የእፅዋት / የእንስሳት ደ ኖቮ ጂኖም ቅደም ተከተል
ደ ኖቮቅደም ተከተል የማመሳከሪያ ጂኖም በሌለበት ጊዜ ቅደም ተከተል ቴክኖሎጂዎችን በመጠቀም የአንድ ዝርያ ሙሉ ጂኖም መገንባትን ያመለክታል. ረጅም ንባቦችን በማሳየት የሦስተኛ ትውልድ ቅደም ተከተል ማስተዋወቅ እና መስፋፋት በንባብ መካከል ያለውን መደራረብ በማሳደግ የጂኖም ስብሰባን በእጅጉ አሻሽሏል። ይህ ማሻሻያ በተለይ እንደ ከፍተኛ heterozygosity ከሚያሳዩት፣ ከፍተኛ የተደጋገሙ ክልሎች ጥምርታ፣ ፖሊፕሎይድ እና ክልሎች ተደጋጋሚ ንጥረ ነገሮች፣ ያልተለመዱ የጂሲ ይዘቶች ወይም ከፍተኛ ውስብስብነት ካሉ ፈታኝ ጂኖም ጋር ሲገናኙ በጣም ጠቃሚ ነው አጭር አንብብ ቅደም ተከተል በመጠቀም። ብቻውን።
የእኛ የአንድ-ማቆሚያ መፍትሔ የተቀናጀ የቅደም ተከተል አገልግሎቶችን እና ከፍተኛ ጥራት ያለው የዲ ኖቮ የተገጣጠመ ጂኖም የሚያቀርብ ባዮኢንፎርማቲክ ትንታኔ ይሰጣል። ከኢሉሚና ጋር የተደረገ የመጀመሪያ የጂኖም ዳሰሳ የጂኖም መጠን እና ውስብስብነት ግምቶችን ያቀርባል፣ እና ይህ መረጃ ከፓcBio HiFi ጋር የሚቀጥለውን የረጅም ጊዜ ንባብ ቅደም ተከተል ለመምራት ይጠቅማል፣ በመቀጠልምደ ኖቮየኮንጊዎች ስብስብ. በቀጣይ የHiC ስብሰባ ጥቅም ላይ የሚውለው የክሮሞሶም-ደረጃ ስብስብን ለማግኘት ኮንጊዎችን ወደ ጂኖም ለመሰካት ያስችላል። በመጨረሻም፣ ጂኖም በጂን ትንበያ እና የተገለጹ ጂኖችን በቅደም ተከተል በማዘጋጀት አጭር እና ረጅም ንባብ ያላቸውን ግልባጮች በመጠቀም ይገለጻል።
የአገልግሎት ባህሪዎች
● የበርካታ ቅደም ተከተሎችን እና የባዮኢንፎርማቲክ አገልግሎቶችን በአንድ ማቆሚያ መፍትሄ ማዋሃድ
ከኢሉሚና ጋር የጂኖም ዳሰሳ የጂኖም መጠን ለመገመት እና ቀጣይ እርምጃዎችን ለመምራት;
ረጅም የተነበበ ቅደም ተከተል ለደ ኖቮየኮንጊዎች ስብስብ;
የ Hi-C ቅደም ተከተል ለ ክሮሞዞም መልህቅ;
mRNA ቅደም ተከተል ለጂኖች ማብራሪያ;
የስብሰባውን ትክክለኛነት ማረጋገጥ.
● ለኖቭል ጂኖም ግንባታ ወይም ለፍላጎት ዝርያዎች ነባር የማጣቀሻ ጂኖም ለማሻሻል ተስማሚ አገልግሎት።
የአገልግሎት ጥቅሞች
የቅደም ተከተል መድረኮች ልማት እና ባዮኢንፎርማቲክስ በደ ኖቮየጂኖም ስብሰባ
(Amarasinghe SL et al.ጂኖም ባዮሎጂ, 2020)
●ሰፊ ልምድ እና የህትመት መዝገብBMKGene ዳይፕሎይድ ጂኖም እና በጣም ውስብስብ ፖሊፕሎይድ እና አሎፖሊፕሎይድ ዝርያዎች ጂኖም ጨምሮ የተለያዩ ዝርያዎች, ከፍተኛ-ጥራት ጂኖም ስብሰባ ውስጥ ትልቅ ልምድ አከማችቷል. ከ2018 ጀምሮ፣ ለበለጠ አስተዋፅኦ አበርክተናል300 ከፍተኛ ተጽዕኖ ያላቸው ህትመቶች እና 20+ የሚሆኑት በተፈጥሮ ጀነቲክስ ውስጥ ታትመዋል.
