-
Enkelkern-RNA-volgordebepaling
Die ontwikkeling van enkelselvaslegging en pasgemaakte biblioteekkonstruksietegnieke, tesame met hoë-deursetvolgordebepaling, het geenuitdrukkingstudies op selvlak 'n rewolusie laat ontstaan. Hierdie deurbraak maak voorsiening vir dieper en meer omvattende ontleding van komplekse selpopulasies, wat die beperkings oorkom wat verband hou met die gemiddelde geenuitdrukking oor alle selle en die behoud van die ware heterogeniteit binne hierdie populasies. Terwyl enkelsel-RNA-volgordebepaling (scRNA-seq) onmiskenbare voordele het, ondervind dit uitdagings in sekere weefsels waar die skepping van 'n enkelsel-suspensie moeilik blyk te wees en vars monsters vereis. By BMKGene spreek ons hierdie struikelblok aan deur enkelkern-RNA-volgordebepaling (snRNA-seq) aan te bied deur gebruik te maak van die moderne 10X Genomics Chromium-tegnologie. Hierdie benadering verbreed die spektrum van monsters wat vatbaar is vir transkriptoomanalise op enkelselvlak.
Die isolasie van kerne word bewerkstellig deur die innoverende 10X Genomics Chromium-skyfie, met 'n agtkanaal-mikrovloeistofstelsel met dubbele kruisings. Binne hierdie stelsel word gelkrale wat strepieskodes, primers, ensieme en 'n enkele kern bevat, in nanoliter-grootte oliedruppels ingekapsuleer, wat Gel Bead-in-Emulsion (GEM) vorm. Na GEM-vorming vind sellise en strepieskodevrystelling binne elke GEM plaas. Vervolgens ondergaan mRNA-molekules omgekeerde transkripsie in cDNA's, wat 10X strepieskodes en Unieke Molekulêre Identifiseerders (UMI's) insluit. Hierdie cDNA's word dan aan standaardvolgorde-biblioteekkonstruksie onderwerp, wat 'n robuuste en omvattende verkenning van geenuitdrukkingprofiele op enkelselvlak fasiliteer.
Platform: 10× Genomics Chromium en Illumina NovaSeq Platform
-
10x Genomics Visium Ruimtelike Transkriptoom
Ruimtelike transkriptomika is 'n voorpunt-tegnologie wat navorsers in staat stel om geenuitdrukkingspatrone binne weefsels te ondersoek, terwyl hul ruimtelike konteks bewaar word. Een kragtige platform in hierdie domein is 10x Genomics Visium tesame met Illumina-volgordebepaling. Die beginsel van 10X Visium lê op 'n gespesialiseerde skyfie met 'n aangewese vangarea waar weefselafdelings geplaas word. Hierdie vangarea bevat strepieskode kolle, wat elk ooreenstem met 'n unieke ruimtelike ligging binne die weefsel. Die vasgevang RNA-molekules van die weefsel word dan gemerk met unieke molekulêre identifiseerders (UMI's) tydens die omgekeerde transkripsieproses. Hierdie strepieskode kolle en UMI's maak presiese ruimtelike kartering en kwantifisering van geenuitdrukking by 'n enkelsel-resolusie moontlik. Die kombinasie van ruimtelike strepieskode-monsters en UMI's verseker die akkuraatheid en spesifisiteit van die gegenereerde data. Deur hierdie Ruimtelike Transkriptomika-tegnologie te gebruik, kan navorsers 'n dieper begrip kry van die ruimtelike organisasie van selle en die komplekse molekulêre interaksies wat binne weefsels voorkom, wat waardevolle insigte bied in die meganismes onderliggend aan biologiese prosesse in verskeie velde, insluitend onkologie, neurowetenskap, ontwikkelingsbiologie, immunologie , en botaniese studies.
