Hele genoom bisul fi te -volgorde (WGBS)
Die hele genoombisulfietvolgorde (WGB's) staan as die goudstandaardmetodologie vir die diepgaande ondersoek van DNA-metielering, spesifiek die vyfde posisie in sitosien (5-MC), 'n belangrike reguleerder van geenuitdrukking en sellulêre aktiwiteit. Die beginsel onderliggend aan WGB's behels bisulfietbehandeling, wat die omskakeling van ongemetileerde sitosiene na Uracil (C na U) veroorsaak, terwyl gemetileerde sitosiene onveranderd gelaat het. Hierdie tegniek bied enkelbasisresolusie, waardeur navorsers die metieloom en die ontbloot van abnormale metieleringspatrone wat verband hou met verskillende toestande, veral kanker, omvattend kan ondersoek. Deur WGB's te gebruik, kan wetenskaplikes ongeëwenaarde insigte in genoomwye metieleringslandskappe kry, wat 'n genuanseerde begrip bied van die epigenetiese meganismes wat onderliggend is aan verskillende biologiese prosesse en siektes.
Diensfunksies
● Vereis 'n verwysingsgenoom.
● Lambda -DNA word bygevoeg om bisulfiet -omskakelingsdoeltreffendheid te monitor.
● Opeenvolging op Illumina Novasq.
Diensvoordele
●Goue standaard vir DNA -metieleringsnavorsing: Hierdie volwasse metielering -omskakelingsverwerkingstegnologie het 'n hoë akkuraatheid en goeie reproduceerbaarheid.
●Wye dekking en enkelbasis-resolusie:Opsporing van metieleringsterreine op die genoomwye vlak.
●Volledige platform:Voorsien eenstop uitstekende diens van monsterverwerking, biblioteekkonstruksie, opeenvolging tot bioinformatika-analise.
●Uitgebreide kundigheid: Met WGBS-volgorde-projekte wat suksesvol oor 'n uiteenlopende reeks spesies voltooi is, bring BMKGene 'n dekade ervaring, 'n hoogs bekwame analise-span, omvattende inhoud en uitstekende ondersteuning na verkope.
●Moontlikheid om saam te werk met transkriptomika -analise: maak voorsiening vir die geïntegreerde ontleding van WGB's met ander OMICS-data soos RNA-seq.
Voorbeeldspesifikasies
| Biblioteek | Volgorde -strategie | Aanbevole data -uitset | Kwaliteitskontrole |
| Bisulfiet behandel | Illumina PE150 | 30x diepte | Q30 ≥ 85% Bisulfite -omskakeling> 99% |
Voorbeeldvereistes
| Konsentrasie (ng/µl) | Totale hoeveelheid (µg) | Bykomende vereistes | |
| Genomiese DNA | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Beperkte agteruitgang of besmetting |
Dienswerkvloei
Monster aflewering
DNA -ekstraksie
Biblioteekbou
Volgorde
Data -analise
Data aflewering
Sluit die volgende ontleding in:
● RAW opeenvolgende kwaliteitskontrole;
● Kartering na verwysingsgenoom;
● Opsporing van 5MC gemetileerde basisse;
● Analise van metieleringverspreiding en -notasie;
● Analise van differensiaal gemetileerde streke (DMR's);
● Funksionele aantekening van gene wat aan DMR's geassosieer word.
5MC metieleringopsporing: soorte gemetileerde terreine
Metieleringskaart. 5MC metielering genoomwye verspreiding
Aantekening van hoogs gemetileerde streke
Differensiaal gemetileerde streke: geassosieerde gene
Differensiaal gemetileerde streke: aantekening van gepaardgaande gene (geenontologie)
Ontdek die navorsingsvorderings wat deur BMKGene se hele genoom -bisulfietvolgdienste vergemaklik word deur middel van 'n saamgestelde versameling publikasies.
Fan, Y. et al. (2020) 'Analise van DNA-metieleringsprofiele tydens skaapskeletspierontwikkeling met behulp van heel-genoom bisulfietvolgorde',BMC Genomics, 21 (1), pp. 1–15. doi: 10.1186/s12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) 'Nuwe deoksiribonukleïensuurmetieleringstoornisse by werkers wat aan vinielchloried blootgestel is',Toksikologie en industriële gesondheid, 38 (7), pp. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) 'Verwantskappe tussen genoommetielering, vlakke van nie-koderende RNA's, mRNA's en metaboliete in rypwording van tamatievrugte',Die plantjoernaal, 103 (3), pp. 980–994. doi: 10.1111/tpj.14778.
