-
ሜታጂኖሚክ ቅደም ተከተል -ኤን.ኤስ
ሜታጂኖም እንደ የአካባቢ እና የሰው ሜታጂኖም ያሉ የተቀላቀሉ ህዋሳት ማህበረሰብ አጠቃላይ የዘረመል ቁስ ስብስብ ነው። በውስጡም ሊለሙ የሚችሉ እና የማይበቅሉ ረቂቅ ተሕዋስያን ጂኖም ይዟል. የሾትጉን ሜታጂኖሚክ ቅደም ተከተል ከኤንጂኤስ ጋር እነዚህን ውስብስብ የጂኖሚክ መልክዓ ምድሮች ከታክሶኖሚክ መገለጫ በላይ በማቅረብ በአካባቢያዊ ናሙናዎች ውስጥ የተካተቱትን ለማጥናት ያስችላል። ከታክሶኖሚክ ጥናቶች ባሻገር፣ የተኩስ ሽጉጥ ሜታጂኖሚክስ እንዲሁ ተግባራዊ የሆነ የጂኖም እይታ ይሰጣል፣ ይህም ኢንኮድ የተደረገባቸው ጂኖች እና በስነምህዳር ሂደቶች ውስጥ ያላቸውን የማስቀመጥ ሚናዎች ለመፈተሽ ያስችላል። በመጨረሻም፣ በጄኔቲክ አካላት እና በአካባቢያዊ ሁኔታዎች መካከል የግንኙነት መረቦች መመስረት በጥቃቅን ተህዋሲያን ማህበረሰቦች እና በስነ-ምህዳር ዳራ መካከል ያለውን ውስብስብ መስተጋብር አጠቃላይ ግንዛቤን ለመፍጠር አስተዋፅኦ ያደርጋል። በማጠቃለያው፣ የሜታጂኖሚክ ቅደም ተከተል የተለያዩ ጥቃቅን ተህዋሲያን ማህበረሰቦችን ጂኖሚክ ውስብስብነት ለመፍታት፣ በእነዚህ ውስብስብ ስነ-ምህዳሮች ውስጥ በጄኔቲክስ እና በስነ-ምህዳር መካከል ያለውን ዘርፈ-ብዙ ግንኙነት የሚያበራ መሳሪያ ሆኖ ይቆማል።
መድረኮች፡ Illumina NovaSeq እና DNBSEQ-T7
-
ሜታጂኖሚክ ቅደም ተከተል-TGS
ሜታጂኖም እንደ አካባቢ እና ሰው ሜታጂኖም ያሉ የተቀላቀሉ ህዋሳት ማህበረሰብ የጄኔቲክ ቁሶች ስብስብ ነው። በውስጡም ሊለሙ የሚችሉ እና የማይበቅሉ ረቂቅ ተሕዋስያን ጂኖም ይዟል. ሜታጂኖሚክ ቅደም ተከተል ከታክሶኖሚክ በላይ መገለጫዎችን በማቅረብ በሥነ-ምህዳር ናሙናዎች ውስጥ የተካተቱትን እነዚህን ውስብስብ የጂኖሚክ መልክዓ ምድሮች ለማጥናት ያስችላል። በተጨማሪም ኢንኮድ የተደረገባቸውን ጂኖች እና በአካባቢያዊ ሂደቶች ውስጥ ያላቸውን የማስቀመጥ ሚና በመመርመር ተግባራዊ የሆነ የጂኖም እይታን ይሰጣል። ባህላዊ የተኩስ አቀራረቦች ከኢሉሚና ቅደም ተከተል ጋር በሜታጂኖሚክ ጥናቶች ውስጥ በሰፊው ጥቅም ላይ ቢውሉም፣ የናኖፖሬ እና የፓክባዮ ረጅም ተነባቢ ቅደም ተከተል መምጣት መስክውን ቀይረዋል። ናኖፖሬ እና ፓኮቢዮ ቴክኖሎጂ የታችኛው ተፋሰስ ባዮኢንፎርማቲክ ትንታኔዎችን በተለይም የሜታጂኖም ስብሰባን ያሻሽላሉ፣ ይህም የበለጠ ቀጣይነት ያለው ስብሰባዎችን ያረጋግጣል። ሪፖርቶች እንደሚያመለክቱት ናኖፖርን መሰረት ያደረጉ እና በፓክባዮ ላይ የተመሰረተ ሜታጂኖሚክስ ከተወሳሰቡ ማይክሮባዮሞች (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020) የተሟሉ እና የተዘጉ የባክቴሪያ ጂኖም በተሳካ ሁኔታ ማፍራታቸውን ያመለክታሉ። ናኖፖሬ ንባብን ከኢሉሚና ንባብ ጋር ማቀናጀት የናኖፖሬ ተፈጥሯዊ ዝቅተኛ ትክክለኛነትን በመቀነስ ለስህተት እርማት ስልታዊ አካሄድ ይሰጣል። ይህ የተቀናጀ ጥምረት የእያንዳንዱን ተከታታይ መድረክ ጥንካሬዎችን ይጠቀማል፣ እምቅ ውስንነቶችን ለማሸነፍ እና የሜታጂኖሚክ ትንታኔዎችን ትክክለኛነት እና አስተማማኝነት በማሳደግ ጠንካራ መፍትሄ ይሰጣል።
መድረክ፡ ናኖፖሬ ፕሮሜቲዮን 48፣ ኢሉሚያ እና ፓክባዮ ሪቪዮ
-
ሙሉ የጂኖም ቢሰልፋይት ቅደም ተከተል (WGBS)
ሙሉ ጂኖም ቢሱልፋይት ሴኪውሲንግ (WGBS) የዲኤንኤ ሜቲላይሽንን በጥልቀት ለመፈተሽ እንደ ወርቅ ደረጃ ያለው ዘዴ ነው፣ በተለይም በሳይቶሲን (5-mC) ውስጥ አምስተኛው ቦታ፣ የጂን አገላለጽ እና ሴሉላር እንቅስቃሴ ዋና ተቆጣጣሪ። የWGBS ስር ያለው መርህ የቢሰልፋይት ህክምናን ያካትታል፣ ይህም ያልተለወጠ ሳይቶሲን ወደ ዩራሲል (ሲ ወደ ዩ) እንዲቀየር በማነሳሳት ሚቲላይትድ ሳይቶሲን ሳይለወጥ ይቀራል። ይህ ቴክኒክ ነጠላ-ቤዝ መፍታትን ይሰጣል፣ ይህም ተመራማሪዎች ሜቲሎምን በጥልቀት እንዲመረምሩ እና ከተለያዩ ሁኔታዎች በተለይም ከካንሰር ጋር የተዛመዱ ያልተለመዱ የሜቲሌሽን ንድፎችን እንዲያግኙ ያስችላቸዋል። ሳይንቲስቶች WGBSን በመቅጠር ስለ ጂኖም-ሰፊ ሜቲኤሌሽን መልክዓ ምድሮች ወደር የለሽ ግንዛቤዎችን ሊያገኙ ይችላሉ፣ ይህም ለተለያዩ ባዮሎጂያዊ ሂደቶች እና በሽታዎች መንስኤ የሆኑትን ኤፒጄኔቲክ ዘዴዎችን ግንዛቤ ይሰጣል።
-
ለትራንስፖሴስ-ሊደረስ የሚችል Chromatin በከፍተኛ የፍተሻ ቅደም ተከተል (ATAC-seq)
ATAC-seq ለጂኖም-ሰፊ chromatin ተደራሽነት ትንተና የሚያገለግል ከፍተኛ-የማስተላለፍ ዘዴ ነው። በጂን አገላለጽ ላይ ስላለው ዓለም አቀፋዊ ኤፒጄኔቲክ ቁጥጥር ውስብስብ ዘዴዎች ጥልቅ ግንዛቤን ይሰጣል። ዘዴው ሃይፐርአክቲቭ Tn5 transposase ይጠቀማል እና ክፍት ክሮማቲን ክልሎችን በቅደም ተከተል አስማሚ በማስገባት በአንድ ጊዜ መለያየት። ቀጣይ PCR ማጉላት በተወሰኑ የቦታ-ጊዜ ሁኔታዎች ውስጥ ክፍት የሆኑ ክሮማቲን ክልሎችን አጠቃላይ ለመለየት የሚያስችል ተከታታይ ቤተ-መጽሐፍትን ይፈጥራል. ATAC-seq ተደራሽ የሆኑ ክሮማቲን