PacBio 2+3 ባለሙሉ ርዝመት mRNA መፍትሄ
ባህሪያት
● የጥናት ንድፍ፡-
የጽሁፍ ግልባጭ ኢሶፎርሞችን ለመለየት ከPacBio ጋር ተከታታይነት ያለው የተጣመመ ናሙና
የተለዩ ናሙናዎች (ቅጂዎች እና ሁኔታዎች የሚሞከሩ) በቅደም ተከተልNGS ወደ ግልባጭ አገላለጽ ለመለካት።
● የPacBio ቅደም ተከተል በCCS ሁነታ፣ HiFi ንባብ በማመንጨት
● የሙሉ ርዝመት ግልባጮች ቅደም ተከተል
● ትንተና የማጣቀሻ ጂኖም አያስፈልግም; ሆኖም ግን ተቀጥሮ ሊሆን ይችላል
● የባዮኢንፎርማቲክ ትንተና በጂን እና በአይሶፎርም ደረጃ ላይ ያለውን መግለጫ ብቻ ሳይሆን የ lncRNA ፣ የጂን ውህዶች ፣ ፖሊ-አድኒሌሽን እና የጂን አወቃቀር ትንተናንም ያጠቃልላል።
ጥቅሞች
● ከፍተኛ ትክክለኛነትHiFi ከኤንጂኤስ ጋር ሲወዳደር 99.9% (Q30) በትክክል ያነባል።
● አማራጭ የስፕሊንግ ትንተናሁሉንም ግልባጮች በቅደም ተከተል ማስቀመጥ የአይሶፎርም መለያ እና ባህሪን ይፈቅዳል።
● የPacBio እና NGS ጥንካሬዎች ጥምረትበአይሶፎርም ደረጃ የአገላለጽ ብዛትን ማስቻል፣ አጠቃላይ የጂን አገላለጽ ሲተነተን ሊደበቅ የሚችል ለውጥን ያሳያል።
● ሰፊ ልምድከ 1100 PacBio በላይ የሙሉ ርዝመት ትራንስክሪፕት ፕሮጄክቶችን በማጠናቀቅ እና ከ 2300 በላይ ናሙናዎችን በማዘጋጀት ልምድ ያለው ቡድናችን ለእያንዳንዱ ፕሮጀክት ብዙ ልምድን ያመጣል።
● የድህረ-ሽያጭ ድጋፍየኛ ቁርጠኝነት ከፕሮጀክት መጠናቀቅ ባለፈ ከሽያጭ በኋላ ባለው የ3 ወር የአገልግሎት ጊዜ ይዘልቃል። በዚህ ጊዜ ከውጤቶቹ ጋር የተያያዙ ማንኛቸውም ጥያቄዎችን ለመፍታት የፕሮጀክት ክትትልን፣ መላ ፍለጋን እና የጥያቄ እና መልስ ክፍለ ጊዜዎችን እናቀርባለን።
የናሙና መስፈርቶች እና አቅርቦት
| ቤተ መፃህፍት | የቅደም ተከተል ስልት | ውሂብ ይመከራል | የጥራት ቁጥጥር |
| ፖሊA የበለፀገ mRNA CCS ቤተ-መጽሐፍት። | PacBio ተከታይ II PacBio Revio | 20/40 ጊባ 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| ፖሊ ኤ የበለፀገ | ኢሉሚና PE150 | 6-10 ጊባ | Q30≥85% |
ኑክሊዮታይዶች
|
| ኮንክ.(ng/μl) | መጠን (μg) | ንጽህና | ታማኝነት |
| ኢሉሚና ቤተ መጻሕፍት | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 የተወሰነ ወይም ምንም የፕሮቲን ወይም የዲኤንኤ ብክለት በጄል ላይ አይታይም። | ለእጽዋት፡ RIN≥4.0; ለእንስሳት፡ RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; የተገደበ ወይም የመነሻ ከፍታ የለውም |
| PacBio ቤተ መጻሕፍት | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 የተወሰነ ወይም ምንም የፕሮቲን ወይም የዲኤንኤ ብክለት በጄል ላይ አይታይም። | ተክሎች: RIN≥7.5 እንስሳት፡ RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; የተገደበ ወይም የመነሻ ከፍታ የለውም |
የሚመከር ናሙና ማድረስ
መያዣ፡ 2 ሚሊ ሴንትሪፉጅ ቱቦ (ቲን ፎይል አይመከርም)
የናሙና መሰየሚያ፡ ቡድን+ ማባዛት ለምሳሌ A1፣ A2፣ A3; B1፣ B2፣ B3
መላኪያ፡
1. ደረቅ-በረዶ:ናሙናዎች በከረጢቶች ውስጥ ተጭነው በደረቅ በረዶ ውስጥ መቀበር አለባቸው.
