PacBio 2+3 Vollengte mRNA-oplossing
Kenmerke
● Studie-ontwerp:
Gepoelde monster in volgorde met PacBio om transkripsie-isovorme te identifiseer
Afsonderlike monsters (herhalings en toestande wat getoets moet word) volgens volgordeNGS om transkripsie-uitdrukking te kwantifiseer
● PacBio-volgordebepaling in CCS-modus, wat HiFi-lesings genereer
● Opeenvolging van die vollengte transkripsies
● Analise vereis nie 'n verwysingsgenoom nie; dit kan egter aangewend word
● Bioinformatiese analise sluit nie net uitdrukking op geen- en isovormvlak in nie, maar ook ontleding van lncRNA, geenfusies, poli-adenilering en geenstruktuur
Voordele
● Hoë Akkuraatheid: HiFi lees met akkuraatheid >99.9% (Q30), vergelykbaar met NGS
● Alternatiewe Splyting Analise: volgorde van alle transkripsies maak isovorm-identifikasie en karakterisering moontlik.
● Kombinasie van PacBio en NGS Sterkpunte: wat kwantifisering van uitdrukking op die isovormvlak moontlik maak, verandering onthul wat gemasker kan word wanneer die hele geenuitdrukking ontleed word
● Uitgebreide Kundigheid: met 'n rekord van die voltooiing van meer as 1100 PacBio-vollengte-transkripsieprojekte en die verwerking van meer as 2300 monsters, bring ons span 'n magdom ervaring na elke projek.
● Ondersteuning na verkope: ons verbintenis strek verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolging, probleemoplossingshulp en V&A-sessies aan om enige navrae wat met die resultate verband hou, aan te spreek.
Voorbeeldvereistes en aflewering
| Biblioteek | Opeenvolgingstrategie | Data aanbeveel | Gehaltebeheer |
| PolyA-verrykte mRNA CCS-biblioteek | PacBio Vervolg II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A verryk | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotiede
|
| Kons.(ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Reinheid | Integriteit |
| Illumina-biblioteek | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Beperkte of geen proteïen- of DNA-kontaminasie word op gel gewys. | Vir plante: RIN≥4.0; Vir diere: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; beperkte of geen basislyn hoogte nie |
| PacBio-biblioteek | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Beperkte of geen proteïen- of DNA-kontaminasie word op gel gewys. | Plante: RIN≥7,5 Diere: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; beperkte of geen basislyn hoogte nie |
Aanbevole voorbeeldaflewering
Houer: 2 ml sentrifugeerbuis (tinfoelie word nie aanbeveel nie)
Monsteretikettering: Groep+repliseer bv. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Versending:
1. Droë-ys:Monsters moet in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.
2. RNA-stabiele buise: RNA-monsters kan in RNA-stabiliseringsbuise (bv. RNAstable®) gedroog word en in kamertemperatuur versend word.
Sluit die volgende ontleding in:
Rou data kwaliteit beheer
Alternatiewe Poliadenilasie Analise (APA)
Fusie-transkripsie-analise
Alternatiewe Splicing Analise
Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)-analise
Nuwe transkripsieanalise: voorspelling van koderingsvolgorde (CDS) en funksionele annotasie
lncRNA-analise: voorspelling van lncRNA en teikens
Mikrosatellietidentifikasie (SSR)
Differensieel uitgedrukte transkripsies (DET's) analise
Differensieel uitgedrukte gene (DEG's) analise
Funksionele annotasie van DEG's en DET's
BUSCO ontleding
Alternatiewe Splicing Analise
Alternatiewe Poliadenilasie Analise (APA)
Differensieel uitgedrukte gene (DEG's) en transkripsies (DETs9-ontleding
Proteïen-proteïen-interaksienetwerke van DET's en DEG's
Verken die vooruitgang wat gefasiliteer word deur BMKGene se PacBio 2+3 vollengte mRNA-volgordebepaling deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Chao, Q. et al. (2019) 'Die ontwikkelingsdinamika van die Populus stamtranskriptoom', Plant Biotechnology Journal, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Dynamiese veranderinge in askorbiensuurinhoud tydens vrugontwikkeling en rypwording van Actinidia latifolia ('n askorbaatryke vrugtegewas) en die geassosieerde molekulêre meganismes', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Doeltreffende voorspelling van biosintetiese weggene wat betrokke is by bioaktiewe poliepilliene in Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Gekombineerde PacBio Iso-Seq en Illumina RNA-Seq Analise van die Tuta absoluta (Meyrick) Transkriptoom en Sitochroom P450 Gene', Insects, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) ''n Opname van transkriptoomkompleksiteit met behulp van PacBio-enkelmolekule-intydse analise gekombineer met Illumina RNA-volgordebepaling vir 'n beter begrip van ricinoleïensuurbiosintese in Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURE/7.