● የአንድ ጊዜ መፍትሄየእኛ የተቀናጀ አካሄድ በርካታ ተከታታይ ቴክኖሎጂዎችን እና የባዮኢንፎርማቲክ ትንታኔዎችን ወደ የተቀናጀ የስራ ፍሰት በማጣመር ከፍተኛ ጥራት ያለው የተገጣጠመ ጂኖም ያቀርባል።
●ለፍላጎትዎ የተዘጋጀ: የአገልግሎታችን የስራ ፍሰቱ ሊበጅ የሚችል ነው, ይህም ለተለያዩ ባህሪያት እና ልዩ የምርምር ፍላጎቶች ለጂኖም መላመድ ያስችላል. ይህ ግዙፍ ጂኖም, ፖሊፕሎይድ ጂኖም, ከፍተኛ ሄትሮዚጎስ ጂኖም እና ሌሎችንም ያካትታል.
●ከፍተኛ ችሎታ ያለው የባዮኢንፎርማቲክስ እና የላቦራቶሪ ቡድንውስብስብ የጂኖም ስብሰባዎች እና ተከታታይ የፈጠራ ባለቤትነት እና የሶፍትዌር የቅጂ መብቶች በሁለቱም የሙከራ እና ባዮኢንፎርማቲክስ ፊት ለፊት ጥሩ ልምድ ያለው።
●የድህረ-ሽያጭ ድጋፍ;የእኛ ቁርጠኝነት ከፕሮጀክት መጠናቀቅ ባለፈ ከሽያጭ በኋላ ባለው የ3 ወር የአገልግሎት ጊዜ ይዘልቃል። በዚህ ጊዜ ከውጤቶቹ ጋር የተያያዙ ማንኛቸውም ጥያቄዎችን ለመፍታት የፕሮጀክት ክትትልን፣ መላ ፍለጋን እና የጥያቄ እና መልስ ክፍለ ጊዜዎችን እናቀርባለን።
የአገልግሎት ዝርዝሮች
| የጂኖም ዳሰሳ | የጂኖም ስብሰባ | የክሮሞሶም ደረጃ | የጂኖም ማብራሪያ |
| 50X ኢሉሚና NovaSeq PE150
| 30X PacBio CCS HiFi ያነባል። | 100X ሃይ-ሲ | RNA-seq ኢሉሚና PE150 10 ጊባ + (አማራጭ) ሙሉ ርዝመት RNA-seq PacBio 40 Gb ወይም ናኖፖሬ 12 ጊባ |
የአገልግሎት መስፈርቶች
ለጂኖም ዳሰሳ፣ የጂኖም መሰብሰቢያ እና ሃይ-ሲ ስብሰባ፡-
| ቲሹ ወይም የወጡ ኑክሊክ አሲዶች | የጂኖም ዳሰሳ | የጂኖም ስብሰባ ከፓክባዮ ጋር | ሃይ-ሲ ስብሰባ |
| የእንስሳት Viscera | 0.5-1 ግ
| ≥ 3.5 ግ | ≥2 ግ |
| የእንስሳት ጡንቻ | ≥ 5 ግ | ||
| የአጥቢ እንስሳት ደም | 1.5 ሚሊ
| ≥ 5 ml | ≥2 ሚሊ |
| የዶሮ እርባታ / የአሳ ደም | ≥ 0.5 ሚሊ ሊትር | ||
| ተክል - ትኩስ ቅጠል | 1-2 ግ | ≥ 5 ግ | ≥ 4 ግ |
| ያደጉ ሕዋሳት |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| ነፍሳት | 0.5-1 ግ | ≥ 3 ግ | ≥ 2 ግ |
| የተወሰደ ዲ ኤን ኤ | ትኩረት፡ ≥1 ng/µL መጠን ≥ 30ng የተገደበ ወይም ምንም መበስበስ ወይም ብክለት የለም። | ማጎሪያ፡ ≥ 50 ng/µL መጠን፡ 10 μg/ፍሰት ሕዋስ/ናሙና OD260/280 = 1.7-2.2 OD260/230 = 1.8-2.5 የተገደበ ወይም ምንም መበስበስ ወይም ብክለት የለም። |
-
|
ለጂኖም ማብራሪያ ከትራንስክሪፕቶሚክስ ጋር፡-
| ቲሹ ወይም የወጡ ኑክሊክ አሲዶች | ኢሉሚና ትራንስክሪፕት | PacBio ትራንስክሪፕት | ናኖፖሬ ትራንስክሪፕት |
| ተክል- ሥር / ግንድ / ፔታል | 450 ሚ.ግ | 600 ሚ.ግ | |
| ተክል - ቅጠል / ዘር | 300 ሚ.ግ | 300 ሚ.ግ | |
| ተክል - ፍሬ | 1.2 ግ | 1.2 ግ | |
| የእንስሳት ልብ / አንጀት | 300 ሚ.ግ | 300 ሚ.ግ | |
