጋብር ጥልቅ ግንዛቤን ሊያገኙ ይችላሉ፣ ይህም ኦንኮሎጂን፣ ኒውሮሳይንስን፣ የእድገት ባዮሎጂን፣ ኢሚውኖሎጂን ጨምሮ በተለያዩ መስኮች ባዮሎጂያዊ ሂደቶችን በተመለከተ በዋጋ ሊተመን የማይችል ግንዛቤን ይሰጣል። , እና የእጽዋት ጥናቶች.
መድረክ: 10X Genomics Visium እና Illumina NovaSeq
-
ባለሙሉ ርዝመት mRNA ቅደም ተከተል-ናኖፖር
በኤንጂኤስ ላይ የተመሰረተ ኤምአርኤን ቅደም ተከተል የጂን አገላለጽ ለመለካት ሁለገብ መሳሪያ ቢሆንም፣ በአጭር ንባቦች ላይ መደገፉ በውስብስብ ግልባጭ ትንታኔዎች ውስጥ ያለውን ውጤታማነት ይገድባል። በሌላ በኩል፣ ናኖፖር ቅደም ተከተል ረጅም የተነበበ ቴክኖሎጂን ይጠቀማል፣ ይህም የሙሉ ርዝመት mRNA ግልባጮችን ቅደም ተከተል ለማስያዝ ያስችላል። ይህ አካሄድ የአማራጭ ስፕሊንግ፣ የጂን ውህዶች፣ ፖሊ-adenylation እና የኤምአርኤን ኢሶፎርሞችን በመለካት አጠቃላይ ፍለጋን ያመቻቻል።
የናኖፖር ቅደም ተከተል በናኖፖር ነጠላ ሞለኪውል የእውነተኛ ጊዜ የኤሌክትሪክ ምልክቶች ላይ የሚመረኮዝ ዘዴ በእውነተኛ ጊዜ ውጤቶችን ይሰጣል። በሞተር ፕሮቲኖች እየተመራ፣ ባለ ሁለት መስመር ዲ ኤን ኤ በባዮፊልም ውስጥ ከተከተቱ ናኖፖር ፕሮቲኖች ጋር ይገናኛል፣ በቮልቴጅ ልዩነት ውስጥ በናኖፖር ቻናል ውስጥ ሲያልፍ ይፈታል። በዲ ኤን ኤ ስትራንድ ላይ በተለያዩ መሰረቶች የሚፈጠሩት ልዩ የኤሌክትሪክ ምልክቶች በእውነተኛ ጊዜ ተገኝተው ተከፋፍለው ትክክለኛ እና ቀጣይነት ያለው ኑክሊዮታይድ ቅደም ተከተልን ያመቻቻል። ይህ የፈጠራ አቀራረብ የአጭር ንባብ ውስንነቶችን በማለፍ ውስብስብ የጂኖሚክ ትንታኔዎችን ጨምሮ ውስብስብ የጂኖሚክ ትንታኔዎችን ፈጣን ውጤት በማስመዝገብ ተለዋዋጭ መድረክን ይሰጣል።
መድረክ፡ ናኖፖሬ ፕሮሜትሽን 48
-
ባለሙሉ ርዝመት mRNA ቅደም ተከተል -PacBio
በኤንጂኤስ ላይ የተመሰረተ ኤምአርኤን ቅደም ተከተል የጂን አገላለፅን ለመለካት ሁለገብ መሳሪያ ቢሆንም፣ በአጭር ንባብ ላይ ያለው ጥገኛነት ውስብስብ የጽሑፍ ግልባጭ ትንታኔዎችን መጠቀምን ይገድባል። በሌላ በኩል፣ PacBio sequencing (Iso-Seq) ረጅም የተነበበ ቴክኖሎጂን ይጠቀማል፣ ይህም የሙሉ ርዝመት mRNA ግልባጮችን ቅደም ተከተል ለማስያዝ ያስችላል። ይህ አካሄድ የአማራጭ መሰንጠቅን፣ የጂን ውህዶችን እና ፖሊ-አዴኒላይዜሽን አጠቃላይ ፍለጋን ያመቻቻል። ነገር ግን፣ በሚፈለገው ከፍተኛ መጠን ያለው መረጃ ምክንያት ለጂን አገላለጽ መጠን ሌሎች ምርጫዎች አሉ። የPacBio ተከታታይ ቴክኖሎጂ በነጠላ ሞለኪውል፣ በእውነተኛ ጊዜ (SMRT) ቅደም ተከተል ላይ የተመሰረተ ነው፣ ይህም የሙሉ ርዝመት mRNA ግልባጮችን ለመያዝ የተለየ ጥቅም ይሰጣል። ይህ የፈጠራ አካሄድ በቅደም ተከተል ወቅት የዲኤንኤ ፖሊሜሬዜሽን እንቅስቃሴን በእውነተኛ ጊዜ ለመከታተል የሚያስችሉ ዜሮ-ሞድ ሞገድ (ZMWs) እና ማይክሮ ፋብሪካ ጉድጓዶችን መጠቀምን ያካትታል። በእነዚህ ZMWs ውስጥ፣ የPacBio ዲ ኤን ኤ ፖሊሜሬዝ ተጨማሪ የዲ ኤን ኤ ሰንሰለትን ያዘጋጃል፣ ይህም ሙሉውን የኤምአርኤን ቅጂዎች የሚሸፍኑ ረጅም ንባቦችን ይፈጥራል። በCircular Consensus sequencing (CCS) ሁነታ ውስጥ ያለው የፓክባዮ አሠራር ተመሳሳዩን ሞለኪውል ደጋግሞ በመደርደር ትክክለኛነትን ያሻሽላል። የተፈጠሩት የ HiFi ንባቦች ከኤንጂኤስ ጋር የሚወዳደር ትክክለኛነት አላቸው፣ይህም ለተወሳሰቡ የጽሑፍ ግልባጭ ባህሪያት አጠቃላይ እና አስተማማኝ ትንተና አስተዋፅዖ ያደርጋል።
መድረክ፡ PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Eukaryotic mRNA Sequencing-NGS
mRNA sequencing፣ ሁለገብ ቴክኖሎጂ፣ በተወሰኑ ሁኔታዎች ውስጥ ባሉ ሴሎች ውስጥ ያሉትን ሁሉንም የኤምአርኤን ቅጂዎች አጠቃላይ መገለጫን ያበረታታል። ሰፊ በሆነው አፕሊኬሽኑ ይህ የመቁረጫ መሳሪያ ውስብስብ የሆኑ የጂን አገላለጾችን መገለጫዎችን፣ የጂን አወቃቀሮችን እና ከተለያዩ ባዮሎጂካዊ ሂደቶች ጋር የተያያዙ ሞለኪውላዊ ዘዴዎችን ያሳያል። በመሠረታዊ ምርምር ፣ በክሊኒካዊ ምርመራ እና በመድኃኒት ልማት ውስጥ በሰፊው ተቀባይነት ያለው ፣ mRNA ቅደም ተከተል ስለ ሴሉላር ተለዋዋጭነት እና የጄኔቲክ ቁጥጥር ውስብስብነት ግንዛቤዎችን ይሰጣል ፣ ይህም በተለያዩ መስኮች ስላለው እምቅ ጉጉት ቀስቅሷል።
መድረክ፡ ኢሉሚና ኖቫሴክ ኤክስ; DNBSEQ-T7
-
በማጣቀሻ ላይ የተመሰረተ mRNA Sequencing-NGS
mRNA ቅደም ተከተል በተወሰኑ ሁኔታዎች ውስጥ በሴሎች ውስጥ ያሉትን ሁሉንም የኤምአርኤን ቅጂዎች አጠቃላይ መገለጫን ያበረታታል። ይህ የመቁረጫ ቴክኖሎጂ ውስብስብ የሆኑ የጂን አገላለጾችን መገለጫዎችን፣ የጂን አወቃቀሮችን እና ከተለያዩ ባዮሎጂካዊ ሂደቶች ጋር የተያያዙ ሞለኪውላዊ ስልቶችን በማሳየት እንደ ሃይለኛ መሳሪያ ሆኖ ያገለግላል። በመሠረታዊ ምርምር፣ ክሊኒካዊ ምርመራ እና የመድኃኒት ልማት ውስጥ በሰፊው ተቀባይነት ያለው፣ mRNA ቅደም ተከተል ስለ ሴሉላር ተለዋዋጭነት እና የጄኔቲክ ቁጥጥር ውስብስብነት ግንዛቤዎችን ይሰጣል።
መድረክ፡ ኢሉሚና ኖቫሴክ ኤክስ; DNBSEQ-T7
-
ረጅም ኮድ ያልሆነ ቅደም ተከተል-ኢሉሚና
ረጅም ኮድ የማይሰጡ አር ኤን ኤዎች (lncRNAs) ከ200 ኑክሊዮታይዶች የሚረዝሙ ሲሆን አነስተኛ ኮድ የመፃፍ አቅም ያላቸው እና ኮድ በማይሰጡ አር ኤን ኤ ውስጥ ወሳኝ አካላት ናቸው። በኒውክሊየስ እና ሳይቶፕላዝም ውስጥ የሚገኙት እነዚህ አር ኤን ኤዎች በኤፒጄኔቲክ፣ በግልባጭ እና በድህረ-ጽሑፍ ደንብ ውስጥ ወሳኝ ሚናዎችን ይጫወታሉ፣ ይህም ሴሉላር እና ሞለኪውላዊ ሂደቶችን በመቅረጽ ላይ ያላቸውን ጠቀሜታ አጉልቶ ያሳያል። የ LncRNA ቅደም ተከተል በሴል ልዩነት፣ ኦንቶጄኔሲስ እና በሰው በሽታዎች ውስጥ ኃይለኛ መሳሪያ ነው።
