Spesifieke-lokus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
Werkvloei
Tegniese Skema
Dienskenmerke
● Opeenvolging op NovaSeq met PE150.
● Biblioteekvoorbereiding met dubbele strepieskodering, wat die samevoeging van meer as 1 000 monsters moontlik maak.
● Hierdie tegniek kan met of sonder 'n verwysingsgenoom gebruik word, met verskillende bioinformatiese pyplyne vir elke geval:
Met verwysing genoom: SNP en InDel ontdekking
Sonder verwysingsgenoom: monstergroepering en SNP-ontdekking
● In diein silicoVoorontwerpstadium veelvuldige beperkingsensiemkombinasies word gekeur om diegene te vind wat 'n eenvormige verspreiding van SLAF-merkers langs die genoom genereer.
● Tydens die voor-eksperiment word drie ensiemkombinasies in 3 monsters getoets om 9 SLAF-biblioteke te genereer, en hierdie inligting word gebruik om die optimale beperkingsensiemkombinasie vir die projek te kies.
Diensvoordele
●Hoë Genetiese Merker Ontdekking: Die integrasie van 'n hoë-deurset dubbel strepieskode stelsel maak voorsiening vir die gelyktydige volgorde van groot populasies, en lokus-spesifieke versterking verhoog doeltreffendheid, om te verseker dat merker nommers voldoen aan die uiteenlopende vereistes van verskeie navorsingsvrae.
● Lae afhanklikheid van die genoom: Dit kan toegepas word op spesies met of sonder 'n verwysingsgenoom.
●Buigsame skema-ontwerp: Enkel-ensiem, dubbel-ensiem, multi-ensiem vertering, en verskeie tipes ensieme kan almal gekies word om te voldoen aan verskillende navorsingsdoelwitte of spesies. Diein silicovoorontwerp word uitgevoer om 'n optimale ensiemontwerp te verseker.
● Hoë doeltreffendheid in ensimatiese vertering: Die geleiding van 'nin silicovoorontwerp en 'n voor-eksperiment verseker optimale ontwerp met eweredige verspreiding van SLAF-merkers op die chromosoom (1 SLAF-merker/4Kb) en verminderde herhalende volgorde (<5%).
●Uitgebreide kundigheid: Ons span bring 'n magdom ervaring na elke projek, met 'n rekord van die sluiting van meer as 5000 SLAF-Seq-projekte op honderde spesies, insluitend plante, soogdiere, voëls, insekte en waterorganismes.
● Self-ontwikkelde bioinformatiese werkvloei: BMKGENE het 'n geïntegreerde bioinformatiese werkvloei vir SLAF-Seq ontwikkel om die betroubaarheid en akkuraatheid van die finale uitset te verseker.
Diensspesifikasies
| Tipe analise | Aanbevole bevolkingskaal | Opeenvolgingstrategie | |
| Diepte van etiketvolgorde | Merk nommer | ||
| Genetiese kaarte | 2 ouers en >150 nageslag | Ouers: 20x WGS Afval: 10x | Genoom grootte: <400 Mb: WGS word aanbeveel <1Gb: 100K merkers 1-2Gb :: 200K merkers >2Gb: 300K-etikette Maksimum 500 000 etikette |
| Genoomwye verenigingstudies (GWAS) | ≥200 monsters | 10x | |
| Genetiese Evolusie | ≥30 monsters, met >10 monsters van elke subgroep | 10x | |
Diensvereistes
Konsentrasie ≥ 5 ng/µL
Totale hoeveelheid ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Agarose gel: geen of beperkte afbraak of kontaminasie
Aanbevole voorbeeldaflewering
Houer: 2 ml sentrifugeerbuis
(Vir meeste van die monsters beveel ons aan om nie in etanol te bewaar nie)
Voorbeeldetikettering: Monsters moet duidelik gemerk en identies wees aan ingediende voorbeeldinligtingsvorm.
Versending: Droë-ys: Monsters moet eers in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.
Dienswerkvloei
Voorbeeld QC
Loodseksperiment
SLAF-eksperiment
Biblioteekvoorbereiding
Opeenvolging
Data Analise
Na-verkope Dienste
Sluit die volgende ontleding in:
- Opeenvolging van data QC
- SLAF tag ontwikkeling
Kartering na verwysingsgenoom
Sonder 'n verwysingsgenoom: groepering
- Analise van SLAF-etikette: statistieke, verspreiding oor die genoom
- Merker-ontdekking: SNP, InDel, SNV, CV-oproep en annotasie
Verspreiding van SLAF-merkers op chromosome:
Verspreiding van SNP's op chromosome:
SNP-aantekening
| Jaar | Joernaal | IF | Titel | Aansoeke |
| 2022 | Natuur kommunikasie | 17,694 | Genomiese basis van die giga-chromosome en giga-genoom van boompioen Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nuwe Fitoloog | 7,433 | Huishoudelike voetspore anker genomiese streke van agronomiese belang in sojabone | SLAF-GWAS |
| 2022 | Tydskrif vir Gevorderde Navorsing | 12,822 | Genoomwye kunsmatige introgressies van Gossypium barbadense in G. hirsutum openbaar voortreflike lokusse vir gelyktydige verbetering van katoenveselkwaliteit en -opbrengs eienskappe | SLAF-Evolusionêre genetika |
| 2019 | Molekulêre Plant | 10,81 | Bevolkingsgenomiese analise en De Novo Assembly onthul die oorsprong van Weedy Rys as 'n evolusionêre speletjie | SLAF-Evolusionêre genetika |
| 2019 | Natuur Genetika | 31,616 | Genoomvolgorde en genetiese diversiteit van die gewone karp, Cyprinus carpio | SLAF-skakelkaart |
| 2014 | Natuur Genetika | 25,455 | Die genoom van gekweekte grondboontjies verskaf insig in peulgewas kariotipes, poliploïed evolusie en gewashuishouding. | SLAF-skakelkaart |
| 2022 | Plant Biotegnologie Tydskrif | 9,803 | Identifikasie van ST1 openbaar 'n seleksie wat die rylopery van saadmorfologie behels en olie-inhoud tydens sojaboonmaak | SLAF-Marker ontwikkeling |
| 2022 | Internasionale Tydskrif vir Molekulêre Wetenskappe | 6,208 | Identifikasie en DNA-merkerontwikkeling vir 'n koring-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomiese Chromosoomvervanging | SLAF-Marker ontwikkeling |
| Jaar | Joernaal | IF | Titel | Aansoeke |
| 2023 | Grense in plantwetenskap | 6,735 | QTL-kartering en transkriptoomanalise van suikerinhoud tydens vrugrypwording van Pyrus pyrifolia | Genetiese kaart |
| 2022 | Plant Biotegnologie Tydskrif | 8,154 | Identifikasie van ST1 onthul 'n seleksie wat die rylopery van saadmorfologie en olie-inhoud tydens sojaboonmaak behels
| SNP roep |
| 2022 | Grense in plantwetenskap | 6,623 | Genome-Wide Association Kartering van Hulles Skaars Fenotipes in Droogte Omgewing.
| GWAS |
