Genoomwye Assosiasie Analise
Werkvloei
Diensvoordele
●Uitgebreide kundigheid en publikasie rekords: met opgehoopte ondervinding in GWAS, het BMKGene honderde spesieprojekte in bevolkings-GWAS-navorsing voltooi, navorsers bygestaan om meer as 100 artikels te publiseer, en die kumulatiewe impakfaktor het 500 bereik.
● Omvattende bioinformatika-analise: werkvloei sluit SNP-eienskap-assosiasie-analise in, wat 'n stel kandidaatgene en hul ooreenstemmende funksionele annotasie lewer.
●Hoogs bekwame bioinformatika-span en kort ontledingsiklus: met groot ervaring in gevorderde genomika-analise, lewer BMKGene se span omvattende ontledings met 'n vinnige omkeertyd.
●Ondersteuning na verkope:Ons verbintenis strek verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolging, probleemoplossingshulp en V&A-sessies aan om enige navrae wat met die resultate verband hou, aan te spreek.
Diensspesifikasies en vereistes
| Tipe volgordebepaling | Aanbevole bevolkingskaal | Opeenvolgingstrategie | Nukleotiedvereistes |
| Hele genoom volgordebepaling | 200 monsters | 10x | Konsentrasie: ≥ 1 ng/ µL Totale hoeveelheid≥ 30ng Beperk of geen agteruitgang of kontaminasie nie |
| Spesifieke Lokus Amplified Fragment (SLAF) | Merker diepte: 10x Aantal merkers: < 400 Mb: WGS word aanbeveel < 1 Gb: 100K merkers 1 Gb > 2Gb: 300K-etikette Maksimum 500 000 etikette | Konsentrasie ≥ 5 ng/µL Totale hoeveelheid ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Agarose gel: geen of beperkte afbraak of kontaminasie
|
Materiaalkeuse
Verskillende variëteite, subspesies, landrasse/genebanke/gemengde families/wilde hulpbronne
Verskillende variëteite, subspesies, landrasse
Half-sib-gesin/volsib-gesin/wilde hulpbronne
Dienswerkvloei
Eksperiment ontwerp
Voorbeeld aflewering
RNA-ekstraksie
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
Sluit die volgende ontleding in:
- Genoomwye assosiasie-analise: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM model
- Funksionele annotasie van kandidaatgene
SNP-eienskap assosiasie analise - Manhattan plot
SNP-eienskap assosiasie analise – QQ plot
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se de GWAS-dienste gefasiliteer word deur 'n saamgestelde versameling publikasies:
Lv, L. et al. (2023) 'Insig in die genetiese basis van ammoniakverdraagsaamheid by skeermossel Sinonovacula constricta deur genoomwye assosiasiestudie',Akwakultuur, 569, bl. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) 'Multi-omics-ontledings van 398 vosstertgiersttoetredings onthul genomiese streke wat verband hou met huishouding, metabolieteienskappe en anti-inflammatoriese effekte',Molekulêre Plant, 15(8), pp. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) 'Genomewye assosiasie-kartering van hulles skaars fenotipes in droogte-omgewing',Grense in Plantkunde, 13, bl. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, wat 'n sulfotransferase kodeer, verleen weerstand teen sojaboon-mosaïekvirusstamme G2 en G3',Plant, Sel & Omgewing, 44(8), pp. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