መድረክ: Illumina NovaSeq
-
አነስተኛ አር ኤን ኤ ሴኬቲንግ-ኢሉሚና
ትናንሽ አር ኤን ኤ (ኤስ ኤን ኤ) ሞለኪውሎች፣ ማይክሮ አር ኤን ኤ (ሚ አር ኤን ኤ)፣ አነስተኛ ጣልቃ የሚገቡ አር ኤን ኤዎች (siRNAs) እና ፒዊ መስተጋብር አር ኤን ኤ (ፒአርኤንኤ) ያካትታሉ። ከእነዚህም መካከል ከ18-25 ኑክሊዮታይድ የሚረዝሙ ሚአርኤንኤዎች በተለይ በተለያዩ ሴሉላር ሂደቶች ውስጥ ላሳዩት ወሳኝ የቁጥጥር ሚና የሚደነቁ ናቸው። በቲሹ-ተኮር እና ደረጃ-ተኮር አገላለጽ ቅጦች፣ ማይአርኤንኤዎች በተለያዩ ዝርያዎች ላይ ከፍተኛ ጥበቃን ያሳያሉ።
መድረክ: Illumina NovaSeq
-
CircRNA ቅደም ተከተል-ኢሉሚና
ክብ አር ኤን ኤ ሲኬንሲንግ (ሰርር ኤን ኤ ሴኪውሲንግ) የክብ አር ኤን ኤዎችን መገለጫ እና መተንተን ነው፣ ይህ አር ኤን ኤ የበለጠ መረጋጋት እንዲኖረው የሚያደርገውን የአር ኤን ኤ ሞለኪውሎች ክፍል ቀኖናዊ ባልሆኑ ስፔሊንግ ክስተቶች ምክንያት የተዘጉ ቀለበቶችን ይፈጥራሉ። አንዳንድ ሰርአርኤንኤዎች እንደ ማይክሮ አር ኤን ኤ ስፖንጅ ሆነው ሲሰሩ፣ ማይክሮ አር ኤን ኤዎችን በመለየት እና ኢላማቸውን ኤምአርኤን እንዳይቆጣጠሩ ሲደረግ፣ ሌሎች ሰርክ አር ኤን ኤዎች ከፕሮቲኖች ጋር መስተጋብር መፍጠር፣ የጂን አገላለፅን ማስተካከል ወይም በሴሉላር ሂደቶች ውስጥ ሚናዎች ሊኖራቸው ይችላል። የሰር አር ኤን ኤ አገላለጽ ትንተና የእነዚህን ሞለኪውሎች የቁጥጥር ሚናዎች እና በተለያዩ ሴሉላር ሂደቶች፣ በእድገት ደረጃዎች እና በበሽታ ሁኔታዎች ላይ ስላላቸው ጠቀሜታ ግንዛቤን ይሰጣል፣ ይህም የአር ኤን ኤ ደንብ ውስብስብነት በጂን አገላለጽ ላይ ጠለቅ ያለ ግንዛቤ እንዲኖር አስተዋጽኦ ያደርጋል።
-
ሙሉ ትራንስክሪፕት ቅደም ተከተል - ኢሉሚና
ሙሉ የጽሑፍ ግልባጭ ቅደም ተከተል የተለያዩ የአር ኤን ኤ ሞለኪውሎችን ለመገለጽ፣ ኮድ ማድረግን (ኤምአርኤን) እና ኮድ የማይሰጡ አር ኤን ኤዎችን (lncRNA፣ circRNA፣ እና miRNA) ያካትታል። ይህ ዘዴ በተወሰነ ቅጽበት የተወሰኑ ሴሎችን ሙሉ ግልባጭ ይይዛል፣ ይህም ስለ ሴሉላር ሂደቶች አጠቃላይ ግንዛቤ እንዲኖር ያስችላል። “ጠቅላላ የአር ኤን ኤ ሲኬንሲንግ” በመባልም ይታወቃል፣ እንደ ተፎካካሪ ውስጣዊ አር ኤን ኤ (ceRNA) እና የመገጣጠሚያ አር ኤን ኤ ትንተና ያሉ ጥልቅ ትንታኔዎችን በማስቻል የተወሳሰቡ የቁጥጥር ኔትወርኮችን በግልባጭ ደረጃ ይፋ ለማድረግ ያለመ ነው። ይህ በተለይ በሰርርና-ሚርኤን-ኤምአርኤን ላይ የተመሰረቱ የሴአርኤን ግንኙነቶችን የሚያካትቱ የቁጥጥር ኔትወርኮችን ለመክፈት ወደ ተግባራዊ ባህሪይ የመጀመሪያ ደረጃን ያሳያል።
