Prokariotiese RNA-volgordebepaling
Kenmerke
● RNA-monsterverwerking het rRNA-uitputting behels, gevolg deur rigtinggewende RNA-biblioteekvoorbereiding.
● Bioinformatiese analise gebaseer op belyning met 'n verwysingsgenoom
● Analise sluit geenuitdrukking en DEG's in, maar ook transkripsiestruktuur en sRNA-analise
Diensvoordele
●Streng kwaliteitbeheer: ons implementeer kernbeheerpunte oor alle stadiums, van monster- en biblioteekvoorbereiding tot volgordebepaling en bioinformatika. Hierdie noukeurige monitering verseker die lewering van konsekwent hoë kwaliteit resultate.
●Strand-spesifieke volgorde-data: as gevolg van die RNA-biblioteek voorbereiding wat rigtinggewend is, wat identifikasie van anti-sin transkripsies moontlik maak.
●Volledige analise op maat van prokariotiese transkriptome: die bioinformatiese pyplyn sluit nie net ontleding van die geenuitdrukking in nie, maar ook ontleding van die transkripstruktuur, insluitend identifikasie van operone, UTR's en promotors. Dit sluit ook ontleding van sRNA's in, naamlik annotasie en voorspelling van sekondêre struktuur en teikens.
●Ondersteuning na verkope: ons verbintenis strek verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolging, probleemoplossingshulp en V&A-sessies aan om enige navrae wat met die resultate verband hou, aan te spreek.
Voorbeeldvereistes en aflewering
| Biblioteek | Opeenvolgingstrategie | Data aanbeveel | Gehaltebeheer |
| rRNA uitgeput rigtinggewende biblioteek | Illumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
Voorbeeldvereistes:
| Kons.(ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Reinheid | Integriteit |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 Beperkte of geen proteïen- of DNA-kontaminasie word op gel gewys. | RIN≥6,5 |
Aanbevole voorbeeldaflewering
Houer: 2 ml sentrifugeerbuis (tinfoelie word nie aanbeveel nie)
Voorbeeldetikettering: Groep+repliseer bv. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Versending:
1. Droë-ys: Monsters moet in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.
2. RNA-stabiele buise: RNA-monsters kan in RNA-stabiliseringsbuise (bv. RNAstable®) gedroog word en in kamertemperatuur versend word.
Dienswerkvloei
Voorbeeld aflewering
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
Bioinformatiese analise werkvloei
Sluit die volgende ontleding in:
● Rou data kwaliteit beheer
● Belyning met die verwysingsgenoom
● Biblioteekkwaliteit-evaluering: RNA-fragmentasie-willekeurigheid, insetselgrootte en volgordeversadiging
● Funksionele annotasie van voorspelde koderingsgene
● Uitdrukking-analise: korrelasie- en hoofkomponent-analise (PCA)
● Differensiële geenuitdrukking (DEG's)
● Funksionele annotasie en verryking van DEG's
● sRNA-analise: voorspelling, annotasie, teiken en sekondêre struktuurvoorspelling
● Transkripsiestruktuuranalise: operone, begin- en eindposisies, onvertaalde streek (UTS), promotor en SNP/InDel-analise
Volgordeversadiging
Funksionele annotasie van koderende gene
Korrelasie tussen monsters
Differensiële Uitgedrukte Gene (DEG's) analise
Funksionele verrykingsanalise
sRNA-aantekening
Verken die vooruitgang wat gefasiliteer word deur BMKGene se Nanopore-vollengte-mRNA-volgordebepalingsdienste in hierdie uitgesproke publikasie.
Guan, CP et al. (2018) 'Globale transkriptoomveranderinge van biofilmvormende Staphylococcus epidermidis wat reageer op totale alkaloïede van Sophorea alopecuroides',Poolse Tydskrif vir Mikrobiologie, 67(2), bl. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
