BMKMANU S1000 የቦታ ትራንስክሪፕት
BMKMANU S1000 የቦታ ትራንስክሪፕት ቴክኒካል እቅድ
ባህሪያት
● ጥራት፡ 5 µM
● ስፖት ዲያሜትር፡ 2.5 µM
● የቦታዎች ብዛት፡ ወደ 2 ሚሊዮን ገደማ
● 3 የሚቀረጹ የአካባቢ ቅርጸቶች፡ 6.8 ሚሜ * 6.8 ሚሜ፣ 11 ሚሜ * 11 ሚሜ ወይም 15 ሚሜ * 20 ሚሜ
● እያንዳንዱ ባሮ ኮድድ ዶቃ 4 ክፍሎች ያሉት ፕሪመር ተጭኗል።
ፖሊ(ዲቲ) ጅራት ለኤምአርኤን ፕሪሚንግ እና ሲዲኤንአ ውህደት
የማጉላት አድሏዊነትን ለማስተካከል ልዩ ሞለኪውላር መለያ (UMI)
የቦታ ባርኮድ
ከፊል ንባብ 1 ተከታታይ ፕሪመር አስገዳጅ ቅደም ተከተል
● H&E እና የፍሎረሰንት ክፍሎችን መቀባት
● የመጠቀም እድልየሕዋስ ክፍፍል ቴክኖሎጂየእያንዳንዱን ሕዋስ ወሰን ለመወሰን እና ለእያንዳንዱ ሕዋስ የጂን መግለጫን በትክክል ለመመደብ የH&E ቀለም፣ የፍሎረሰንት ቀለም እና አር ኤን ኤ ቅደም ተከተል ውህደት።
የ BMKMANU S1000 ጥቅሞች
●ንዑስ-ሴሉላር ጥራትእያንዳንዱ የተቀረጸ ቦታ>2 ሚሊዮን የስፔሻል ባርኮድ ስፖቶች በ2.5µm ዲያሜትር እና በቦታ ማዕከሎች መካከል ያለው የ 5 µm ክፍተት፣የቦታ ትራንስክሪፕት ትንታኔን በንዑስ ሴሉላር ጥራት (5 µm) ይይዛል።
●ባለብዙ ደረጃ ጥራት ትንተና፡-ከ100 μm እስከ 5 μm የሚደርስ ተለዋዋጭ ባለብዙ ደረጃ ትንተና የተለያዩ የቲሹ ባህሪያትን በጥሩ ጥራት ለመፍታት።
●የ"ሶስት በአንድ ስላይድ" የሕዋስ ክፍፍል ቴክኖሎጂን የመጠቀም ዕድል፡-በአንድ ስላይድ ላይ የፍሎረሰንት ቀለም፣ የH&E ቀለም እና የአር ኤን ኤ ቅደም ተከተል በማጣመር የእኛ "ሶስት-በአንድ" የትንታኔ ስልተ-ቀመር ለቀጣይ ሴል ላይ ለተመሰረቱ ግልባጮች የሕዋስ ድንበሮችን የመለየት ኃይል ይሰጣል።
●ከበርካታ ቅደም ተከተል መድረኮች ጋር ተኳሃኝ: ሁለቱም NGS እና ረጅም-የተነበበ ቅደም ተከተል ይገኛሉ።
●የ1-8 ገባሪ ቀረጻ አካባቢ ተለዋዋጭ ንድፍየተቀረፀው ቦታ መጠን ተለዋዋጭ ነው ፣ 3 ቅርፀቶችን መጠቀም ይቻላል (6.8 ሚሜ * 6.8 ሚሜ ፣ 11 ሚሜ * 11 ሚሜ እና 15 ሚሜ * 20 ሚሜ)
●አንድ-ማቆሚያ አገልግሎት: ክሪዮ-ሴክሽን፣ ቀለም መቀባት፣ የቲሹ ማመቻቸት፣ የቦታ ባርኮዲንግ፣ የቤተ መፃህፍት ዝግጅት፣ ቅደም ተከተል እና ባዮኢንፎርማቲክስን ጨምሮ ሁሉንም ልምድ እና ክህሎት ላይ የተመሰረቱ እርምጃዎችን ያጣምራል።
●አጠቃላይ ባዮኢንፎርማቲክስ እና ለተጠቃሚ ምቹ የውጤቶች እይታ፡ጥቅሉ 29 ትንታኔዎችን እና 100+ ከፍተኛ ጥራት ያላቸውን አሃዞች ያካትታል፣ ከውስጣዊ የተሻሻለ ሶፍትዌር አጠቃቀም ጋር ተዳምሮ የሕዋስ ክፍፍልን እና የቦታ ክላስተርን ለማየት እና ለማበጀት።
●ብጁ የውሂብ ትንተና እና እይታለተለያዩ የምርምር ጥያቄዎች ይገኛል።
●ከፍተኛ ችሎታ ያለው የቴክኒክ ቡድንሰው፣ አይጥ፣ አጥቢ እንስሳ፣ አሳ እና እፅዋትን ጨምሮ ከ250 በላይ የቲሹ አይነቶች እና 100+ ዝርያዎች ልምድ ያለው።
●የእውነተኛ ጊዜ ዝመናዎች በጠቅላላው ፕሮጀክት ላይ: የሙከራ እድገትን ሙሉ ቁጥጥር በማድረግ.
