Pacbio vollengte transkriptoom

Pacbio vollengte transkriptoomvolgorde, ISOSEQ, maak dit moontlik om akkurate identifikasie van transkripsie-isoforme te identifiseer, lig te werp op alternatiewe poliadenylering en splitsing, en lei tot meer akkurate geenuitdrukkingsanalise. Die bmkcloud pacbio vollengte transkriptoom pypleiding is ontwerp om cDNA-biblioteke te ontleed wat in die sirkelvormige konsensusvolgorde (CCS) -modus volgorde is en identifiseer vollengte nie-chimeriese (FLNC) rye, wat dan in nie-herbevestigde transkripte gegroepeer word. 'N daaropvolgende BUSCO -analise beoordeel die volledigheid van die transkriptome samestelling. Uit die saamgestelde transkriptoom word meerdere ontledings uitgevoer: alternatiewe splitsing, eenvoudige volgorde -herhaling (SSR), voorspelling van lncRNA en ooreenstemmende teikengene, voorspelling van nuwe gene, geenfamilie -analise, transkripsie -faktoranalise en funksionele aantekening van transkripsies.