Verminderde verteenwoordiging Bisulfiet-volgordebepaling (RRBS)
Verminderde verteenwoordiging Bisulfiet-volgordebepaling (RRBS) het na vore gekom as 'n koste-effektiewe en doeltreffende alternatief vir Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) in DNA-metileringsnavorsing. Terwyl WGBS omvattende insigte verskaf deur die hele genoom teen enkelbasisresolusie te ondersoek, kan die hoë koste daarvan 'n beperkende faktor wees. RRBS versag hierdie uitdaging strategies deur 'n verteenwoordigende gedeelte van die genoom selektief te analiseer. Hierdie metodologie maak staat op die verryking van CpG-eilandryke streke deur MspI-splitsing gevolg deur grootteseleksie van 200-500/600 bps fragmente. Gevolglik word slegs streke proksimaal tot CpG-eilande gerangskik, terwyl dié met verre CpG-eilande by die analise uitgesluit word. Hierdie proses, gekombineer met bisulfiet-volgordebepaling, maak voorsiening vir hoë-resolusie-opsporing van DNA-metilering, en die volgordebepalingsbenadering, PE150, fokus spesifiek op die ente van die insetsels eerder as die middel, wat die doeltreffendheid van metileringsprofilering verhoog. Die RRBS is 'n onskatbare hulpmiddel wat koste-effektiewe DNA-metileringsnavorsing moontlik maak en kennis van epigenetiese meganismes bevorder.
Dienskenmerke
● Vereis 'n verwysingsgenoom.
● Lambda-DNS word gebruik om bisulfiet-omsettingsdoeltreffendheid te monitor.
● MspI-verteringsdoeltreffendheid word ook gemonitor.
● Dubbele ensiemvertering vir plantmonsters.
● Opeenvolging op Illumina NovaSeq.
Diensvoordele
●Koste-effektiewe en doeltreffende alternatief vir WGBS: sodat die ontleding teen 'n laer koste en met laer monstervereistes uitgevoer kan word.
●Volledige platform:lewer eenstop uitstekende diens van monsterverwerking, biblioteekkonstruksie en volgordebepaling tot bioinformatika-analise.
●Uitgebreide kundigheid: met RRBS-volgordebepalingsprojekte wat suksesvol voltooi is oor 'n diverse reeks spesies, bring BMKGENE meer as 'n dekade se ondervinding, 'n hoogs bekwame ontledingspan, omvattende inhoud en uitstekende ondersteuning na verkope.
Diensspesifikasies
| Biblioteek | Opeenvolgingstrategie | Aanbevole data-uitvoer | Gehaltebeheer |
| MspI-verteerde en Bisulfiet-behandelde biblioteek | Illumina PE150 | 8 Gb | Q30 ≥ 85% Bisulfiet-omskakeling > 99% MspI sny doeltreffendheid > 95% |
Voorbeeldvereistes
| Konsentrasie (ng/µL) | Totale hoeveelheid (µg) |
| |
| Genomiese DNA | ≥ 30 | ≥ 1 | Beperkte afbraak of kontaminasie |
Dienswerkvloei
Voorbeeld aflewering
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
Sluit die volgende ontleding in:
● Rou volgordebepaling kwaliteitbeheer;
● Kartering na verwysingsgenoom;
● Opsporing van 5mC gemetileerde basisse en motiefidentifikasie;
● Analise van metileringsverspreiding en monstervergelyking;
● Ontleding van differensieel gemetieleerde streke (DMR's);
● Funksionele annotasie van gene wat met DMR'e geassosieer word.
Kwaliteitbeheer: vertering doeltreffendheid (in genoomkartering)
Kwaliteitbeheer: bisulfiet-omskakeling (in metileringsinligting-ekstraksie)
Metileringskaart: 5mC metileringsgenoomwye verspreiding
Voorbeeldvergelyking: Hoofkomponentanalise
Differensieel gemetileerde streke (DMR's) analise: hittekaart
Verken die navorsingsvorderings wat deur BMKGene se hele genoom-bisulfiet-volgordebepalingsdienste gefasiliteer word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Li, Z. et al. (2022) 'High-fidelity-herprogrammering in Leydig-agtige selle deur CRISPR-aktivering en parakriene faktore',PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) 'Genomewye DNA-metileringsanalise van liggaamsamestelling in Chinese monosigotiese tweeling',Europese Tydskrif vir Kliniese Ondersoek, 53(11), bl. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'DNA-metilering en middel-tot-heupverhouding: 'n epigenoomwye assosiasiestudie in Chinese monosigotiese tweeling',Tydskrif vir Endokrinologiese Ondersoek, 45(12), pp. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
