ደ ኖቮ የፈንገስ ጂኖም ስብሰባ
BMKGENE ለተለያዩ የምርምር ፍላጎቶች እና የተፈለገውን የጂኖም ሙላትን በማቅረብ ለፈንገስ ጂኖም ሁለገብ መፍትሄዎችን ይሰጣል። አጭር ተነባቢ ኢሉሚና ቅደም ተከተል መጠቀም ብቻ ረቂቅ ጂኖም ለመፍጠር ያስችላል። ናኖፖሬ ወይም ፓሲቢዮ በመጠቀም አጭር ንባብ እና ረጅም የተነበበ ቅደም ተከተል ለተጨማሪ የተጣራ የፈንገስ ጂኖም ከረጅም ኮንቲግ ጋር ይጣመራሉ። በተጨማሪም የ Hi-C ቅደም ተከተልን ማቀናጀት አቅሙን የበለጠ ያሳድጋል, ይህም የተሟላ የክሮሞሶም ደረጃ ጂኖም ለማግኘት ያስችላል.
የአገልግሎት ባህሪዎች
በሚፈለገው የጂኖም ሙላት ደረጃ ላይ በመመስረት ለመምረጥ ከሶስት ሊሆኑ የሚችሉ አማራጮች።
● ረቂቅ ጂኖም አማራጭ፡ ከኢሉሚና ኖቫሴክ ፒኢ150 ጋር አጭር ንባብ ቅደም ተከተል።
● የፈንገስ ጥሩ ጂኖም አማራጭ፡-
የጂኖም ዳሰሳ፡ Illumina NovaSeq PE150
የጂኖም ስብሰባ፡ PacBio Revio (HiFi reads) ወይም Nanopore PromethION 48።
● የክሮሞሶም ደረጃ የፈንገስ ጂኖም፡-
የጂኖም ዳሰሳ፡ Illumina NovaSeq PE150
የጂኖም ስብሰባ፡ PacBio Revio (HiFi reads) ወይም Nanopore PromethION 48።
ከHi-C ስብሰባ ጋር መልህቅን ቀጥል።
የአገልግሎት ጥቅሞች
●በርካታ የቅደም ተከተል ስልቶች ይገኛሉለተለያዩ የምርምር ግቦች እና የጂኖም ሙላት መስፈርቶች
●የተሟላ የባዮኢንፎርማቲክስ የስራ ፍሰትይህ የጂኖም ስብሰባን እና የበርካታ ጂኖም ንጥረ ነገሮችን ትንበያን፣ ተግባራዊ የጂን ማብራሪያን እና መልህቅን ያካትታል።
●ሰፊ ዕውቀት: ከ 12,000 በላይ ጥቃቅን ጂኖምዎች ተሰብስበው, ከአስር አመታት በላይ ልምድ, ከፍተኛ ችሎታ ያለው የትንታኔ ቡድን, አጠቃላይ ይዘት እና ከሽያጭ በኋላ ጥሩ ድጋፍን እናመጣለን.
●የድህረ-ሽያጭ ድጋፍ;የእኛ ቁርጠኝነት ከፕሮጀክት መጠናቀቅ ባለፈ ከሽያጭ በኋላ ባለው የ3 ወር የአገልግሎት ጊዜ ይዘልቃል። በዚህ ጊዜ ከውጤቶቹ ጋር የተያያዙ ማንኛቸውም ጥያቄዎችን ለመፍታት የፕሮጀክት ክትትልን፣ መላ ፍለጋን እና የጥያቄ እና መልስ ክፍለ ጊዜዎችን እናቀርባለን።
የአገልግሎት ዝርዝሮች
| አገልግሎት | የቅደም ተከተል ስልት | የጥራት ቁጥጥር |
| ረቂቅ ጂኖም | ኢሉሚና PE150 100x | Q30≥85% |
| ጥሩ ጂኖም | የጂኖም ዳሰሳ፡ ኢሉሚና PE150 50 x ስብሰባ፡ PacBio HiFi 30x ወይም Nanopore 100x | N50 ≥1Mb(Pacbio Unicellular) N50 ≥2Mb(ONT ዩኒሴሉላር) N50 ≥500 ኪባ (ሌሎች) |
| የክሮሞሶም ደረጃ ጂኖም | የጂኖም ዳሰሳ፡ ኢሉሚና PE150 50 x ስብሰባ፡ PacBio HiFi 30x ወይም Nanopore 100x ሃይ-ሲ ስብሰባ 100x | መልህቅ ጥምርታ>90%
|
የአገልግሎት መስፈርቶች
| ትኩረት (ng/µL) | ጠቅላላ መጠን (µg) | መጠን (µL) | ኦዲ260/280 | ኦዲ260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| ናኖፖሬ | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| ኢሉሚና | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
ነጠላ ፈንገስ: ≥3.5x1010 ሴሎች
ማክሮ ፈንገስ: ≥10 ግ
የአገልግሎት ሥራ ፍሰት
ናሙና መላኪያ
የቤተ መፃህፍት ግንባታ
ቅደም ተከተል
የውሂብ ትንተና
ከሽያጭ በኋላ አገልግሎቶች
የሚከተለውን ትንተና ያካትታል:
የጂኖም ዳሰሳ፡-
- የውሂብ ጥራት ቁጥጥር ቅደም ተከተል
- የጂኖም ግምት: መጠን, heterozygosity, ተደጋጋሚ ንጥረ ነገሮች
ጥሩ የጂኖም ስብስብ;
- የውሂብ ጥራት ቁጥጥር ቅደም ተከተል
- ደ ኖቮስብሰባ
- የጂኖም አካል ትንተና፡ የሲዲኤስ እና የበርካታ ጂኖሚክ አካላት ትንበያ
- ተግባራዊ ማብራሪያ ከበርካታ አጠቃላይ የውሂብ ጎታዎች (GO፣ KEGG፣ ወዘተ.) እና የላቀ የውሂብ ጎታዎች (CARD፣ VFDB፣ ወዘተ.)
ሃይ-ሲ ስብሰባ፡
- ሃይ-ሲ ቤተ መፃህፍት ግምገማ።
- ክላስተር መያያዝን፣ ማዘዝ እና አቅጣጫ ማስያዝን ያጠናክራል።
- የ HI-C ስብሰባ ግምገማ: በማጣቀሻ ጂኖም እና በሙቀት ካርታ ላይ የተመሰረተ
የጂኖም ዳሰሳ፡ k-mer ስርጭት
የጂኖም ስብሰባ፡ የጂን ተመሳሳይ ማብራሪያ (NR ዳታቤዝ)
የጂኖም ስብሰባ፡ ተግባራዊ የሆነ የጂን ማብራሪያ (GO)
በBMKGene የፈንገስ ጂኖም ማገጣጠም አገልግሎቶች በተዘጋጁ የሕትመት ስብስቦች አማካኝነት ያመቻቹትን እድገቶች ያስሱ።
ሃዎ, ጄ እና ሌሎች. (2023) 'በተዋሃዱ ሁኔታዎች ውስጥ የመድኃኒት እንጉዳይ ኢንኖቱስ obliquus የተቀናጀ omic መገለጫ'BMC Genomics፣ 24 (1) ፣ ገጽ 1-12። doi: 10.1186 / S12864-023-09656-Z / አሃዞች / 3.
Lu, L. et al. (2023) “የጂኖም ቅደም ተከተል የስንዴ ሹል አይን ውስጥ በሽታ አምጪ ተህዋስያን Rhizoctonia cerealis ዝግመተ ለውጥ እና በሽታ አምጪ ስልቶችን ያሳያል።የሰብል ጆርናል፣ 11 (2) ፣ ገጽ 405-416። doi: 10.1016 / J.CJ.2022.07.024.
ዣንግ፣ ኤች እና ሌሎች (2023) 'የጂኖም ሀብቶች ለአራት ክላሪሬዲያ ዝርያዎች ዶላር በተለያዩ የሣር ዝርያዎች ላይ እንዲፈጠር ምክንያት'፣የእፅዋት በሽታ፣ 107(3)፣ ገጽ 929–934። doi: 10.1094 / PDIS-08-22-1921-አንድ
ዣንግ፣ ኤስኤስ እና ሌሎች። (2023) 'በምበላው እንጉዳይ ግሪፎላ ፍሮንዶሳ ውስጥ ስለ ቴትራፖላር ማዳቀል ስርዓት የዘረመል እና ሞለኪውላዊ ማስረጃ'፣የፈንገስ ጆርናል፣ 9(10) ፣ ገጽ. 959. doi: 10.3390 / JOF9100959 / S1.
