Plant/Animal de novo genoomvolgorde
De novoOpeenvolging verwys na die konstruksie van 'n spesie se hele genoom met behulp van opeenvolgingstegnologieë in die afwesigheid van 'n verwysingsgenoom. Die inleiding en wydverspreide aanvaarding van die derde generasie opeenvolging, met langer lesings, het die genoomvergadering aansienlik verbeter deur die oorvleueling tussen lesings te verhoog. Hierdie verbetering is veral relevant as u uitdagende genome hanteer, soos dié wat hoë heterosigositeit vertoon, 'n hoë verhouding van herhalende streke, polyploïede en streke met herhalende elemente, abnormale GC-inhoud, of 'n hoë kompleksiteit wat tipies swak saamgestel is met behulp van kortlees-volgorde alleen.
Ons eenstopoplossing bied geïntegreerde opeenvolgende dienste en bioinformatiese analise wat 'n hoë kwaliteit de novo-saamgestelde genoom lewer. 'N Aanvanklike genoomopname met Illumina bied ramings van genoomgrootte en kompleksiteit, en hierdie inligting word gebruik om die volgende stap van langle geleesde volgorde met Pacbio Hifi te lei, gevolg deurde novosamestelling van kontigs. Die daaropvolgende gebruik van HIC-samestelling maak dit moontlik om die contigs aan die genoom te veranker, met 'n chromosoomvlak-samestelling. Laastens word die genoom geannoteer deur geenvoorspelling en deur die opeenvolging van uitgedrukte gene, wat gebruik maak van transkriptome met kort en lang lesings.
Diensfunksies
● Integrasie van veelvuldige volgorde en bioinformatiese dienste in 'n eenstopoplossing:
Genoomopname met Illumina om genoomgrootte te skat en die daaropvolgende stappe te lei;
Lang leesopeenvolging virde novosamestelling van kontigs;
HI-C-volgorde vir chromosoomverankering;
mRNA -volgorde vir die aantekening van gene;
Validering van die vergadering.
● Diens wat geskik is vir die konstruksie van nuwe genome of verbetering van bestaande verwysingsgenome vir spesies wat van belang is.
Diensvoordele
Ontwikkeling van volgorde -platforms en bioinformatika inde novoGenoom Assement
(Amarasinghe Sl et al.,Genoombiologie, 2020)
●Uitgebreide kundigheid en publikasierekord: BMKGeen het massiewe ervaring opgehoop in die genoom-samestelling van verskillende spesies van hoë gehalte, insluitend diploïede genome en hoogs komplekse genome van polyploïede en allopolyploïede spesies. Sedert 2018 het ons bygedra tot oor300 publikasies met 'n hoë impak, en 20+ daarvan word in Nature Genetics gepubliseer.
● Eenstopoplossing: Ons geïntegreerde benadering kombineer veelvuldige opeenvolgingstegnologieë en bioinformatiese ontledings in 'n samehangende werkvloei, wat 'n gemonteerde genoom van hoë gehalte lewer.
●Aangepas vir u behoeftes: Ons dienswerkvloei is aanpasbaar, wat aanpassing vir genome met verskillende funksies en spesifieke navorsingsbehoeftes moontlik maak. Dit sluit in akkommodeerende reuse -genome, polyploïede genome, hoogs heterosigotiese genome en meer.
●Hoogs bekwame bioinformatika en laboratoriumspan: Met groot ervaring in die eksperimentele en bioinformatika voor van komplekse genoomsamestellings en 'n reeks patente en kopiereg van sagteware.
●Ondersteuning na verkope:Ons verbintenis strek verder as die voltooiing van die projek met 'n 3-maande-nasale diensperiode. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolging, probleemoplossing van hulp en vrae en vrae aan om enige vrae wat met die resultate verband hou, aan te spreek.
Dienspesifikasies
| Genoomopname | Genoom Assement | Chromosoomvlak | Genoom -aantekening |
| 50x Illumina Novasq PE150
| 30x pacbio ccs hifi lees | 100x hi-c | RNA-seq Illumina PE150 10 GB + (opsioneel) Volle lengte RNA-seq Pacbio 40 GB of Nanopore 12 GB |
Diensvereistes
Vir genoomopname, genoomsamestelling en HI-C-montering:
| Weefsel of onttrekte nukleïensure | Genoomopname | Genoommontering met Pacbio | Hi-c-montering |
| Dier Viscera | 0,5-1 g
| ≥ 3,5 g | ≥2 g |
| Dierspier | ≥ 5 g | ||
| Soogdierbloed | 1,5 ml
| ≥ 5 ml | ≥2 ml |
| Pluimvee/visbloed | ≥ 0,5 ml | ||
| Plant- vars blaar | 1-2 g | ≥ 5 g | ≥ 4 g |
| Gekweekte selle |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| Insek | 0,5-1 g | ≥ 3 g | ≥ 2 g |
| DNA onttrek | Konsentrasie: ≥ 1 ng/ µl Hoeveelheid ≥ 30 ng Beperkte of geen afbraak of besmetting nie | Konsentrasie: ≥ 50 ng/ µl Hoeveelheid: 10 µg/vloeisel/monster OD260/280 = 1.7-2.2 OD260/230 = 1.8-2.5 Beperkte of geen afbraak of besmetting nie |
-
|
Vir genoom -aantekening met transkriptomika:
| Weefsel of onttrekte nukleïensure | Illumina transkriptoom | Pacbio transkriptoom | Nanopore transkriptoom |
| Plantwortel/stam/blomblad | 450 mg | 600 mg | |
| Plant - blaar/saad | 300 mg | 300 mg | |
| Plant - vrugte | 1,2 g | 1,2 g | |
| Dierehart/ingewande | 300 mg | 300 mg | |
| Diere viscera/brein | 240 mg | 240 mg | |
| Dierspier | 450 mg | 450 mg | |
| Dierbene/hare/vel | 1 g | 1 g | |
| Arthropod - insek | 6 | 6 | |
| Geleedpotige -Crustacea | 300 mg | 300 mg | |
| Volbloed | 1 buis | 1 buis | |
| RNA onttrek | Konsentrasie: ≥ 20 ng/ µl Hoeveelheid ≥ 0,3 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Ringe≥ 6 5≥28S/18S≥1 | Konsentrasie: ≥ 100 ng/ µl Hoeveelheid ≥ 0,75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Ringe≥ 8 5≥28S/18S≥1 | Konsentrasie: ≥ 100 ng/ µl Hoeveelheid ≥ 0,75 µg OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Ringe≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
Aanbevole monsteraflewering
Houer: 2 ml sentrifugeerbuis (tinfoelie word nie aanbeveel nie)
(Vir die meeste monsters beveel ons aan om nie in etanol te bewaar nie.)
