-
Metagenomiese volgordebepaling -NGS
'n Metagenoom is 'n versameling van die totale genetiese materiaal van 'n gemengde gemeenskap van organismes, soos omgewings- en menslike metagenome. Dit bevat genome van beide kweekbare en onkweekbare mikroörganismes. Haelgeweer metagenomiese volgordebepaling met NGS maak die studie van hierdie ingewikkelde genomiese landskappe wat in omgewingsmonsters ingebed is moontlik deur meer as taksonomiese profilering te verskaf, wat ook korrelige insigte gee in spesiediversiteit, oorvloeddinamika en komplekse bevolkingstrukture. Behalwe vir taksonomiese studies, bied haelgeweer-metagenomika ook 'n funksionele genomika-perspektief, wat die verkenning van gekodeerde gene en hul vermeende rolle in ekologiese prosesse moontlik maak. Laastens dra die vestiging van korrelasienetwerke tussen genetiese elemente en omgewingsfaktore by tot 'n holistiese begrip van die ingewikkelde wisselwerking tussen mikrobiese gemeenskappe en hul ekologiese agtergrond. Ten slotte, metagenomiese volgordebepaling is 'n deurslaggewende instrument om die genomiese verwikkeldheid van diverse mikrobiese gemeenskappe te ontrafel, wat die veelvlakkige verhoudings tussen genetika en ekologie binne hierdie komplekse ekosisteme verlig.
Platforms: Illumina NovaSeq en DNBSEQ-T7
-
Metagenomiese volgordebepaling-TGS
'n Metagenoom is 'n versameling van die genetiese materiaal van 'n gemengde gemeenskap van organismes, soos omgewings- en menslike metagenome. Dit bevat genome van beide kweekbare en onkweekbare mikroörganismes. Metagenomiese volgordebepaling maak die studie van hierdie ingewikkelde genomiese landskappe wat in ekologiese monsters ingebed is moontlik deur meer as taksonomiese profilering te verskaf. Dit bied ook 'n funksionele genomika-perspektief deur die gekodeerde gene en hul vermeende rolle in omgewingsprosesse te ondersoek. Terwyl tradisionele haelgeweerbenaderings met Illumina-volgordebepaling wyd gebruik is in metagenomiese studies, het die koms van Nanopore en PacBio langleesvolgordebepaling die veld verander. Nanopore- en PacBio-tegnologie verbeter stroomaf bioinformatiese ontledings, veral metagenoomsamestelling, wat meer deurlopende samestellings verseker. Verslae dui daarop dat Nanopore-gebaseerde en PacBio-gebaseerde metagenomika suksesvol volledige en geslote bakteriese genome uit komplekse mikrobiome gegenereer het (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Die integrasie van Nanopore-lees met Illumina-lees bied 'n strategiese benadering vir foutkorreksie, wat Nanopore se inherente lae akkuraatheid versag. Hierdie sinergistiese kombinasie maak gebruik van die sterkpunte van elke volgordebepalingsplatform, en bied 'n robuuste oplossing om potensiële beperkings te oorkom en die akkuraatheid en betroubaarheid van metagenomiese ontledings te bevorder.
Platform: Nanopore PromethION 48, Illumia en PacBio Revio
-
Heelgenoom bisulfietvolgordebepaling (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) staan as die goudstandaard metodologie vir in-diepte verkenning van DNA-metilering, spesifiek die vyfde posisie in sitosien (5-mC), 'n deurslaggewende reguleerder van geenuitdrukking en sellulêre aktiwiteit. Die beginsel onderliggend aan WGBS behels bisulfietbehandeling, wat die omskakeling van ongemetileerde sitosiene na urasiel (C na U) veroorsaak, terwyl gemetileerde sitosiene onveranderd gelaat word. Hierdie tegniek bied enkelbasis-resolusie, wat navorsers in staat stel om die metieloom omvattend te ondersoek en abnormale metileringspatrone wat met verskeie toestande geassosieer word, veral kanker, te ontdek. Deur WGBS in diens te neem, kan wetenskaplikes ongeëwenaarde insigte kry in genoomwye metileringslandskappe, wat 'n genuanseerde begrip bied van die epigenetiese meganismes wat onderliggend is aan diverse biologiese prosesse en siektes.