Platform: 10X Genomics Visium en Illumina NovaSeq
-
Vollengte mRNA-volgordebepaling-Nanopore
Terwyl NGS-gebaseerde mRNA-volgordebepaling 'n veelsydige hulpmiddel is om geenuitdrukking te kwantifiseer, beperk die afhanklikheid daarvan op kort leeswerk die doeltreffendheid daarvan in komplekse transkriptomiese ontledings. Aan die ander kant gebruik nanopore-volgordebepaling langleestegnologie, wat die volgordebepaling van vollengte-mRNA-transkripsies moontlik maak. Hierdie benadering fasiliteer 'n omvattende verkenning van alternatiewe splitsing, geenfusies, poli-adenilering en die kwantifisering van mRNA isovorme.
Nanopore-volgordebepaling, 'n metode wat staatmaak op nanopore enkelmolekule intydse elektriese seine, lewer resultate intyds. Gelei deur motoriese proteïene, bind dubbelstring-DNS aan nanopore-proteïene wat in 'n biofilm ingebed is, en ontspan terwyl dit deur die nanopore-kanaal beweeg onder 'n spanningsverskil. Die kenmerkende elektriese seine wat deur verskillende basisse op die DNA-string gegenereer word, word intyds opgespoor en geklassifiseer, wat akkurate en deurlopende nukleotiedvolgorde fasiliteer. Hierdie innoverende benadering oorkom kortleesbeperkings en bied 'n dinamiese platform vir ingewikkelde genomiese analise, insluitend komplekse transkriptomiese studies, met onmiddellike resultate.
Platform: Nanopore PromethION 48
-
Vollengte mRNA-volgordebepaling -PacBio
Terwyl NGS-gebaseerde mRNA-volgordebepaling 'n veelsydige hulpmiddel is om geenuitdrukking te kwantifiseer, beperk die afhanklikheid daarvan op kort lees die gebruik daarvan in komplekse transkriptomiese ontledings. Aan die ander kant gebruik PacBio-volgordebepaling (Iso-Seq) langleestegnologie, wat die volgordebepaling van vollengte mRNA-transkripsies moontlik maak. Hierdie benadering fasiliteer 'n omvattende verkenning van alternatiewe splitsing, geensamesmeltings en poli-adenilering. Daar is egter ander keuses vir geenuitdrukking kwantifisering as gevolg van die hoë hoeveelheid data wat benodig word. PacBio-volgordebepalingtegnologie maak staat op enkel-molekule, intydse (SMRT) volgordebepaling, wat 'n duidelike voordeel bied in die vaslegging van vollengte mRNA-transkripsies. Hierdie innoverende benadering behels die gebruik van nul-modus golfleiers (ZMW's) en mikrovervaardigde putte wat die intydse waarneming van DNA-polimerase-aktiwiteit tydens volgordebepaling moontlik maak. Binne hierdie ZMW's sintetiseer PacBio se DNA-polimerase 'n komplementêre string DNA, wat lang leeswerk genereer wat die hele mRNA-transkripsies strek. PacBio-werking in Circular Consensus-volgordebepaling (CCS)-modus verbeter akkuraatheid deur dieselfde molekule herhaaldelik in volgorde te bepaal. Die gegenereerde HiFi-lesings het 'n akkuraatheid vergelykbaar met NGS, wat verder bydra tot 'n omvattende en betroubare ontleding van komplekse transkriptomiese kenmerke.
Platform: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
Eukariotiese mRNA-volgordebepaling-NGS
mRNA-volgordebepaling, 'n veelsydige tegnologie, bemagtig die omvattende profilering van alle mRNA-transkripsies binne selle onder spesifieke toestande. Met sy wye toepassings onthul hierdie voorpunt-instrument ingewikkelde geenuitdrukkingprofiele, geenstrukture en molekulêre meganismes wat met diverse biologiese prosesse geassosieer word. MRNA-volgordebepaling, wat wyd aangeneem is in fundamentele navorsing, kliniese diagnostiek en geneesmiddelontwikkeling, bied insig in die ingewikkeldhede van sellulêre dinamika en genetiese regulering, wat nuuskierigheid oor die potensiaal daarvan op verskeie gebiede laat ontstaan.
