De novo Swam Genoom Vergadering
BMKGENE bied veelsydige oplossings vir swamgenome, wat voorsiening maak vir uiteenlopende navorsingsbehoeftes en verlangde genoom volledigheid. Die gebruik van kortlees Illumina-volgordebepaling alleen laat die generering van 'n konsepgenoom toe. Kortlees- en langleesvolgordebepaling met behulp van Nanopore of Pacbio word gekombineer vir 'n meer verfynde swamgenoom met langer kontiges. Boonop verbeter die integrasie van Hi-C-volgordebepaling die vermoëns verder, wat die bereiking van 'n volledige chromosoom-vlak genoom moontlik maak.
Dienskenmerke
Met drie moontlike opsies om van te kies, afhangende van die verlangde graad van genoom volledigheid:
● Konsepgenoomopsie: Kortleesvolgordebepaling met Illumina NovaSeq PE150.
● Swam Fyn Genoom Opsie:
Genoomopname: Illumina NovaSeq PE150.
Genoomsamestelling: PacBio Revio (HiFi-lees) of Nanopore PromethION 48.
● Chromosoomvlak Swamgenoom:
Genoomopname: Illumina NovaSeq PE150.
Genoomsamestelling: PacBio Revio (HiFi-lees) of Nanopore PromethION 48.
Contig-ankering met Hi-C-samestelling.
Diensvoordele
●Veelvuldige volgorde-strategieë beskikbaar: Vir verskillende navorsingsdoelwitte en vereistes van genoom volledigheid
●Voltooi bioinformatika-werkvloei:Dit sluit in genoomsamestelling en die voorspelling van veelvuldige genomiese elemente, funksionele geenannotasie en kontig-ankering.
●Uitgebreide kundigheid: Met meer as 12 000 mikrobiese genome saamgestel, bring ons meer as 'n dekade se ondervinding, 'n hoogs bekwame ontledingspan, omvattende inhoud en uitstekende na-verkope ondersteuning.
●Ondersteuning na verkope:Ons verbintenis strek verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolging, probleemoplossingshulp en V&A-sessies aan om enige navrae wat met die resultate verband hou, aan te spreek.
Diensspesifikasies
| Diens | Opeenvolgingstrategie | Gehaltebeheer |
| Konsep genoom | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| Fyn genoom | Genoomopname: Illumina PE150 50 x Samestelling: PacBio HiFi 30x of Nanopore 100x | contig N50 ≥1Mb (Pacbio Unicellular) contig N50 ≥2Mb（ONT Eensellig） contig N50 ≥500kb (Ander) |
| Chromosoom-vlak genoom | Genoomopname: Illumina PE150 50 x Samestelling: PacBio HiFi 30x of Nanopore 100x Hi-C-samestelling 100x | Kontig-ankerverhouding>90%
|
Diensvereistes
| Konsentrasie (ng/µL) | Totale hoeveelheid (µg) | Volume (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1,0-3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Eensellige swam: ≥3,5x1010 selle
Makroswam: ≥10 g
Dienswerkvloei
Voorbeeld aflewering
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
Sluit die volgende ontleding in:
Genoomopname:
- Opeenvolging van datakwaliteitsbeheer
- Genoomberaming: grootte, heterosigositeit, herhalende elemente
Fyn genoomsamestelling:
- Opeenvolging van datakwaliteitbeheer
- De novoVergadering
- Genoomkomponentanalise: Voorspelling van CDS en veelvuldige genomiese elemente
- Funksionele annotasie met veelvuldige algemene databasisse (GO, KEGG, ens.) en gevorderde databasisse (CARD, VFDB, ens.)
Hi-C-samestelling:
- Hi-C Biblioteek Assessering.
- Contigs verankering van groepering, ordening en oriëntering
- Evaluering van HI-C-samestelling: Gebaseer op verwysingsgenoom en hittekaart
Genoomopname: k-mer verspreiding
Genoomsamestelling: geen homoloë annotasie (NR databasis)
Genoomsamestelling: funksionele geenaantekening (GO)
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se swamgenoomsamestellingsdienste gefasiliteer word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Hao, J. et al. (2023) 'Geïntegreerde omiese profilering van die medisinale sampioen Inonotus obliquus onder onderwater toestande',BMC Genomics, 24(1), pp. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURE/3.
Lu, L. et al. (2023) 'Genoomvolgordebepaling onthul die evolusie en patogeniese meganismes van die koring skerp oogvlek patogeen Rhizoctonia cerealis',Die Crop Journal, 11(2), pp. 405–416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Genoomhulpbronne vir vier Clarireedia-spesies wat dollarvlek op diverse turfgrasse veroorsaak',Plantsiekte, 107(3), pp. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang, SS et al. (2023) 'Genetiese en molekulêre bewyse van 'n tetrapolêre paringstelsel in die eetbare sampioen Grifola frondosa',Tydskrif vir Fungi, 9(10), bl. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