-
Toetsing vir transposase-toeganklike chromatien met hoë deursetvolgordebepaling (ATAC-volgorde)
ATAC-seq is 'n hoë-deurset volgordebepaling tegniek wat gebruik word vir genoomwye chromatien toeganklikheid analise. Die gebruik daarvan bied dieper begrip van die komplekse meganismes van globale epigenetiese beheer oor geenuitdrukking. Die metode gebruik 'n hiperaktiewe Tn5-transposase om gelyktydig oop chromatienstreke te fragmenteer en te merk deur volgordebepalingadapters in te voeg. Daaropvolgende PKR-amplifikasie lei tot die skepping van 'n volgordebepalingsbiblioteek, wat voorsiening maak vir die omvattende identifikasie van oop chromatienstreke onder spesifieke ruimte-tyd toestande. ATAC-seq bied 'n holistiese siening van toeganklike chromatienlandskappe, anders as metodes wat uitsluitlik fokus op transkripsiefaktorbindingsplekke of spesifieke histoon-gemodifiseerde streke. Deur opeenvolging van hierdie oop chromatienstreke, onthul ATAC-seq gebiede wat meer geneig is tot aktiewe regulatoriese volgordes en potensiële transkripsiefaktorbindingsplekke, wat waardevolle insigte bied in die dinamiese modulasie van geenuitdrukking oor die genoom.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Die 16S- en 18S-rRNA-gene, tesame met die Internal Transcribed Spacer (ITS)-gebied, dien as deurslaggewende molekulêre vingerafdrukmerkers as gevolg van hul kombinasie van hoogs gekonserveerde en hiperveranderlike streke, wat hulle van onskatbare waarde maak om prokariotiese en eukariotiese organismes te karakteriseer. Amplifikasie en volgordebepaling van hierdie streke bied 'n isolasievrye benadering om die mikrobiese samestelling en diversiteit oor verskeie ekosisteme te ondersoek. Terwyl Illumina-volgordebepaling tipies kort hiperveranderlike streke soos V3-V4 van 16S en ITS1 teiken, is dit gedemonstreer dat superieure taksonomiese annotasie bereikbaar is deur die volle lengte van 16S, 18S en ITS te volgorde. Hierdie omvattende benadering lei tot hoër persentasies akkuraat geklassifiseerde reekse, wat 'n vlak van resolusie bereik wat strek tot spesie-identifikasie. PacBio se Single-Molecule Real-Time (SMRT)-volgorde-platform staan uit deur hoogs akkurate langlesings (HiFi) te verskaf wat die vollengte-amplikone dek, wat die akkuraatheid van Illumina-volgorde meeding. Hierdie vermoë stel navorsers in staat om 'n ongeëwenaarde voordeel te verkry - 'n panoramiese uitsig oor die genetiese landskap. Die uitgebreide dekking verhoog die resolusie in spesie-annotasie aansienlik, veral binne bakteriese of swamgemeenskappe, wat 'n dieper begrip van die ingewikkeldhede van mikrobiese populasies moontlik maak.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Amplikon-volgordebepaling met Illumina-tegnologie, spesifiek gerig op die 16S, 18S en ITS genetiese merkers, is 'n kragtige metode om die filogenie, taksonomie en spesie oorvloed binne mikrobiese gemeenskappe te ontrafel. Hierdie benadering behels die volgordebepaling van die hiperveranderlike streke van huishoudelike genetiese merkers. Oorspronklik bekendgestel as 'n molekulêre vingerafdruk deurWoeses et alin 1977 het hierdie tegniek 'n omwenteling in mikrobioom-profiele veroorsaak deur isolasievrye ontledings moontlik te maak. Deur die volgordebepaling van 16S (bakterieë), 18S (swamme) en Interne Getranskribeerde Spasieerder (ITS, swamme), kan navorsers nie net volop spesies identifiseer nie, maar ook skaars en ongeïdentifiseerde spesies. Amplikon-volgordebepaling, wat wyd aangeneem is as 'n deurslaggewende instrument, het instrumenteel geword in die onderskeidende differensiële mikrobiese samestellings oor verskillende omgewings, insluitend die menslike mond, ingewande, stoelgang en verder.
-
Hervolgordebepaling van die hele genoom van bakterieë en swamme
Bakteriële en swam-heelgenoom-hervolgorde-projekte is deurslaggewend vir die bevordering van mikrobiese genomika deur die voltooiing en vergelyking van mikrobiese genome moontlik te maak. Dit vergemaklik fermentasie-ingenieurswese, die optimalisering van industriële prosesse, en die verkenning van sekondêre metabolisme-bane. Verder is swam- en bakteriese hervolgordebepaling van kardinale belang vir die begrip van omgewingsaanpassing, die optimalisering van stamme en die onthulling van genetiese evolusiedinamika, met breë implikasies in medisyne, landbou en omgewingswetenskap.
-
PacBio-Vollengte 16S/18S/ITS Amplicon Sequencing
Amplicon (16S/18S/ITS) platform is ontwikkel met jare se ondervinding in mikrobiese diversiteit projek analise, wat gestandaardiseerde basiese analise en persoonlike analise bevat: basiese analise dek die hoofstroom analise inhoud van huidige mikrobiese navorsing, die analise inhoud is ryk en omvattend, en ontledingsresultate word in die vorm van projekverslae aangebied; Die inhoud van gepersonaliseerde analise is uiteenlopend. Monsters kan gekies word en parameters kan buigsaam gestel word volgens die basiese ontledingsverslag en navorsingsdoel, om persoonlike vereistes te verwesenlik. Windows-bedryfstelsel, eenvoudig en vinnig.
