Plant/dierlike hele genoomvolgorde
Diensfunksies
● Biblioteekvoorbereiding kan standaard of PCR-vry wees
● Beskikbaar in 4 opeenvolgende platforms: Illumina Novasq, MGI T7, Nanopore Promethion P48, of Pacbio Revio.
● Bioinformatiese analise fokus op die opsporing van variante: SNP, Indel, SV en CNV
Diensvoordele
●Uitgebreide kundigheid en publikasierekords: Opgehoopte ervaring in genoomvolgorde vir meer as 1000 spesies het gelei tot meer as 1000 gepubliseerde gevalle met 'n kumulatiewe impakfaktor van meer as 5000.
●Omvattende bioinformatika -analise: Insluitend variasie -oproepe en funksie -aantekening.
● Ondersteuning na verkope:Ons verbintenis strek verder as die voltooiing van die projek met 'n 3-maande-nasale diensperiode. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolging, probleemoplossing van hulp en vrae en vrae aan om enige vrae wat met die resultate verband hou, aan te spreek.
●Omvattende aantekening: Ons gebruik verskeie databasisse om die gene funksioneel met geïdentifiseerde variasies te annoteer en die ooreenstemmende verrykingsanalise uit te voer, met insigte oor verskeie navorsingsprojekte.
Dienspesifikasies
| Variante wat geïdentifiseer moet word | Volgorde -strategie | Aanbevole diepte |
| SNP en Indel | Illumina Novasq PE150 of mgi t7 | 10x |
| SV en CNV (minder akkuraat) | 30x | |
| SV en CNV (meer akkuraat) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP's, Indels, SV en CNV | Pacbio Revio | 10x |
Voorbeeldvereistes
| Weefsel of onttrekte nukleïensure | Illumina/MGI | Nanopore | Pacbio
| ||
| Dier Viscera | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Dierspier | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Soogdierbloed | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Pluimvee/visbloed | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Plant- vars blaar | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Gekweekte selle |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Insek sagte weefsel/individu | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| DNA onttrek
| Konsentrasie: ≥ 1 ng/ µl Hoeveelheid: ≥ 30 ng Beperkte of geen afbraak of besmetting nie
| Konsentrasie Bedrag
OD260/280
OD260/230
Beperkte of geen afbraak of besmetting nie
| ≥ 40 ng/ µl 4 µg/vloeisel/monster
1.7-2.2
≥1.5 | Konsentrasie Bedrag
OD260/280
OD260/230
Beperkte of geen afbraak of besmetting nie | ≥ 50 ng/ µl 10 µg/vloeisel/monster
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| PCR-vrye biblioteekvoorbereiding: Konsentrasie ≥ 40 ng/ µl Hoeveelheid 500 ng | |||||
Dienswerkvloei
Monster aflewering
DNA -ekstraksie
Biblioteekbou
Volgorde
Data -analise
Data aflewering
Sluit die volgende ontleding in:
- Rou data -kwaliteitskontrole
- Statistieke van belyning na verwysingsgenoom
- Variantidentifikasie: SNP, Indel, SV en CNV
- Funksionele aantekening van variante
Statistieke van belyning tot verwysingsgenoom - opeenvolging van diepte verspreiding
SNP -roeping tussen verskeie monsters
INDEL-identifikasie-Statistieke van die Indel-lengte in die CDS-streek en die genoomwye streek
Variantverspreiding oor die genoom - circos plot
Funksionele aantekening van gene met geïdentifiseerde variante - geenontologie
Chai, Q. et al. (2023) ''n Glutathione S -transferase GHTT19 bepaal blomblare pigmentasie via die regulering van antosianien -opeenhoping in katoen', Plant Biotechnology Journal, 21 (2), p. 433. Doi: 10.1111/pbi.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'Chromosoomvlak wilde hevea brasiliensis-genoom bied nuwe instrumente vir genomiese geassisteerde teling en waardevolle lokusse om rubberopbrengste te verhoog', Plant Biotechnology Journal, 21 (5), pp. 1058–1072. doi: 10.1111/pbi.14018.
Li, A. et al. (2021) 'Genoom van die estuariene oester bied insigte in klimaatsimpak en aanpasbare plastisiteit', Communications Biology 2021 4: 1, 4 (1), pp. 1–12. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) 'Analise van genoom- en metieleringveranderings in Chinese inheemse hoenders mettertyd bied insig in spesiebewaring', Communications Biology, 5 (1), pp. 1–12. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
