-
Hi-C gebaseerde Chromatien Interaksie
Hi-C is 'n metode wat ontwerp is om genomiese konfigurasie vas te vang deur ondersoekende nabyheid-gebaseerde interaksies en hoë-deurset-volgordebepaling te kombineer. Die metode is gebaseer op chromatien-kruisbinding met formaldehied, gevolg deur vertering en herligering op 'n manier dat slegs fragmente wat kovalent gekoppel is, ligasieprodukte sal vorm. Deur hierdie afbindingsprodukte in volgorde te bepaal, is dit moontlik om die 3D-organisasie van die genoom te bestudeer. Hi-C maak dit moontlik om die verspreiding te bestudeer van die gedeeltes van die genoom wat lig gepak is (A-kompartemente, euchromatien) en meer geneig is om transkripsie-aktief te wees, en die streke wat digter gepak is (B-kompartemente, Heterochromatien). Hi-C kan ook gebruik word om topologies geassosieerde domeine (TAD's), streke van die genoom wat gevoude strukture het en waarskynlik soortgelyke uitdrukkingspatrone het, vas te stel, en om chromatienlusse te identifiseer, DNA-streke wat aanmekaar geanker is deur proteïene en wat dikwels verryk in regulatoriese elemente. BMKGene se Hi-C-volgordebepalingsdiens bemagtig navorsers om die ruimtelike dimensies van genomika te verken, wat nuwe weë oopmaak om genoomregulering en die implikasies daarvan in gesondheid en siekte te verstaan.
-
Chromatien-immunopresipitasie-volgordebepaling (ChIP-seq)
Chromatien Immunopresipitasie (CHIP) is 'n tegniek wat teenliggaampies gebruik om DNA-bindende proteïene en hul ooreenstemmende genomika teikens selektief te verryk. Die integrasie daarvan met NGS maak die genoomwye profilering moontlik van DNA-teikens wat met histoonmodifikasie, transkripsiefaktore en ander DNA-bindende proteïene geassosieer word. Hierdie dinamiese benadering maak vergelykings van bindingsplekke oor diverse seltipes, weefsels of toestande moontlik. ChIP-Seq se toepassings strek van die bestudering van transkripsionele regulering en ontwikkelingsweë tot die toeligting van siektemeganismes, wat dit 'n onontbeerlike hulpmiddel maak om genomiese reguleringslandskappe te verstaan en terapeutiese insigte te bevorder.
Platform: Illumina NovaSeq
-
Heelgenoom bisulfietvolgordebepaling (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) staan as die goudstandaard metodologie vir in-diepte verkenning van DNA-metilering, spesifiek die vyfde posisie in sitosien (5-mC), 'n deurslaggewende reguleerder van geenuitdrukking en sellulêre aktiwiteit. Die beginsel onderliggend aan WGBS behels bisulfietbehandeling, wat die omskakeling van ongemetileerde sitosiene na urasiel (C na U) veroorsaak, terwyl gemetileerde sitosiene onveranderd gelaat word. Hierdie tegniek bied enkelbasis-resolusie, wat navorsers in staat stel om die metieloom omvattend te ondersoek en abnormale metileringspatrone wat met verskeie toestande geassosieer word, veral kanker, te ontdek. Deur WGBS in diens te neem, kan wetenskaplikes ongeëwenaarde insigte kry in genoomwye metileringslandskappe, wat 'n genuanseerde begrip bied van die epigenetiese meganismes wat onderliggend is aan diverse biologiese prosesse en siektes.
-
Toetsing vir transposase-toeganklike chromatien met hoë deursetvolgordebepaling (ATAC-volgorde)
ATAC-seq is 'n hoë-deurset volgordebepaling tegniek wat gebruik word vir genoomwye chromatien toeganklikheid analise. Die gebruik daarvan bied dieper begrip van die komplekse meganismes van globale epigenetiese beheer oor geenuitdrukking. Die metode gebruik 'n hiperaktiewe Tn5-transposase om gelyktydig oop chromatienstreke te fragmenteer en te merk deur volgordebepalingadapters in te voeg. Daaropvolgende PKR-amplifikasie lei tot die skepping van 'n volgordebepalingsbiblioteek, wat voorsiening maak vir die omvattende identifikasie van oop chromatienstreke onder spesifieke ruimte-tyd toestande. ATAC-seq bied 'n holistiese siening van toeganklike chromatienlandskappe, anders as metodes wat uitsluitlik fokus op transkripsiefaktorbindingsplekke of spesifieke histoon-gemodifiseerde streke. Deur opeenvolging van hierdie oop chromatienstreke, onthul ATAC-seq gebiede wat meer geneig is tot aktiewe regulatoriese volgordes en potensiële transkripsiefaktorbindingsplekke, wat waardevolle insigte bied in die dinamiese modulasie van geenuitdrukking oor die genoom.
-
Verminderde verteenwoordiging Bisulfiet-volgordebepaling (RRBS)
Verminderde verteenwoordiging Bisulfiet-volgordebepaling (RRBS) het na vore gekom as 'n koste-effektiewe en doeltreffende alternatief vir Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) in DNA-metileringsnavorsing. Terwyl WGBS omvattende insigte verskaf deur die hele genoom teen enkelbasisresolusie te ondersoek, kan die hoë koste daarvan 'n beperkende faktor wees. RRBS versag hierdie uitdaging strategies deur 'n verteenwoordigende gedeelte van die genoom selektief te analiseer. Hierdie metodologie maak staat op die verryking van CpG-eilandryke streke deur MspI-splitsing gevolg deur grootteseleksie van 200-500/600 bps fragmente. Gevolglik word slegs streke proksimaal tot CpG-eilande gerangskik, terwyl dié met verre CpG-eilande uitgesluit word van die analise. Hierdie proses, gekombineer met bisulfiet-volgordebepaling, maak voorsiening vir hoë-resolusie-opsporing van DNA-metilering, en die volgordebepalingsbenadering, PE150, fokus spesifiek op die ente van die insetsels eerder as die middel, wat die doeltreffendheid van metileringsprofilering verhoog. Die RRBS is 'n onskatbare hulpmiddel wat koste-effektiewe DNA-metileringsnavorsing moontlik maak en kennis van epigenetiese meganismes bevorder.
