Nie-verwysingsgebaseerde mRNA-volgorde-NG's
Funksies
● Vang van poly mRNA voor biblioteekvoorbereiding
● Onafhanklik van enige verwysingsgenoom: gebaseer op de novo-samestelling van transkripsies, wat 'n lys van unigenes genereer wat met veelvuldige databasisse geannoteer is (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, Eggnog, PFAM, GO, KEGG)
● Omvattende bioinformatiese analise van geenuitdrukking en transkripstruktuur
Diensvoordele
●Uitgebreide kundigheid: Met 'n goeie rekord van die verwerking van meer as 600,000 monsters by BMKGene, wat verskillende monstertipes soos selkulture, weefsels en liggaamsvloeistowwe oorleef, bring ons span 'n magdom ervaring na elke projek. Ons het meer as 100.000 mRNA-seq-projekte in verskillende navorsingsdomeine suksesvol gesluit.
●Streng gehaltebeheer: Ons implementeer kernbeheerpunte in alle fases, van monster- en biblioteekvoorbereiding tot volgorde en bioinformatika. Hierdie noukeurige monitering verseker die lewering van konsekwent resultate van hoë gehalte.
● Omvattende aantekening: Ons gebruik verskeie databasisse om die gene wat gedifferensieerd uitgedruk is (DEG's) funksioneel en voer die ooreenstemmende verrykingsanalise uit, en bied insigte oor die sellulêre en molekulêre prosesse onderliggend aan die transkriptome respons.
●Ondersteuning na verkope: Ons verbintenis strek verder as die voltooiing van die projek met 'n 3-maande-nastelsel-diensperiode. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolging, probleemoplossing van hulp en vrae en vrae aan om enige vrae wat met die resultate verband hou, aan te spreek.
Voorbeeldvereistes en aflewering
| Biblioteek | Volgorde -strategie | Data aanbeveel | Kwaliteitskontrole |
| Poly A verryk | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Voorbeeldvereistes:
Nukleotiede:
| Conc. (Ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Suiwerheid | Integriteit |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Beperkte of geen proteïen- of DNA -besoedeling op gel getoon nie. | Vir plante: Rin≥4.0; Vir diere: Rin≥4.5; 5.0≥28S/18S ≥1.0; beperkte of geen basislynhoogte nie |
● Plante:
Wortel, stam of blomblad: 450 mg
Blaar of saad: 300 mg
Vrugte: 1,2 g
● Dier:
Hart of ingewande: 300 mg
Viscera of brein: 240 mg
Spier: 450 mg
Bene, hare of vel: 1g
● Genegting:
Insekte: 6g
Crustacea: 300 mg
● Volbloed: 1 buis
● Selle: 106 selle
Aanbevole monsteraflewering
Houer: 2 ml sentrifugeerbuis (tinfoelie word nie aanbeveel nie)
Voorbeeld etikettering: groep+herhaal bv A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Versending:
1. Droë ys: monsters moet in sakke verpak word en in droë ys begrawe word.
2. RNASTable buise: RNA -monsters kan in RNA -stabiliseringsbuis (bv. RNAstable®) gedroog word en in kamertemperatuur gestuur word.
Dienswerkvloei
Eksperiment ontwerp
Monster aflewering
RNA -ekstraksie
Biblioteekbou
Volgorde
Data -analise
Na-verkoop dienste
Bioinformatika
Transkriptome samestelling en unigene seleksie
Unigene -aantekening
Voorbeeldkorrelasie en assessering van biologiese replikate
Genes (DEG's) wat gedifferensieerd uitgedruk word
Funksionele aantekening van degs
Funksionele verryking van degs
Ontdek die vooruitgang wat deur BMKGene se eukariotiese NGS -mRNA -volgorde -dienste vergemaklik word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Shen, F. et al. (2020) 'de novo transkriptome samestelling en geslagsbevooroordeelde geenuitdrukking in die gonades van Amur Catfish (Silurus Asotus)', Genomics, 112 (3), pp. 2603–2614. doi: 10.1016/j.ygeno.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Transkriptome analise van sukrose -metabolisme tydens swelling en ontwikkeling in ui (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (September), p. 212763. Doi: 10.3389/fpls.2016.01425/bibtex.
Zhu, C. et al. (2017) 'De novo -samestelling, karakterisering en aantekening vir die transkriptoom van Sarcocheilichthys sinensis', PLoS One, 12 (2). doi: 10.1371/journal.pone.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'de novo transkriptome analise bied insigte in die souttoleransie van Podocarpus macrophyllus onder soutgehalte', BMC Plantbiology, 21 (1), pp. 1–17. doi: 10.1186/s12870-021-03274-1/syfers/9.
