-
Hi-C ላይ የተመሰረተ Chromatin መስተጋብር
Hi-C የጂኖሚክ ውቅረትን ለመያዝ የተነደፈ ዘዴ ነው ፕሮቢንግ በቅርበት ላይ የተመሰረቱ መስተጋብሮችን እና ከፍተኛ-ሂደትን ቅደም ተከተል በማጣመር። ዘዴው የተመሰረተው ክሮማቲን ከፎርማለዳይድ ጋር በማገናኘት ሲሆን በመቀጠልም የምግብ መፈጨት እና እንደገና በማዋሃድ በ covalently የተገናኙ ቁርጥራጮች ብቻ የሊጌሽን ምርቶችን ይፈጥራሉ። እነዚህን የሊጅንግ ምርቶች በቅደም ተከተል በመያዝ የጂኖም 3D ድርጅትን ማጥናት ይቻላል. Hi-C በትንሹ የታሸጉትን (A ክፍልፋዮች፣ euchromatin) እና በይበልጥ ወደ ጽሁፍ ግልባጭ የመሆን ዕድላቸው ያላቸውን የጂኖም ክፍሎችን እና በይበልጥ የታሸጉትን ክልሎች (B ክፍሎች፣ Heterochromatin) ስርጭትን ለማጥናት ያስችላል። Hi-C በተጨማሪም ቶፖሎጂያዊ ተያያዥነት ያላቸው ጎራዎች (TADs)፣ የታጠፈ መዋቅር ያላቸውን እና ተመሳሳይ የአገላለጽ ዘይቤ ሊኖራቸው የሚችሉትን የጂኖም ክልሎች፣ እና chromatin loops፣ የዲኤንኤ ክልሎችን በፕሮቲኖች የተገጠሙ እና በፕሮቲኖች የተደረደሩትን ለመለየት ሊያገለግል ይችላል። ብዙውን ጊዜ በተቆጣጣሪ አካላት የበለፀገ። የ BMKGene ሃይ-ሲ ቅደም ተከተል አገልግሎት ተመራማሪዎች የጂኖም ቁጥጥርን እና በጤና እና በበሽታ ላይ ያለውን አንድምታ ለመረዳት አዳዲስ መንገዶችን በመክፈት የጂኖም ስፋቶችን እንዲመረምሩ ኃይል ይሰጣቸዋል።
-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ቺአይፒ-ሴክ)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) ፀረ እንግዳ አካላትን በመጠቀም ዲኤንኤ የሚይዙ ፕሮቲኖችን እና ተዛማጅ የጂኖም ኢላማዎችን በመምረጥ ለማበልጸግ የሚያስችል ዘዴ ነው። ከኤንጂኤስ ጋር መገናኘቱ ከሂስቶን ማሻሻያ፣ የጽሑፍ ግልባጭ ሁኔታዎች እና ሌሎች ዲኤንኤ-አስተሳሰር ፕሮቲኖች ጋር የተቆራኙትን የዲኤንኤ ኢላማዎች ጂኖም-ሰፊ መገለጫን ያስችላል። ይህ ተለዋዋጭ አካሄድ በተለያዩ የሕዋስ ዓይነቶች፣ ቲሹዎች ወይም ሁኔታዎች ላይ የማሰር ቦታዎችን ማወዳደር ያስችላል። የ ChIP-Seq አፕሊኬሽኖች የጽሑፍ ደንብን እና የእድገት መንገዶችን ከማጥናት ጀምሮ የበሽታ አሠራሮችን እስከማብራራት ድረስ፣ ይህም የጂኖሚክ ቁጥጥር የመሬት አቀማመጦችን ለመረዳት እና የሕክምና ግንዛቤዎችን ለማራመድ አስፈላጊ መሣሪያ ያደርገዋል።
መድረክ: Illumina NovaSeq
-
ሙሉ የጂኖም ቢሰልፋይት ቅደም ተከተል (WGBS)
ሙሉ ጂኖም ቢሱልፋይት ሴኪውሲንግ (WGBS) የዲኤንኤ ሜቲላይሽንን በጥልቀት ለመፈተሽ እንደ ወርቅ ደረጃ ያለው ዘዴ ነው፣ በተለይም በሳይቶሲን (5-mC) ውስጥ አምስተኛው ቦታ፣ የጂን አገላለጽ እና ሴሉላር እንቅስቃሴ ዋና ተቆጣጣሪ። የWGBS ስር ያለው መርህ የቢሰልፋይት ህክምናን ያካትታል፣ ይህም ያልተለወጠ ሳይቶሲን ወደ ዩራሲል (ሲ ወደ ዩ) እንዲቀየር በማነሳሳት ሚቲላይትድ ሳይቶሲን ሳይለወጥ ይቀራል። ይህ ቴክኒክ ነጠላ-ቤዝ መፍታትን ይሰጣል፣ ይህም ተመራማሪዎች ሜቲሎምን በጥልቀት እንዲመረምሩ እና ከተለያዩ ሁኔታዎች በተለይም ከካንሰር ጋር የተዛመዱ ያልተለመዱ የሜቲሌሽን ንድፎችን እንዲያግኙ ያስችላቸዋል። ሳይንቲስቶች WGBSን በመቅጠር ስለ ጂኖም-ሰፊ ሜቲኤሌሽን መልክዓ ምድሮች ወደር የለሽ ግንዛቤዎችን ሊያገኙ ይችላሉ፣ ይህም ለተለያዩ ባዮሎጂያዊ ሂደቶች እና በሽታዎች መንስኤ የሆኑትን ኤፒጄኔቲክ ዘዴዎችን ግንዛቤ ይሰጣል።
-
ለትራንስፖሴስ-ሊደረስ የሚችል Chromatin በከፍተኛ የፍተሻ ቅደም ተከተል (ATAC-seq)
ATAC-seq ለጂኖም-ሰፊ chromatin ተደራሽነት ትንተና የሚያገለግል ከፍተኛ-የማስተላለፍ ዘዴ ነው። በጂን አገላለጽ ላይ ስላለው ዓለም አቀፋዊ ኤፒጄኔቲክ ቁጥጥር ውስብስብ ዘዴዎች ጥልቅ ግንዛቤን ይሰጣል። ዘዴው ሃይፐርአክቲቭ Tn5 transposase ይጠቀማል እና ክፍት ክሮማቲን ክልሎችን በቅደም ተከተል አስማሚ በማስገባት በአንድ ጊዜ መለያየት። ቀጣይ PCR ማጉላት በተወሰኑ የቦታ-ጊዜ ሁኔታዎች ውስጥ ክፍት የሆኑ ክሮማቲን ክልሎችን አጠቃላይ ለመለየት የሚያስችል ተከታታይ ቤተ-መጽሐፍትን ይፈጥራል. ATAC-seq ተደራሽ የሆኑ ክሮማቲን መልክዓ ምድሮች አጠቃላይ እይታን ይሰጣል፣ ወደ ጽሑፍ ግልባጭ ማያያዣ ጣቢያዎች ወይም የተወሰኑ ሂስቶን የተሻሻሉ ክልሎች ላይ ብቻ ከሚያተኩሩ ዘዴዎች በተለየ። እነዚህን ክፍት ክሮማቲን ክልሎች በቅደም ተከተል በመያዝ፣ ATAC-seq ክልሎችን የበለጠ ንቁ የቁጥጥር ቅደም ተከተሎችን እና እምቅ የጽሑፍ ግልባጭ ማያያዣ ጣቢያዎችን ያሳያል፣ ይህም በጂኖም ውስጥ ስላለው ተለዋዋጭ የጂን አገላለጽ ለውጥ ጠቃሚ ግንዛቤዎችን ይሰጣል።
-
የተቀነሰ ውክልና Bisulfite ቅደም ተከተል (RRBS)
የተቀነሰ ውክልና Bisulfite Sequencing (RRBS) በዲኤንኤ ሜቲሊየሽን ጥናት ውስጥ ከሙሉ ጂኖም Bisulfite Sequencing (WGBS) ጋር ወጪ ቆጣቢ እና ቀልጣፋ አማራጭ ሆኖ ወጥቷል። WGBS ሙሉውን ጂኖም በአንድ የመሠረት ጥራት በመመርመር አጠቃላይ ግንዛቤዎችን ሲያቀርብ፣ ከፍተኛ ወጪው የሚገድብ ምክንያት ሊሆን ይችላል። RRBS የጂኖም ተወካይ ክፍልን በመምረጥ ይህንን ፈተና በዘዴ ይቀንሳል። ይህ ዘዴ በሲፒጂ ደሴት የበለጸጉ ክልሎችን በ MspI ስንጥቅ በማበልጸግ እና ከ200-500/600 bps ቁርጥራጮች መጠን ምርጫን ይከተላል። ስለዚህ፣ ለሲፒጂ ደሴቶች ቅርበት ያላቸው ክልሎች ብቻ በቅደም ተከተል የተቀመጡ ሲሆኑ፣ ሩቅ የሲፒጂ ደሴቶች ያላቸው ከመተንተን የተገለሉ ናቸው። ይህ ሂደት ከ bisulfite ቅደም ተከተል ጋር ተጣምሮ ከፍተኛ ጥራት ያለው የዲ ኤን ኤ ሜቲላይዜሽን ለመለየት ያስችላል, እና ቅደም ተከተል አቀራረብ, PE150, በተለይም ከመሃል ይልቅ በመክተቻዎቹ ጫፎች ላይ ያተኩራል, ይህም የሜቲላይዜሽን ፕሮፋይል ቅልጥፍናን ይጨምራል. RRBS በዋጋ ሊተመን የማይችል መሳሪያ ሲሆን ወጪ ቆጣቢ የዲ ኤን ኤ ሜቲላይዜሽን ምርምርን እና የኤፒጄኔቲክ ዘዴዎችን እውቀት ያሳድጋል።