●አማራጭ የጋራ ትንተና በነጠላ ሕዋስ mRNA ቅደም ተከተል
የአገልግሎት ዝርዝሮች
|
ናሙና መስፈርቶች
| ቤተ መፃህፍት |
የቅደም ተከተል ስልት
| ውሂብ ይመከራል | የጥራት ቁጥጥር |
| በOCT የተከተቱ ክሪዮ ናሙናዎች፣ በአንድ ናሙና 3 ብሎኮች | S1000 ሲዲኤንኤ ላይብረሪ | ኢሉሚና PE150 (ሌሎች መድረኮች ይገኛሉ) | 100K PE በ100 uM ይነበባል (60-150 ጊባ) | RIN>7 |
ስለ ናሙና ዝግጅት መመሪያ እና የአገልግሎት የስራ ሂደት ለበለጠ ዝርዝር፣ እባክዎን ለማነጋገር ነፃነት ይሰማዎ ሀBMKGENE ባለሙያ
የአገልግሎት ሥራ ፍሰት
በናሙና ዝግጅት ደረጃ ከፍተኛ ጥራት ያለው አር ኤን ኤ ማግኘት መቻሉን ለማረጋገጥ የመጀመሪያ ደረጃ የጅምላ አር ኤን ኤ ማውጣት ሙከራ ይካሄዳል። በቲሹ ማመቻቸት ደረጃ ክፍሎቹ ቀለም የተቀቡ እና የሚታዩ ናቸው እና ኤምአርኤን ከቲሹ ውስጥ ለመልቀቅ የመተላለፊያ ሁኔታዎች ይሻሻላሉ። ከዚያም የተመቻቸ ፕሮቶኮል በቤተ መፃህፍት ግንባታ ወቅት ይተገበራል፣ ከዚያም ቅደም ተከተል እና የውሂብ ትንተና ይከተላል።
የተሟላው የአገልግሎት የስራ ፍሰት ምላሽ ሰጪ የግብረመልስ ዑደትን ለመጠበቅ፣ የፕሮጀክት አፈፃፀምን ለስላሳ ጊዜ ለማረጋገጥ የእውነተኛ ጊዜ ማሻሻያዎችን እና የደንበኛ ማረጋገጫዎችን ያካትታል።
በ BMKMANU S1000 የመነጨው መረጃ የጂን ኤክስፕሬሽን ማትሪክስ በማመንጨት በራሱ በ BMKGENE የተነደፈውን ሶፍትዌር “BSTMatrix” በመጠቀም ይተነተናል። ከዚህ በመነሳት የመረጃ ጥራት ቁጥጥር፣ የውስጠ-ናሙና ትንተና እና የቡድን ትንተናን ያካተተ መደበኛ ሪፖርት ተፈጥሯል።
● የውሂብ ጥራት ቁጥጥር፡-
የውሂብ ውፅዓት እና የጥራት ውጤት ስርጭት
በየቦታው ጂን መለየት
የቲሹ ሽፋን
● የውስጥ ናሙና ትንተና፡-
የጂን ብልጽግና
የተቀነሰ የልኬት ትንታኔን ጨምሮ የቦታ ስብስብ
በክላስተር መካከል ያለው ልዩነት መግለጫ ትንተና፡ የጠቋሚ ጂኖችን መለየት
ተግባራዊ ማብራሪያ እና የጠቋሚ ጂኖች ማበልጸግ
● የቡድን ትንተና፡-
ከሁለቱም ናሙናዎች (ለምሳሌ የታመሙ እና ቁጥጥር) እና እንደገና ክላስተር ነጠብጣቦችን እንደገና ማዋሃድ
ለእያንዳንዱ ዘለላ የጠቋሚ ጂኖችን መለየት
ተግባራዊ ማብራሪያ እና የጠቋሚ ጂኖች ማበልጸግ
በቡድኖች መካከል የአንድ ዓይነት ስብስብ ልዩነት መግለጫ
በተጨማሪም BMKGENE የፈጠረው "BSTViewer" ለተጠቃሚ ምቹ የሆነ መሳሪያ ሲሆን ተጠቃሚው የጂን አገላለጽ እንዲታይ እና በተለያዩ ጥራቶች እንዲሰበሰብ ያደርጋል።
BMKGene ለተጠቃሚ ምቹ እይታ ሶፍትዌር አዘጋጅቷል።
BSTViewer ስፖት ክላስተር በባለብዙ ደረጃ ጥራት
BSTCellViewer፡ አውቶማቲክ እና በእጅ የሕዋስ ክፍፍል
የውስጠ-ናሙና ትንተና
የቦታ ስብስብ፡
የጠቋሚ ጂኖች መለየት እና የቦታ ስርጭት፡
የቡድን ትንተና
የውሂብ ጥምር ከሁለቱም ቡድኖች እና ድጋሚ ክላስተር፡
የአዳዲስ ስብስቦች አመልካች ጂኖች፡-
በዚህ ተለይቶ የቀረበ ሕትመት በBMKGene የቦታ ትራንስክሪፕቶሚክስ አገልግሎት በ BMKManu S1000 ቴክኖሎጂ የተመቻቹ እድገቶችን ያስሱ፡-
ዘፈን፣ X. et al. (2023) 'የቦታ ትራንስክሪፕቶሚክስ በቲማቲም callus ውስጥ የተኩስ እድሳትን በማበረታታት ላይ የተሳተፉ በብርሃን የሚመነጩ ክሎሪንቺማ ሴሎችን ያሳያል'የዩናይትድ ስቴትስ አሜሪካ ብሔራዊ የሳይንስ አካዳሚ ሂደቶች, 120 (38), ገጽ. ኢ2310163120. doi: 10.1073 / pnas.2310163120
እርስዎ, Y. et al. (2023) 'በቅደም ተከተል ላይ የተመሰረቱ የቦታ ትራንስክሪፕቶሚክ ዘዴዎች ስልታዊ ንፅፅር'፣bioRxiv, ገጽ. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