Platform: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Nie-verwysingsgebaseerde mRNA-volgordebepaling-NGS
mRNA-volgordebepaling bemagtig die omvattende profilering van alle mRNA-transkripsies binne selle onder spesifieke toestande. Hierdie voorpunt-tegnologie dien as 'n kragtige instrument, wat ingewikkelde geenuitdrukkingprofiele, geenstrukture en molekulêre meganismes wat met diverse biologiese prosesse geassosieer word, onthul. MRNA-volgordebepaling, wat wyd aangeneem word in fundamentele navorsing, kliniese diagnostiek en geneesmiddelontwikkeling, bied insig in die ingewikkeldhede van sellulêre dinamika en genetiese regulering.
Platform: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Lang nie-koderende volgorde-Illumina
Lang nie-koderende RNA's (lncRNA's) is langer as 200 nukleotiede wat minimale koderingspotensiaal besit en is deurslaggewende elemente binne nie-koderende RNA. Gevind in die kern en sitoplasma, speel hierdie RNA's deurslaggewende rolle in epigenetiese, transkripsionele en post-transkripsionele regulering, wat hul belangrikheid in die vorming van sellulêre en molekulêre prosesse onderstreep. LncRNA-volgordebepaling is 'n kragtige instrument in seldifferensiasie, ontogenese en menslike siektes.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Klein RNA-volgordebepaling-Illumina
Klein RNA (sRNA) molekules, sluit in mikroRNA's (miRNA's), klein interfererende RNA's (siRNA's) en piwi-interaksie RNA's (piRNA's). Onder hierdie is miRNA's, ongeveer 18-25 nukleotiede lank, veral opmerklik vir hul deurslaggewende regulatoriese rolle in verskeie sellulêre prosesse. Met weefsel-spesifieke en stadium-spesifieke uitdrukkingspatrone, toon miRNAs hoë bewaring oor verskillende spesies.
Platform: Illumina NovaSeq
-
CircRNA-volgordebepaling-Illumina
Sirkulêre RNA-volgordebepaling (circRNA-seq) is om sirkelvormige RNA's te profileer en te ontleed, 'n klas RNA-molekules wat geslote lusse vorm as gevolg van nie-kanoniese splitsingsgebeure, wat hierdie RNA van verhoogde stabiliteit voorsien. Terwyl daar getoon is dat sommige circRNA's as mikroRNA-sponse optree, mikroRNA's sekwestreer en hulle verhoed om hul teiken-mRNA's te reguleer, kan ander circRNA's met proteïene in wisselwerking tree, geenuitdrukking moduleer of 'n rol in sellulêre prosesse hê. circRNA uitdrukkingsanalise verskaf insigte in die regulatoriese rolle van hierdie molekules en hul betekenis in verskeie sellulêre prosesse, ontwikkelingstadia en siektetoestande, wat bydra tot 'n dieper begrip van die kompleksiteit van RNA-regulering in die konteks van geenuitdrukking.
-
Hele transkriptoomvolgorde - Illumina
Heeltranskriptoomvolgordebepaling bied 'n omvattende benadering tot die profilering van diverse RNA-molekules, wat koderende (mRNA) en nie-koderende RNA's (lncRNA, circRNA en miRNA) insluit. Hierdie tegniek vang die hele transkriptoom van spesifieke selle op 'n gegewe oomblik vas, wat 'n holistiese begrip van sellulêre prosesse moontlik maak. Ook bekend as "totale RNA-volgordebepaling," het dit ten doel om ingewikkelde regulatoriese netwerke op die transkripsievlak te onthul, wat in-diepte analise moontlik maak, soos mededingende endogene RNA (ceRNA) en gesamentlike RNA-analise. Dit is die eerste stap in die rigting van funksionele karakterisering, veral in die ontrafeling van die regulatoriese netwerke wat sirRNA-miRNA-mRNA-gebaseerde ceRNA-interaksies behels.