| የእንስሳት Viscera / አንጎል | 240 ሚ.ግ | 240 ሚ.ግ | |
| የእንስሳት ጡንቻ | 450 ሚ.ግ | 450 ሚ.ግ | |
| የእንስሳት አጥንት / ፀጉር / ቆዳ | 1 ግ | 1 ግ | |
| አርትሮፖድ - ነፍሳት | 6 | 6 | |
| Arthropod - Crustacea | 300 ሚ.ግ | 300 ሚ.ግ | |
| ሙሉ ደም | 1 ቱቦ | 1 ቱቦ | |
| የተወሰደ አር ኤን ኤ | ትኩረት፡ ≥ 20 ng/µL መጠን ≥ 0.3 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 RIN≥ 6 5≥28S/18S≥1 | ማጎሪያ፡ ≥ 100 ng/µL መጠን ≥ 0.75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 RIN≥ 8 5≥28S/18S≥1 | ማጎሪያ፡ ≥ 100 ng/µL መጠን ≥ 0.75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 RIN≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
የሚመከር ናሙና ማድረስ
መያዣ፡ 2 ሚሊ ሴንትሪፉጅ ቱቦ (ቲን ፎይል አይመከርም)
(ለአብዛኛዎቹ ናሙናዎች በኤታኖል ውስጥ እንዳይቀመጡ እንመክራለን።)
የናሙና መሰየሚያ፡ ናሙናዎች በግልፅ መሰየሚያ እና ከቀረበው የናሙና መረጃ ቅጽ ጋር ተመሳሳይ መሆን አለባቸው።
ጭነት: ደረቅ-በረዶ: ናሙናዎች በቅድሚያ በከረጢቶች ውስጥ ተጭነው በደረቅ በረዶ ውስጥ መቀበር አለባቸው.
የስራ ፍሰት
የአገልግሎት ሥራ ፍሰት
የሙከራ ንድፍ
ናሙና መላኪያ
የዲኤንኤ ማውጣት
የቤተ መፃህፍት ግንባታ
ቅደም ተከተል
የውሂብ ትንተና
ከሽያጭ በኋላ አገልግሎቶች
የተሟላ የባዮኢንፎርማቲክ ትንታኔ ፣ በ 4 ደረጃዎች ተለይቷል
1) የጂኖም ዳሰሳ፣ ከኤንጂኤስ ጋር በk-mer ትንታኔ ላይ በመመስረት እንዲህ ይነበባል፡-
የጂኖም መጠን ግምት
የ heterozygosity ግምት
ተደጋጋሚ ክልሎች ግምት
2) የጂኖም ስብሰባ ከPacBio HiFi ጋር፡
ደ ኖቮስብሰባ
የስብሰባ ግምገማ፡ የ BUSCO ትንተና ለጂኖም ሙላት እና የ NGS የኋላ ካርታ እና PacBio HiFi ያነባል።
3) ሃይ-ሲ ስብሰባ;
ሃይ-ሲ ቤተ-መጽሐፍት QC፡ ትክክለኛ የ Hi-C መስተጋብሮች ግምት
የ Hi-C ስብሰባ፡ የኮንጊግ ስብስቦች በቡድን ፣ በመቀጠልም በእያንዳንዱ ቡድን ውስጥ ማዘዝ እና የአቀማመጥ አቅጣጫን መመደብ
ሃይ-ሲ ግምገማ
4) የጂኖም ማብራሪያ;
ኮድ ያልሆነ አር ኤን ኤ ትንበያ
ተደጋጋሚ ቅደም ተከተሎችን መለየት (ትራንስፖሶኖች እና የታንዳም ድግግሞሾች)
የጂን ትንበያ
§ደ ኖቮኣብ መወዳእታ ኣልጎሪዝም
§ በግብረ-ሰዶማዊነት ላይ የተመሰረተ
§ በጽሑፍ ግልባጭ ላይ የተመሠረተ፣ በረዥም እና አጭር ንባቦች፡ ይነበባልደ ኖቮወደ ረቂቅ ጂኖም ተሰብስቦ ወይም ተቀርጿል።
§ የተገመቱ ጂኖች ከብዙ የውሂብ ጎታዎች ጋር ማብራሪያ
1) የጂኖም ዳሰሳ- k-mer ትንተና
2) የጂኖም ስብሰባ
2) የጂኖም ስብሰባ - PacBio HiFi የካርታ ስራን ወደ ረቂቅ ስብሰባ ያነባል