መልክዓ ምድሮች አጠቃላይ እይታን ይሰጣል፣ ወደ ጽሑፍ ግልባጭ ማያያዣ ጣቢያዎች ወይም የተወሰኑ ሂስቶን የተሻሻሉ ክልሎች ላይ ብቻ ከሚያተኩሩ ዘዴዎች በተለየ። እነዚህን ክፍት ክሮማቲን ክልሎች በቅደም ተከተል በመያዝ፣ ATAC-seq ክልሎችን የበለጠ ንቁ የቁጥጥር ቅደም ተከተሎችን እና እምቅ የጽሑፍ ግልባጭ ማያያዣ ጣቢያዎችን ያሳያል፣ ይህም በጂኖም ውስጥ ስላለው ተለዋዋጭ የጂን አገላለጽ ለውጥ ጠቃሚ ግንዛቤዎችን ይሰጣል።
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
የ16S እና 18S አር ኤን ኤ ጂኖች ከ Internal Transcribed Spacer (ITS) ክልል ጋር በመሆን እጅግ በጣም የተጠበቁ እና ከፍተኛ ተለዋዋጭ ክልሎችን በማጣመር እንደ ዋና ሞለኪውላዊ የጣት አሻራ ጠቋሚዎች ያገለግላሉ፣ ይህም ፕሮካርዮቲክ እና eukaryotic ህዋሳትን ለመለየት በዋጋ ሊተመን የማይችል መሳሪያ ያደርጋቸዋል። የእነዚህን ክልሎች ማጉላት እና ቅደም ተከተል በተለያዩ ስነ-ምህዳሮች ውስጥ ያሉ ጥቃቅን ተህዋሲያን ስብጥርን እና ልዩነቶችን ለመመርመር ከገለልተኛ የጸዳ አቀራረብ ይሰጣል። የኢሉሚና ቅደም ተከተል በተለምዶ እንደ V3-V4 የ16S እና ITS1 ያሉ አጫጭር ተለዋዋጭ ክልሎችን ያነጣጠረ ቢሆንም፣ የላቀ የታክሶኖሚክ ማብራሪያ የ16S፣ 18S እና ITS ሙሉ ርዝመትን በቅደም ተከተል በማስቀመጥ ሊሳካ እንደሚችል ታይቷል። ይህ ሁሉን አቀፍ አቀራረብ በትክክል የተከፋፈሉ ቅደም ተከተሎችን ከፍ ያለ በመቶኛ ያስገኛል፣ ይህም ዝርያን ለመለየት የሚያስችል የመፍታት ደረጃ ላይ ይደርሳል። የፓክባዮ ነጠላ ሞለኪውል ሪል-ታይም (SMRT) ተከታታይ መድረክ እጅግ በጣም ትክክለኛ የሆኑ ረጅም ንባቦችን (HiFi) በማቅረብ ጎልቶ የሚታየው ባለ ሙሉ ርዝመት አምፖሎችን የሚሸፍኑ ሲሆን ይህም የኢሉሚና ቅደም ተከተል ትክክለኛነት ይወዳደራል። ይህ ችሎታ ተመራማሪዎች ተወዳዳሪ የማይገኝለት ጥቅም እንዲያገኙ ያስችላቸዋል - ስለ ጄኔቲክ መልክዓ ምድራዊ ገጽታ ፓኖራሚክ እይታ። የተራዘመው ሽፋን በዝርያዎች ማብራሪያ ላይ በተለይም በባክቴሪያ ወይም በፈንገስ ማህበረሰቦች ውስጥ ያለውን መፍትሄ በከፍተኛ ሁኔታ ያሳድጋል፣ ይህም ስለ ጥቃቅን ተህዋሲያን ውስብስብነት ጥልቅ ግንዛቤን ይሰጣል።
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
