T2T -genoom -samestelling, gapingsvrye genoom
1stTwee rysgenome1
Titel: Vergadering en validering van twee gapingsvrye verwysingsgenome vir Xian/indica-rys onthul insigte in plant-sentromere-argitektuur
Doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Geplaaste tyd: 01 Januarie 2021.
Instituut: Huazhong Landbou -universiteit, China
Materiaal
O. sativa xian/indicaRysvariëteite 'Zhenshan 97 (ZS97)' en 'Minghui 63 (MH63)
Volgorde -strategie
Ngs lees + hifi lees + clr lees + bionano + hi-c
Data:
ZS97: 8.34 GB （~ 23X） HIFI lees + 48.39 GB (~ 131X) CLR lees + 25 GB (~ 69X) NGS + 2 Bionano IRYS -selle
MH63: 37,88 GB (~ 103X) HIFI lees + 48,97 GB (~ 132X) CLR lees + 28 GB (~ 76X) NGS + 2 Bionano IRys -selle
Figuur 1 Twee gapingsvrye genome van rys (MH63 en ZS97)
2ndPiesanggenoom2
Titel: Telomere-tot-Telomere Gapless Chromosome of Banana met behulp van nanopore-volgorde
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Geplaaste tyd: 17 April 2021.
Instituut: Université Paris-Saclay, Frankryk
Materiaal
Dubbele haploïedMusa acuminatasppmalaccensis(Dh-pahang)
Volgorde strategie en data:
HiSeq2500 PE250-modus+ minion/ promethion (93 GB, ~ 200x)+ optiese kaart (DLE-1+ BSPQ1)
Tabel 1 Vergelyking van Musa acuminata (DH-Pahang) genoombyeenkomste
Figuur 2 Musa Genomes Architecture Comparison
3rdPhaeodactylum tricornutum genoom3
Titel: Telomere-tot-Telomere Genome Assembly ofP
Haeodactylum Tricornutum
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Geplaaste tyd: 04 Mei 2021
Instituut: Western University, Kanada
Materiaal
Phaeodactylum tricornutum(Kultuurversameling van alge en protosoë CCAP 1055/1)
Volgorde strategie en data:
1 Oxford Nanopore Minion Flow Cell + A 2 × 75 gepaarde einde Mid-Output NextSeq 550 Run
Figuur 3 Werkvloei vir telomere-tot-telomere-genoomvergadering
4thMenslike CHM13 -genoom4
Titel: Die volledige volgorde van 'n menslike genoom
Doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Geplaaste tyd: 27 Mei 2021
Instituut: National Institutes of Health (NIH), VSA
Materiaal: sellyn CHM13
Volgorde strategie en data:
30 × PACBIO Sirkulêre konsensusvolgorde (HIFI), 120 × Oxford Nanopore Ultra-Long Read Sequencing, 100 × Illumina PCR-Free Sequencing (ILMN), 70 × Illumina / ARIMA Genomics Hi-C (HI-C), Bionano Optical Maps, en Strand-Seq
Tabel 2 Vergelyking van GRCH38 en T2T-CHM13 Menslike Genoom-samestellings
Getuigskrif
1.Sergey Nurk et al. Die volledige volgorde van 'n menslike genoom. Biorxiv 2021.05.26.445798; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al. Telomere-tot-Telomere-gapelose chromosome van piesang met behulp van nanopore-volgorde. Biorxiv 2021.04.16.440017; doi:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al. Telomere-tot-Telomere-genoomvergadering van phaeodactylum tricornutum. Biorxiv 2021.05.04.442596; doi:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming Song et al. Vergadering en validering van twee gapingsvrye verwysingsgenome vir Xian/indica-rys onthul insigte in plant-sentromere-argitektuur. Biorxiv 2020.12.24.424073; doi:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Postyd: Jan-06-2022