2) Hi-C ስብሰባ - የ Hi-C ትክክለኛ የግንኙነቶች ጥንዶች ግምት
3) Hi-C የድህረ-ስብሰባ ግምገማ
4) የጂኖም ማብራሪያ - የተገመቱ ጂኖች ውህደት
4) የጂኖም ማብራሪያ - የተተነበየ የጂኖች ማብራሪያ
በBMKGene ደ ኖቮ ጂኖም ማሰባሰብያ አገልግሎቶች በተዘጋጁ የሕትመቶች ስብስብ አማካኝነት ያመቻቹትን እድገቶች ያስሱ፡
ሊ, ሲ እና ሌሎች. (2021) 'የጂኖም ቅደም ተከተሎች ዓለም አቀፋዊ የመበታተን መንገዶችን ያሳያሉ እና በባሕር ፈረስ ዝግመተ ለውጥ ውስጥ የተጣመሩ የጄኔቲክ ማስተካከያዎችን ይጠቁማሉ', Nature Communications, 12 (1). doi: 10.1038 / S41467-021-21379-X.
ሊ, Y. እና ሌሎች. (2023) 'ትልቅ-መጠን የክሮሞሶም ለውጦች ወደ ጂኖም-ደረጃ አገላለጽ ለውጦች፣ የአካባቢ መላመድ እና በጋይል ውስጥ ያለው ልዩነት (Bos frontalis)'፣ ሞለኪውላር ባዮሎጂ እና ዝግመተ ለውጥ፣ 40(1)። doi: 10.1093 / MOLBEV / MSAD006.
ቲያን, ቲ. እና ሌሎች. (2023) 'ጂኖም መሰብሰብ እና ታዋቂ የሆነ ድርቅን የሚቋቋም የበቆሎ ጀርም ዘረመል'፣ Nature Genetics 2023 55:3, 55(3)፣ ገጽ. 496–506። doi: 10.1038 / s41588-023-01297-y.
ዣንግ, ኤፍ. እና ሌሎች. (2023) 'በሶላናሴ ቤተሰብ ውስጥ ያሉትን ሁለት ጂኖም በመተንተን የትሮፔን አልካሎይድ ባዮሲንተሲስን እድገት መግለጥ'፣ Nature Communications 2023 14፡1፣ 14(1)፣ ገጽ 1–18። doi: 10.1038 / s41467-023-37133-4.
ፈታኝ የጉዳይ ጥናቶች፡-
የቴሎሜር-ቴሎሜር ስብሰባ;ፉ, ኤ. እና ሌሎች. (2023) 'Tolomer-to-telomere ጂኖም የመራራ ሐብሐብ ስብሰባ (Momordica charantia L. var. Abbreviata Ser.) የፍራፍሬ እድገትን, ቅንብርን እና የማብሰያ ጄኔቲክ ባህሪያትን ያሳያል', የአትክልት ምርምር, 10 (1). doi: 10.1093 / HR / UHAC228.
የ Haplotype ስብሰባ;ሁ, ደብሊው እና ሌሎች. (2021) 'Allele-defined ጂኖም በካሳቫ ዝግመተ ለውጥ ወቅት የቢያሌሊክ ልዩነትን ያሳያል'፣ Molecular Plant፣ 14(6)፣ ገጽ 851–854። doi: 10.1016 / j.molp.2021.04.009.
ግዙፍ የጂኖም ስብሰባ;ዩዋን፣ ጄ እና ሌሎች (2022) 'የጊጋ-ክሮሞሶምች ጂኖሚክ መሰረት እና የዛፍ ፒዮኒያ ኦስቲያ ጊጋ-ጂኖም'፣ Nature Communications 2022 13፡1፣ 13(1)፣ ገጽ 1–16። doi: 10.1038 / s41467-022-35063-1.
ፖሊፕሎይድ ጂኖም ስብሰባ;Zhang, Q. et al. (2022) 'በቅርቡ የክሮሞሶም ቅነሳ ላይ የጂኖሚክ ግንዛቤዎች የራስ-ፖሊፕሎይድ ሸንኮራ አገዳ Saccharum spontaneum'፣ Nature Genetics 2022 54:6, 54(6)፣ ገጽ 885–896። doi: 10.1038 / s41588-022-01084-1.