አምፕሊኮን ቅደም ተከተል ከኢሉሚና ቴክኖሎጂ ጋር፣ በተለይም 16S፣ 18S እና ITS የዘረመል ማርከሮች ላይ ያነጣጠረ፣ በማይክሮቢያዊ ማህበረሰቦች ውስጥ ያለውን የዝርያ ፣የታክሶኖሚ እና የዝርያ ብዛትን ለመፍታት ኃይለኛ ዘዴ ነው። ይህ አካሄድ የቤት አያያዝ የጄኔቲክ ማርከሮች hypervariable ክልሎችን ቅደም ተከተል ያካትታል። በመጀመሪያ እንደ ሞለኪውላር የጣት አሻራ በወዮዎች እና ሌሎችእ.ኤ.አ. በ 1977 ይህ ዘዴ ከገለልተኛ-ነጻ ትንታኔዎችን በማስቻል የማይክሮባዮሚ ፕሮፋይል አብዮት አድርጓል። በ16S (ባክቴሪያ)፣ 18S (ፈንጋይ) እና Internal Transcribed Spacer (ITS፣ fungi) ተከታታይነት ያላቸው ተመራማሪዎች በብዛት የሚገኙ ዝርያዎችን ብቻ ሳይሆን ብርቅዬ እና የማይታወቁትንም መለየት ይችላሉ። በሰፊው እንደ ዋና መሳሪያ የተወሰደው፣ የአምፕሊኮን ቅደም ተከተል የሰው አፍን፣ አንጀትን፣ ሰገራን እና ሌሎችን ጨምሮ በተለያዩ አካባቢዎች ያሉ ልዩ ልዩ ጥቃቅን ተህዋሲያን ውህዶችን ለመለየት አጋዥ ሆኗል።
-
የባክቴሪያ እና የፈንገስ ሙሉ ጂኖም ዳግም ቅደም ተከተል
ተህዋሲያን እና ፈንገስ ሙሉ-ጂኖም ዳግም-ቅደም ተከተል ፕሮጀክቶች ጥቃቅን ጂኖም ማጠናቀቅ እና ማወዳደር በማንቃት ማይክሮቢያል ጂኖም ለማራመድ ወሳኝ ናቸው. ይህ የመፍላት ምህንድስና, የኢንዱስትሪ ሂደቶችን ማመቻቸት እና የሁለተኛ ደረጃ የሜታቦሊዝም መንገዶችን መመርመርን ያመቻቻል. በተጨማሪም የፈንገስ እና የባክቴሪያ ዳግም ቅደም ተከተል የአካባቢን መላመድ ለመረዳት፣ ውጥረቶችን ለማሻሻል እና የጄኔቲክ ዝግመተ ለውጥ ተለዋዋጭነትን ለማሳየት በህክምና፣ በግብርና እና በአካባቢ ሳይንስ ላይ ሰፊ እንድምታ ያለው ወሳኝ ነው።
-
PacBio-Full-ርዝመት 16S/18S/ITS የአምፕሊኮን ቅደም ተከተል
አምፕሊኮን (16S/18S/ITS) ፕላትፎርም በጥቃቅን ብዝሃነት ፕሮጀክት ትንተና የዓመታት ልምድ ያለው ሲሆን ይህም ደረጃውን የጠበቀ መሰረታዊ ትንተና እና ግላዊ ትንታኔን ይዟል፡ መሰረታዊ ትንተና የወቅቱ ጥቃቅን ምርምር ዋና ዋና የትንታኔ ይዘቶችን ይሸፍናል፣ የትንታኔ ይዘቱ የበለፀገ እና ሁሉን አቀፍ ነው። እና የትንታኔ ውጤቶች በፕሮጀክት ሪፖርቶች መልክ ቀርበዋል; ለግል የተበጁ ትንታኔዎች ይዘት የተለያዩ ናቸው. ለግል የተበጁ መስፈርቶችን ለመገንዘብ በመሠረታዊ የትንታኔ ዘገባ እና የምርምር ዓላማ መሠረት ናሙናዎች ሊመረጡ እና መለኪያዎች በተለዋዋጭ ሊዘጋጁ ይችላሉ። የዊንዶውስ ኦፐሬቲንግ ሲስተም, ቀላል እና ፈጣን.