2. RNAstable tubes፡ የአር ኤን ኤ ናሙናዎች በአር ኤን ኤ ማረጋጊያ ቱቦ (ለምሳሌ RNAstable®) ውስጥ ሊደርቁ እና በክፍል ሙቀት ሊላኩ ይችላሉ።
የሚከተለውን ትንታኔ ያካትታል።
ጥሬ የውሂብ ጥራት ቁጥጥር
ተለዋጭ የ polyadenylation ትንተና (ኤ.ፒ.ኤ)
Fusion ትራንስክሪፕት ትንተና
አማራጭ ስፕሊንግ ትንተና
Benchmarking ሁለንተናዊ ነጠላ-ቅጂ ኦርቶሎጎች (BUSCO) ትንተና
ልብ ወለድ ትራንስክሪፕት ትንተና፡ የኮዲንግ ቅደም ተከተሎች ትንበያ (ሲዲኤስ) እና ተግባራዊ ማብራሪያ
lncRNA ትንተና፡ የ lncRNA እና ዒላማዎች ትንበያ
የማይክሮ ሳተላይት መለያ (ኤስኤስአር)
በልዩነት የተገለጹ ግልባጮች (DETs) ትንተና
በተለየ ሁኔታ የተገለጹ ጂኖች (DEGs) ትንተና
የ DEGs እና DETs ተግባራዊ ማብራሪያ
የ BUSCO ትንተና
አማራጭ ስፕሊንግ ትንተና
ተለዋጭ የ polyadenylation ትንተና (ኤ.ፒ.ኤ)
በተለየ ሁኔታ የተገለጹ ጂኖች (DEGs) እና ግልባጮች (DETs9 ትንታኔ
የDETs እና DEGs የፕሮቲን-ፕሮቲን መስተጋብር አውታረ መረቦች
በBMKGene's PacBio 2+3 ባለ ሙሉ ርዝመት mRNA ቅደም ተከተል የተቀናጁ የሕትመቶችን ስብስብ ያስሱ።
Chao, Q. et al. (2019) 'የፖፑሉስ ግንድ ትራንስክሪፕት የእድገት ተለዋዋጭነት'፣ ፕላንት ባዮቴክኖሎጂ ጆርናል፣ 17(1)፣ ገጽ. 206-219። doi: 10.1111 / PBI.12958.
ዴንግ, ኤች እና ሌሎች. (2022) 'በፍራፍሬ ልማት እና በአክቲኒዲያ ላቲፎሊያ (አስኮርቤይት-የበለፀገ የፍራፍሬ ሰብል) እና በተጓዳኝ ሞለኪውላር ሜካኒዝም በፍራፍሬ ልማት እና በሚበስልበት ጊዜ የአስኮርቢክ አሲድ ይዘት ተለዋዋጭ ለውጦች ፣ ኢንተርናሽናል ሞለኪውላር ሳይንሶች ጆርናል ፣ 23(10) ፣ ገጽ. 5808. doi: 10.3390 / IJMS23105808 / S1.
ሁዋ፣ X. እና ሌሎች (2022) 'በባዮአክቲቭ ፖሊፊሊኖች በፓሪስ ፖሊፊላ ውስጥ የሚሳተፉ የባዮሳይንቴቲክ ጎዳና ጂኖች ውጤታማ ትንበያ'፣ Communications Biology 2022 5:1, 5(1)፣ ገጽ 1-10። doi: 10.1038 / s42003-022-03000-ዝ.
Liu, M. et al. (2023) 'የተዋሃደ PacBio Iso-Seq እና Illumina RNA-Seq የቱታ አብሶሉታ (ሜይሪክ) ትራንስክሪፕት እና ሳይቶክሮም ፒ 450 ጂኖች ትንታኔ'፣ ነፍሳት፣ 14(4)፣ ገጽ. 363. ዶኢ፡ 10.3390/INSECTS14040363/S1.
ዋንግ, ሊጁን እና ሌሎች. (2019) 'PacBio ነጠላ-ሞለኪውል የእውነተኛ ጊዜ ትንታኔን በመጠቀም የሪሲኖሌይክ አሲድ ባዮሲንተሲስ በ Ricinus communis ላይ የተሻለ ግንዛቤ ለማግኘት PacBio ነጠላ-ሞለኪውል ቅጽበታዊ ትንታኔን በመጠቀም የጽሑፍ ውስብስብነት ጥናት። doi: 10.1186 / S12864-019-5832-9 / አሃዞች / 7.