-
PacBio-Vollengte-transkriptoom (nie-verwysing)
Deur Pacific Biosciences (PacBio) Isoform-volgorde-data as invoer te neem, is hierdie toepassing in staat om vollengte-transkripsievolgordes te identifiseer (sonder samestelling). Deur vollengte-sekwense teen verwysingsgenoom te karteer, kan transkripsies geoptimaliseer word deur bekende gene, transkripsies, koderingsstreke, ens. In hierdie geval kan meer akkurate identifikasie van mRNA-strukture, soos alternatiewe splyting, ens, verkry word. Gesamentlike analise met NGS-transkripsievolgorde-data maak meer omvattende annotasie en meer akkurate kwantifisering in uitdrukking op transkripsievlak moontlik, wat grootliks stroomafwaarts differensiële uitdrukking en funksionele analise bevoordeel.
-
Verminderde verteenwoordiging Bisulfiet-volgordebepaling (RRBS)
Verminderde verteenwoordiging Bisulfiet-volgordebepaling (RRBS) het na vore gekom as 'n koste-effektiewe en doeltreffende alternatief vir Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) in DNA-metileringsnavorsing. Terwyl WGBS omvattende insigte verskaf deur die hele genoom teen enkelbasisresolusie te ondersoek, kan die hoë koste daarvan 'n beperkende faktor wees. RRBS versag hierdie uitdaging strategies deur 'n verteenwoordigende gedeelte van die genoom selektief te analiseer. Hierdie metodologie maak staat op die verryking van CpG-eilandryke streke deur MspI-splitsing gevolg deur grootteseleksie van 200-500/600 bps fragmente. Gevolglik word slegs streke proksimaal tot CpG-eilande gerangskik, terwyl dié met verre CpG-eilande uitgesluit word van die analise. Hierdie proses, gekombineer met bisulfiet-volgordebepaling, maak voorsiening vir hoë-resolusie-opsporing van DNA-metilering, en die volgordebepalingsbenadering, PE150, fokus spesifiek op die ente van die insetsels eerder as die middel, wat die doeltreffendheid van metileringsprofilering verhoog. Die RRBS is 'n onskatbare hulpmiddel wat koste-effektiewe DNA-metileringsnavorsing moontlik maak en kennis van epigenetiese meganismes bevorder.
-
Prokariotiese RNA-volgordebepaling
RNA-volgordebepaling bemagtig die omvattende profilering van alle RNA-transkripsies binne selle onder spesifieke toestande. Hierdie voorpunt-tegnologie dien as 'n kragtige instrument, wat ingewikkelde geenuitdrukkingprofiele, geenstrukture en molekulêre meganismes wat met diverse biologiese prosesse geassosieer word, onthul. RNA-volgordebepaling, wat wyd aangeneem is in fundamentele navorsing, kliniese diagnostiek en geneesmiddelontwikkeling, bied insig in die ingewikkeldhede van sellulêre dinamika en genetiese regulering. Ons prokariotiese RNA-monsterverwerking is aangepas vir prokariotiese transkriptome, wat rRNA-uitputting en rigtinggewende biblioteekvoorbereiding behels.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Metatranskriptoomvolgordebepaling
Met behulp van Illumina-volgordebepalingstegnologie, onthul BMKGENE se metatranskriptoomvolgordebepalingsdiens die dinamiese geenuitdrukking van 'n diverse verskeidenheid mikrobes, wat strek van eukariote tot prokariote en virusse, binne natuurlike omgewings soos grond, water, see, stoelgang en die ingewande. Ons omvattende diens bemagtig navorsers om in komplekse mikrobiese gemeenskappe se volledige geenuitdrukkingprofiele te delf. Behalwe vir taksonomiese analise, fasiliteer ons metatranskriptoomvolgordebepalingsdiens verkenning na funksionele verryking, en werp lig op differensieel uitgedrukte gene en hul rolle. Ontbloot 'n magdom biologiese insigte terwyl jy die komplekse landskappe van geenuitdrukking, taksonomiese diversiteit en funksionele dinamika binne hierdie diverse omgewingsnisse navigeer.
-
De novo Swam Genoom Vergadering
BMKGENE bied veelsydige oplossings vir swamgenome, wat voorsiening maak vir uiteenlopende navorsingsbehoeftes en verlangde genoom volledigheid. Die gebruik van kortlees Illumina-volgordebepaling alleen laat die generering van 'n konsepgenoom toe. Kortlees- en langleesvolgordebepaling met behulp van Nanopore of Pacbio word gekombineer vir 'n meer verfynde swamgenoom met langer kontigs. Boonop verbeter die integrasie van Hi-C-volgordebepaling die vermoëns verder, wat die bereiking van 'n volledige chromosoom-vlak genoom moontlik maak.