-
PacBio-Full-long Transcriptome (ማጣቀሻ ያልሆነ)
የፓሲፊክ ባዮሳይንስ (PacBio) Isoform ተከታታይ ውሂብን እንደ ግብአት በመውሰድ ይህ መተግበሪያ የሙሉ ርዝመት ግልባጭ ቅደም ተከተሎችን (ያለ ስብሰባ) መለየት ይችላል። የሙሉ-ርዝመት ቅደም ተከተሎችን ከማጣቀሻ ጂኖም ጋር በማነፃፀር ግልባጮች በሚታወቁ ጂኖች ፣ ግልባጮች ፣ በኮድ ክልሎች ፣ ወዘተ. በዚህ ሁኔታ የበለጠ ትክክለኛ የኤምአርኤን አወቃቀሮችን እንደ አማራጭ መገጣጠም ፣ ወዘተ የመሳሰሉትን መለየት ይቻላል ። የጋራ ትንተና ከኤንጂኤስ የትራንስክሪፕት ቅደም ተከተል ዳታ የበለጠ አጠቃላይ ማብራሪያ እና የበለጠ ትክክለኛ አገላለጽ በጽሑፍ ግልባጭ ደረጃ እንዲታይ ያስችለዋል፣ ይህም በአብዛኛው የታችኛውን ተፋሰስ ልዩነት አገላለጽ እና ተግባራዊ ትንታኔን ይጠቀማል።
-
የተቀነሰ ውክልና Bisulfite ቅደም ተከተል (RRBS)
የተቀነሰ ውክልና Bisulfite Sequencing (RRBS) በዲኤንኤ ሜቲሊየሽን ጥናት ውስጥ ከሙሉ ጂኖም Bisulfite Sequencing (WGBS) ጋር ወጪ ቆጣቢ እና ቀልጣፋ አማራጭ ሆኖ ወጥቷል። WGBS ሙሉውን ጂኖም በአንድ የመሠረት ጥራት በመመርመር አጠቃላይ ግንዛቤዎችን ሲያቀርብ፣ ከፍተኛ ወጪው የሚገድብ ምክንያት ሊሆን ይችላል። RRBS የጂኖም ተወካይ ክፍልን በመምረጥ ይህንን ፈተና በዘዴ ይቀንሳል። ይህ ዘዴ በሲፒጂ ደሴት የበለጸጉ ክልሎችን በ MspI ስንጥቅ በማበልጸግ እና ከ200-500/600 bps ቁርጥራጮች መጠን ምርጫን ይከተላል። ስለዚህ፣ ለሲፒጂ ደሴቶች ቅርበት ያላቸው ክልሎች ብቻ በቅደም ተከተል የተቀመጡ ሲሆኑ፣ ሩቅ የሲፒጂ ደሴቶች ያላቸው ከመተንተን የተገለሉ ናቸው። ይህ ሂደት ከ bisulfite ቅደም ተከተል ጋር ተጣምሮ ከፍተኛ ጥራት ያለው የዲ ኤን ኤ ሜቲላይዜሽን ለመለየት ያስችላል, እና ቅደም ተከተል አቀራረብ, PE150, በተለይም ከመሃል ይልቅ በመክተቻዎቹ ጫፎች ላይ ያተኩራል, ይህም የሜቲላይዜሽን ፕሮፋይል ቅልጥፍናን ይጨምራል. RRBS በዋጋ ሊተመን የማይችል መሳሪያ ሲሆን ወጪ ቆጣቢ የዲ ኤን ኤ ሜቲላይዜሽን ምርምርን እና የኤፒጄኔቲክ ዘዴዎችን እውቀት ያሳድጋል።
-
ፕሮካርዮቲክ አር ኤን ኤ ቅደም ተከተል
