Hi-C-gebaseerde genoomsamestelling
Hi-C is 'n metode wat ontwerp is om chromosoomkonfigurasie vas te vang deur ondersoekende nabyheid-gebaseerde interaksies en hoë-deurset-volgordebepaling te kombineer. Daar word geglo dat die intensiteit van hierdie interaksies negatief gekorreleer is met fisiese afstand op chromosome. Daarom word Hi-C-data gebruik om die groepering, ordening en oriëntering van saamgestelde reekse in 'n konsepgenoom te lei en dit op 'n sekere aantal chromosome te anker. Hierdie tegnologie bemagtig 'n genoomsamestelling op chromosoomvlak in die afwesigheid van 'n bevolkingsgebaseerde genetiese kaart. Elke enkele genoom het 'n Hi-C nodig.
Dienskenmerke
● Opeenvolging op Illumina NovaSeq met PE150.
● Diens vereis weefselmonsters, in plaas van onttrekte nukleïensure, om met formaldehied te kruisbind en die DNA-proteïen-interaksies te bewaar.
● Die Hi-C-eksperiment behels beperking en eindherstel van die taai punte met biotien, gevolg deur sirkulasie van die gevolglike stomp punte, terwyl die interaksies bewaar word. Die DNA word dan met streptavidien-krale afgetrek en gesuiwer vir daaropvolgende biblioteekvoorbereiding.
Diensvoordele
Oorsig van Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Wetenskap, 2009)
●Elimineer die behoefte aan genetiese bevolkingsdata:Hi-C vervang die noodsaaklike inligting wat benodig word vir aaneenlopende anker.
●Hoë merkerdigtheid:lei tot 'n hoë aaneenlopende ankerverhouding bo 90%.
●Uitgebreide kundigheid en publikasie rekords:BMKGene het groot ondervinding met meer as 2000 gevalle van Hi-C Genome Assembly van 1000 verskillende spesies en verskeie patente. Meer as 200 gepubliseerde gevalle het 'n akkumulatiewe impakfaktor van meer as 2000.
●Hoogs vaardige bioinformatika-span:met interne patente en sagteware-kopieregte vir Hi-C-eksperimente en data-analise, maak die self-ontwikkelde visualiseringsdata-sagteware dit moontlik om blokke met die hand te verskuif, om te keer, te herroep en oor te doen.
●Ondersteuning na verkope:Ons verbintenis strek verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolging, probleemoplossingshulp en V&A-sessies aan om enige navrae wat met die resultate verband hou, aan te spreek.
●Omvattende aantekening: ons gebruik veelvuldige databasisse om die gene funksioneel met geïdentifiseerde variasies te annoteer en die ooreenstemmende verrykingsanalise uit te voer, wat insigte oor veelvuldige navorsingsprojekte verskaf.
Diensspesifikasies
| Biblioteekvoorbereiding | Opeenvolgingstrategie | Aanbevole data-uitvoer | Gehaltebeheer |
| Hi-C biblioteek | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Voorbeeldvereistes
| Weefsel | Vereiste bedrag |
| Diere Viscera | ≥ 2 g |
| Dierespier | |
| Soogdier Bloed | ≥ 2 ml |
| Pluimvee/Visbloed | |
| Plant- Vars Blaar | ≥ 3 g |
| Gekweekte selle | ≥ 1x107 |
| Insek | ≥ 2 g |
Dienswerkvloei
Eksperiment ontwerp
Voorbeeld aflewering
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
1) Rou data QC
2) Hi-C biblioteek QC: skatting van geldige Hi-C interaksies
3) Hi-C-samestelling: groepering van contigs in groepe, gevolg deur contig-ordening binne elke groep en toewysing van contig-oriëntasie
4) Hi-C evaluering
Hi-C Library QC – skatting van Hi-C geldige interaksiepare
Hi-C Assembly – statistieke
Na-samestelling evaluering – hittekaart van seinintensiteit tussen houers
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se Hi-C-monteerdienste gefasiliteer word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Tian, T. et al. (2023) 'Genoomsamestelling en genetiese disseksie van 'n prominente droogtebestande mieliekiemplasma', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), pp. 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'A Chromosome-Scale Assembly of the Asian Heuningby Apis cerana Genome', Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Openbaring van evolusie van tropaanalkaloïedbiosintese deur twee genome in die Solanaceae-familie te ontleed', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Genome van die Banyan-boom en bestuiwer-wesp bied insig in Fig-Wesp Co-evolution', Sel, 183(4), pp. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
