Nanopore vollengte transkriptoom

Nanopore-transkriptoomvolgorde is 'n kragtige metode om cDNA's van vollengte te volg, wat die transkripsie-isoforme akkuraat identifiseer en kwantifiseer. Die BMKCloud-nanopore-vollengte transkriptoompyplyn is ontwerp om RNA-seq-data wat op die nanopore-platform gegenereer is, te ontleed teen 'n goed-geannoteerde verwysingsgenoom van hoë gehalte, wat kwalitatiewe en kwantitatiewe analise op beide die geen- en transkripsievlak bied. Na kwaliteitskontrole word vollengte nie-chimeriese (FLNC) rye verkry en konsensusreekse word aan die verwysingsgenoom gekarteer om oortollige transkripsies te verwyder. Uit hierdie transkripsie word uitdrukking gekwantifiseer en gene wat gedifferensieerd uitgedruk word, en transkripsies word geïdentifiseer en funksioneel geannoteer. Die pyplyn bevat ook alternatiewe analise van alternatiewe polyadenylering (APA), alternatiewe splitsingsanalise, eenvoudige volgorde -herhaling (SSR) -analise, voorspelling van lncRNA en ooreenstemmende teikens, voorspelling van koderingsreekse (CDS), geengesinsanalise, transkripsie -faktoranalise, voorspelling van nuwe gene en funksionele aantekening van transkripsies.