የአር ኤን ኤ ቅደም ተከተል በተወሰኑ ሁኔታዎች ውስጥ ባሉ ሴሎች ውስጥ ያሉትን ሁሉንም የአር ኤን ኤ ቅጂዎች አጠቃላይ መገለጫን ያበረታታል። ይህ የመቁረጫ ቴክኖሎጂ ውስብስብ የሆኑ የጂን አገላለጾችን መገለጫዎችን፣ የጂን አወቃቀሮችን እና ከተለያዩ ባዮሎጂካዊ ሂደቶች ጋር የተያያዙ ሞለኪውላዊ ስልቶችን በማሳየት እንደ ሃይለኛ መሳሪያ ሆኖ ያገለግላል። በመሠረታዊ ምርምር፣ ክሊኒካዊ ምርመራ እና የመድኃኒት ልማት ውስጥ በሰፊው ተቀባይነት ያለው፣ አር ኤን ኤ ቅደም ተከተል ስለ ሴሉላር ተለዋዋጭነት እና የጄኔቲክ ቁጥጥር ውስብስብነት ግንዛቤዎችን ይሰጣል። የእኛ የፕሮካርዮቲክ አር ኤን ኤ ናሙና ሂደት ለፕሮካርዮቲክ ትራንስክሪፕት የተዘጋጀ ነው፣ አር ኤን ኤ መሟጠጥ እና የአቅጣጫ ቤተመፃህፍት ዝግጅትን ያካትታል።
መድረክ: Illumina NovaSeq
-
Metatranscriptome ቅደም ተከተል
የኢሉሚና ተከታታይ ቴክኖሎጂን መጠቀም፣ የ BMKGENE ሜታትራንስክሪፕት ሴኬሲንግ አገልግሎት እንደ አፈር፣ ውሃ፣ ባህር፣ ሰገራ እና አንጀት ባሉ የተፈጥሮ አካባቢዎች ውስጥ ያሉ የተለያዩ ማይክሮቦች፣ ዩካርዮት ወደ ፕሮካርዮት እና ቫይረሶች የሚሸፍነውን ተለዋዋጭ የጂን አገላለጽ ያሳያል። አጠቃላይ አገልግሎታችን ተመራማሪዎች ወደ ውስብስብ ጥቃቅን ማህበረሰቦች የተሟላ የጂን አገላለጽ መገለጫዎች እንዲገቡ ኃይል ይሰጠዋል። ከታክሶኖሚክ ትንታኔ ባሻገር፣የእኛ የሜታራንስክሪፕት ሴኬቲንግ አገልግሎታችን ወደ ተግባራዊ ማበልፀግ ፍለጋን ያመቻቻል፣በተለያዩ የተገለጹ ጂኖች እና ሚናዎቻቸው ላይ ብርሃንን ይሰጣል። የጂን አገላለጽ፣ የታክሶኖሚክ ልዩነት እና የተግባር ተለዋዋጭነት በእነዚህ የተለያዩ የአካባቢ ጥበቃ ቦታዎች ውስጥ ሲሄዱ ብዙ የባዮሎጂካል ግንዛቤዎችን ያግኙ።
-
ደ ኖቮ የፈንገስ ጂኖም ስብሰባ
BMKGENE ለተለያዩ የምርምር ፍላጎቶች እና የተፈለገውን የጂኖም ሙላትን በማቅረብ ለፈንገስ ጂኖም ሁለገብ መፍትሄዎችን ይሰጣል። አጭር ተነባቢ ኢሉሚና ቅደም ተከተል መጠቀም ብቻ ረቂቅ ጂኖም ለመፍጠር ያስችላል። ናኖፖሬ ወይም ፓሲቢዮ በመጠቀም አጭር ንባብ እና ረጅም የተነበበ ቅደም ተከተል ለተጨማሪ የተጣራ የፈንገስ ጂኖም ረዣዥም ሾጣጣዎች ይጣመራሉ። በተጨማሪም የ Hi-C ቅደም ተከተልን ማቀናጀት አቅሙን የበለጠ ያሻሽላል, ይህም የተሟላ የክሮሞሶም ደረጃ ጂኖም ማግኘት ያስችላል.
