Exclusive Agency for Korea

Bmkcloud teken aan

Produkte

Hi-C gebaseerde chromatieninteraksie

HI-C is 'n metode wat ontwerp is om genomiese konfigurasie vas te lê deur ondersoeke na nabyheidsgebaseerde interaksies en hoë-deur-volgorde te kombineer. Die metode is gebaseer op chromatien-verknoping met formaldehied, gevolg deur spysvertering en herverbinding op 'n manier wat slegs fragmente wat kovalent gekoppel is, ligeringprodukte sal vorm. Deur hierdie ligeringprodukte op te volg, is dit moontlik om die 3D -organisasie van die genoom te bestudeer. HI-C maak dit moontlik om die verspreiding van die gedeeltes van die genoom wat liggies verpak is, te bestudeer ('n kompartemente, euchromatien) en meer geneig om transkripsioneel aktief te wees, en die streke wat nouer gepak is (B-kompartemente, heterochromatien). HI-C kan ook gebruik word om topologies geassosieerde domeine (TAD's), streke van die genoom wat gevoude strukture het, vas te stel en waarskynlik soortgelyke uitdrukkingspatrone het, en om chromatienlusse te identifiseer, DNA-streke wat deur proteïene geanker is en wat is dikwels verryk in regulerende elemente. BMKGene se HI-C-volgorde-diens bemagtig navorsers om die ruimtelike dimensies van genomika te ondersoek, en open nuwe moontlikhede vir die verstaan van genoomregulering en die implikasies daarvan in gesondheid en siektes.

Kontak ons

Diensbesonderhede

Bioinformatika

Demo -resultate

Publikasies aangebied

Diensfunksies

● Opeenvolging op Illumina Novasq met PE150.

● Diens benodig weefselmonsters, in plaas van onttrekte nukleïensure, om met formaldehied te verknop en die DNA-proteïeninteraksies te bewaar.

● Die HI-C-eksperiment behels beperking en eindherstel van die klewerige ente met biotien, gevolg deur sirkelvormig van die gevolglike stomp eindes terwyl die interaksies behou word. Die DNA word dan met streptavidinkrale afgetrek en gesuiwer vir die daaropvolgende biblioteekvoorbereiding.

Diensvoordele

●Optimale beperkingensiemontwerp: Om 'n hoë HI-C-doeltreffendheid op verskillende spesies met tot 93% geldige interaksiepare te verseker.

●Uitgebreide kundigheid en publikasierekords:Bmkgene het groot ervaring met> 2000 HI-C-opeenvolgende projekte van 800 verskillende spesies en verskillende patente. Meer as 100 gepubliseerde gevalle met 'n akkumulatiewe impakfaktor van meer as 900.

●Hoogs geskoolde bioinformatika-span:met interne patente en kopiereg van sagteware vir HI-C-eksperimente en data-analise en 'n selfontwikkelde visualiseringsdata-sagteware.

●Ondersteuning na verkope:Ons verbintenis strek verder as die voltooiing van die projek met 'n 3-maande-nasale diensperiode. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolging, probleemoplossing van hulp en vrae en vrae aan om enige vrae wat met die resultate verband hou, aan te spreek.

●Omvattende aantekening: Ons gebruik verskeie databasisse om die gene funksioneel met geïdentifiseerde variasies te annoteer en die ooreenstemmende verrykingsanalise uit te voer, met insigte oor verskeie navorsingsprojekte.

Dienspesifikasies

Biblioteek

Volgorde -strategie

Aanbevole data -uitset

Hi-C seinoplossing

HI-C-biblioteek

Illumina PE150

Chromatienlus: 150x

TAD: 50x

Chromatienlus: 10kb

TAD: 40kb

Diensvereistes

Voorbeeldtipe	Vereiste bedrag
Diereweefsel	≥2g
Volbloed	≥2 ml
Swam	≥1g
Plant- jong weefsel	1g/aliquot, 2-4 ALIKATES AANBEVELING
Gekweekte selle	≥1x10⁷

Vorige: Tguide Smart Magnetic Plant RNA Kit

Volgende: DNBSEQ voorafgemaakte biblioteke

Sluit die volgende ontleding in:

● rou data QC;

● Kartering en HI-C-biblioteek QC: geldige interaksiepare en eksponente vir interaksiebederf (IDES);

● Genoomwye interaksieprofiel: CIS/trans-analise en HI-C-interaksiekaart;

● Analise van die verspreiding van A/B -kompartement;

● Identifisering van TAD's en chromatienlusse;

● Differensiële analise op 3D -chromatienstruktuurelemente tussen monsters en ooreenstemmende funksionele aantekening van gepaardgaande gene.

GOS- en trans -verhoudingsverspreiding

Hittekaart van chromosomale interaksies tussen monsters

Genoomwye verspreiding van A/B-kompartemente

Genoomwye verspreiding van chromatienlusse

Visualisering van TAD's

Ontdek die navorsingsvorderings wat deur BMKGene se HI-C-volgorde-dienste vergemaklik word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.

Meng, T. et al. (2021) ''n Vergelykende geïntegreerde multi-omika-analise identifiseer CA2 as 'n nuwe teiken vir chordoma',Neuro-onkologie, 23 (10), pp. 1709–1722. doi: 10.1093/neuonc/noab156.

Xu, L. et al. (2021) '3D-disorganisasie en herrangskikking van genoom bied insigte in patogenese van NAFLD deur geïntegreerde hi-c, nanopore en RNA-volgorde',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11 (10), pp. 3150–3164. doi: 10.1016/j.apsb.2021.03.022.