Voorbeeldetikettering: Monsters moet duidelik gemerk en identies wees aan die voorgelegde voorbeeldinligtingvorm.
Versending: Droë ys: monsters moet eers in sakke verpak word en in droë ys begrawe word.
Werkvloei
Dienswerkvloei
Eksperiment ontwerp
Monster aflewering
DNA -ekstraksie
Biblioteekbou
Volgorde
Data -analise
Na-verkoop dienste
Volledige bioinformatiese analise, geskei in 4 stappe:
1) Genoomopname, gebaseer op K-MER-analise met NGS lees:
Skatting van genoomgrootte
Skatting van heterosigositeit
Skatting van herhalende streke
2) Genoomsamestelling met Pacbio Hifi:
De novobyeenkoms
Assessering van die samestelling: insluitend busco -analise vir die volledigheid van die genoom en die kartering van NGS en Pacbio HiFi lees
3) HI-C-vergadering:
HI-C Library QC: Skatting van geldige HI-C-interaksies
HI-C-samestelling: groepering van contigs in groepe, gevolg deur contig-ordening binne elke groep en die toewysing van contig-oriëntasie
HI-C-evaluering
4) Genoom -aantekening:
Nie-koderende RNA-voorspelling
Herhalende rye identifikasie (transposons en tandem herhalings)
Geenvoorspelling
§De novo: ab initio algoritmes
§ Gebaseer op homologie
§ Gebaseer op transkriptome, met lang en kort lesings: lesings isde novosaamgestel of aan die konsepgenoom gekarteer
§ Aandang van voorspelde gene met veelvuldige databasisse
1) Genoomopname- K-mer-analise
2) Genoomvergadering
2) Genoomsamestelling - Pacbio Hifi lees kartering tot konsepmontering
2) HI-C-montering-Skatting van HI-C geldige interaksiepare
3) HI-C na-samestellingsevaluering
4) Genoom -aantekening - integrasie van voorspelde gene
4) Genoom -aantekening - voorspelde aantekeninge van gene
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se de novo Genome Assembly Services deur 'n saamgestelde versameling publikasies vergemaklik word:
Li, C. et al. (2021) 'Genoomvolgordes onthul globale verspreidingsroetes en stel konvergente genetiese aanpassings in Seahorse Evolution', Nature Communications, 12 (1). doi: 10.1038/s41467-021-21379-x.
Li, Y. et al. (2023) 'Grootskaalse chromosomale veranderinge lei tot genoomvlak-uitdrukkingsveranderings, omgewingsaanpassing en spesiasie in die gayal (Bos frontalis)', molekulêre biologie en evolusie, 40 (1). doi: 10.1093/molbev/msad006.
Tian, T. et al. (2023) 'Genoomsamestelling en genetiese disseksie van 'n prominente droogte-weerstandige mielie-kiemplasma', Nature Genetics 2023 55: 3, 55 (3), pp. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'onthullende evolusie van tropaan -alkaloïede biosintese deur twee genome in die Solanaceae -familie te ontleed', Nature Communications 2023 14: 1, 14 (1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Uitdagende saak-studies:
Telomere-tot-Telomere-vergadering:Fu, A. et al. (2023) 'Telomere-to-Telomere Genome Assembly of Bitter Melon (Momordica Charantia L. var. Aflavena ser.) Onthul vrugte-ontwikkeling, samestelling en rypwording van genetiese eienskappe', Horticulture Research, 10 (1). doi: 10.1093/hr/uhac228.
Haplotipe -montering:Hu, W. et al. (2021) 'Alle-gedefinieerde genoom onthul bialleliese differensiasie tydens kassava-evolusie', molekulêre plant, 14 (6), pp. 851–854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Reuse genoomvergadering:Yuan, J. et al. (2022) 'Genomiese basis van die giga-chromosome en giga-genoom van boom pioene Paeonia ostii', Nature Communications 2022 13: 1, 13 (1), pp. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Polyploïede genoom -samestelling:Zhang, Q. et al. (2022) 'Genomiese insigte in die onlangse chromosoomvermindering van outopolyploïede suikerriet Saccharum spontaneum', Nature Genetics 2022 54: 6, 54 (6), pp. 885–896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
