mRNA-volgens (NGS) – De novo

mRNA-volgordebepaling laat profilering van alle mRNA-transkripsies in selle onder spesifieke toestande toe en is 'n wyd gebruikte tegnologie in verskeie navorsingsareas. Die BMKCloud De novo mRNA-seq pyplyn is ontwerp om poly-A-verrykte volgordebepalingsbiblioteke te analiseer wanneer geen verwysingsgenoom beskikbaar is nie. Die pyplyn begin met gehaltebeheer, gevolg deurde novotranskripsiesamestelling en unigeene stel seleksie. Die unigeen-struktuuranalise voorspel koderingsvolgorde (CDS) en eenvoudige volgordeherhalings (SSR). Vervolgens vind die differensiële uitdrukkingsanalise differensieel uitgedrukte gene (DEG's) onder die getoetsde toestande, gevolg deur funksionele annotasie en verryking van DEG's om biologiese insigte te onttrek.