Genoomevolusie
PNA's
Die evolusionêre oorsprong en domestiseringsgeskiedenis van goudvis (Carassius auratus)
Pacbio | Illumina | Bionano Genome Map | Hi-C Genome Assembly | Genetiese kaart | GWAS | RNA-seq
Hoogtepunte
1.Goldfish-genoom is opgedateer met 'n weergawe van hoë gehalte, wat 95,75% van die contigs in 50 pseudochromosome veranker het (steier N50 = 31,84 Mb). Twee subgenome is ontkoppel.
2. Genomiese streke van selektiewe sweep tydens domestisering is geïdentifiseer uit die herskep van data van 201 individue, wat meer as 390 kandidaatgenes onthul het wat waarskynlik met domestiseringseienskappe geassosieer word.
3. GWA op dorsale vin in mak goudvis het 378 kandidaatgenes aan die lig gebring wat moontlik geassosieer word. 'N Tyrosien-proteïenkinase-verslaggewer is geïdentifiseer as 'n kandidaat-oorsaaklike geen wat verband hou met deursigtigheid
Agtergrond
Goudvis (Carassius auratus) is een van die belangrikste gevoerde visse, wat in die antieke China van Crucian Carp gedomestiseer is. Hulle het deur Charles Darwin kommentaar gelewer as “deur 'n byna oneindige diversiteit van kleur te gaan, ons ontmoet die buitengewoonste wysigings van struktuur”. Uiters uiteenlopende kenmerke en lang geskiedenis van huishoudelike en teling maak goudvis 'n uitstekende genetiese modelstelsel vir visfisiologie en evolusie.
Prestasies
Goudvisgenoom
JOINT-analise van Pacbio en Illumina Pair-End-volgorde-data lewer 'n aanvanklike 1,657 g konsepmontering (contig N50 = 474 kb). Bionano optiese kaart is gegenereer en die samestelling in 1,73 GB in grootte gekorrigeer (geskatte genoomgrootte: 1,8 GB). HI-C-gebaseerde montering het die steier N50 van 606 kb tot 31,84 Mb verder verbeter en 95,75% (1,65 GB) georiënteerde en geordende ankersnelheid behaal. Die genoom bestaan uit 56.251 koderende gene en 10.098 lang nie-koderende transkripsie. Boonop is 38 potensiële sentromere streke uit 50 chromosome voorspel.
Fig.1 Goue visgenoom
TWo duidelike stelle subgenome is geïdentifiseer in die 50 goudvischromosome wat voortspruit uit 'n antieke hibridiseringsgebeurtenis. Die stel chromosome met 'n hoër hoeveelheid lesings wat tussen goudvis en barbinae in lyn is, is gedefinieer as subgenoom A (CHRA01 ~ A25), dit wil sê subgenome algemeen by Barbinae, en die oorblywende as subgenome B (CHRB01 ~ B25).
Domestikasie en selektiewe sweep
ATotaal van 16 wilde tipe Crucian Carps en 185 verteenwoordigende goudvisvariante was resequence met 'n gemiddelde opeenvolgende diepte van ongeveer 12,5x, wat 4,3 terabases van data genereer. Filogenetiese rekonstruksie en PCA -analise het 'n nouer verband tussen gewone goudvis en Cruciaanse karp bevestig as ander goudvis, wat laasgenoemde in twee afstammings verdeel het.
LD Bederf -analise Op bokant vier subpopulasies het die bestaan van 'n populasie genetiese bottelnek tydens die huishoudelike en sterk kunsmatige seleksie in goudvis ondersteun. Toenemende genetiese diversiteit (π) van Crucian Carp tot gewone goudvis verder tot wen goudvis en eiergoudvis dui op 'n beduidende opeenhoping van genetiese variasies tydens hul domestisering. 50 Selektiewe sweepgenomiese streke wat 25,2 Mb en 946 gene dek, is geïdentifiseer uit verteenwoordigende data (33 goudvis en 16 crucian crap). Uitbreidende analise na 201 individue, 393 gene het streke van voltooide selektiewe sweep aangedui. Hierdie gene is gevind van lae-diversiteit, wat waarskynlik bygedra het tot die fenotipes wat verband hou met belangrike domestiseringseienskappe in goudvis.
Fig.3 Genoomwye domestikasie-geassosieerde analise
Gwas op mak goudvis
DOrsal Fin is 'n sleutelfunksie onderskei die goudvis van eiergoudvis. GWAS van die dorsale vin op 96 wen goudvis en 87 eiergoudvis het 378 kandidaatgene oor 13 chromosome geopenbaar en 'n ongelyke verspreiding van hierdie gene tussen subgenome is waargeneem. Funksionele analise oor hierdie kandidaatgenes het biologiese prosesse uitgelig, insluitend 'seloppervlakreseptor seine', 'transmembraanvervoer', 'skeletstelselontwikkeling', ens.
Fig.4 GWAS van dorsale vin op mak goudvis
IN GWAS van deursigtige skaalverwante eienskappe is 'n enkele sterk assosiasiepiek opgespoor. 'N Gen wat kodeer vir 'n tyrosien-proteïenkinase-reseptor, is in een van die kandidaatstreke geïdentifiseer.
Fig.5 GWAS van deursigtige skaalverwante eienskappe
Getuigskrif
CHen d et al. Die evolusionêre oorsprong en domestiseringsgeskiedenis van goudvis (Carassius auratus). PNA's (2020)
Nuus Die doel om die nuutste suksesvolle gevalle met biomerketegnologieë te deel, om nuwe wetenskaplike prestasies te bepaal, sowel as prominente tegnieke wat tydens die studie toegepas is.
Postyd: Jan-04-2022