Vollengte mRNA-volgordebepaling-Nanopore
Kenmerke
● Vaslegging van poli-A mRNA gevolg deur cDNA sintese en biblioteek voorbereiding
● Opeenvolging van die vollengte transkripsies
● Bioinformatiese analise gebaseer op belyning met 'n verwysingsgenoom
● Bioinformatiese analise sluit nie net uitdrukking op geen- en isovormvlak in nie, maar ook ontleding van lncRNA, geenfusies, poli-adenilering en geenstruktuur
Diensvoordele
●Kwantifisering van uitdrukking op die isovormvlak: wat gedetailleerde en akkurate uitdrukkingsanalise moontlik maak, verandering onthul wat gemasker kan word wanneer die hele geenuitdrukking ontleed word
●Verminderde data-eise:In vergelyking met Next-Generation Sequencing (NGS), toon Nanopore-volgordebepaling laer datavereistes, wat voorsiening maak vir ekwivalente vlakke van geenuitdrukking-kwantifikasieversadiging met kleiner data.
●Hoër akkuraatheid van uitdrukkingskwantifisering: beide op geen- en isovormvlak
●Identifikasie van bykomende transkriptomiese inligting: alternatiewe poliadenilering, samesmeltingsgene en lcnRNA en hul teikengene
●Uitgebreide kundigheid: Ons span bring 'n magdom ervaring na elke projek, wat meer as 850 Nanopore-vollengte-transkripsieprojekte voltooi het en meer as 8 000 monsters verwerk het.
●Ondersteuning na verkope: ons verbintenis strek verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolging, probleemoplossingshulp en V&A-sessies aan om enige navrae wat met die resultate verband hou, aan te spreek.
Voorbeeldvereistes en aflewering
| Biblioteek | Opeenvolgingstrategie | Data aanbeveel | Gehaltebeheer |
| Poly A verryk | Illumina PE150 | 6/12 Gb | Gemiddelde kwaliteit telling: V10 |
Voorbeeldvereistes:
Nukleotiede:
| Kons.(ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Reinheid | Integriteit |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Beperkte of geen proteïen- of DNA-kontaminasie word op gel gewys. | Vir plante: RIN≥7.0; Vir diere: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; beperkte of geen basislyn hoogte nie |
● Plante:
Wortel, stingel of blomblaar: 450 mg
Blaar of saad: 300 mg
Vrugte: 1,2 g
● Dier:
HART of Ingewande: 300 mg
Ingewande of brein: 240 mg
Spier: 450 mg
Bene, hare of vel: 1g
● Geledpotiges:
Insekte: 6g
Skaaldiere: 300 mg
● Volbloed: 1 buis
● Selle: 106 selle
Aanbevole voorbeeldaflewering
Houer: 2 ml sentrifugeerbuis (tinfoelie word nie aanbeveel nie)
Voorbeeldetikettering: Groep+repliseer bv. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Versending:
1. Droë-ys: Monsters moet in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.
2. RNA-stabiele buise: RNA-monsters kan in RNA-stabiliseringsbuise (bv. RNAstable®) gedroog word en in kamertemperatuur versend word.
Dienswerkvloei
Nukleotiede:
Voorbeeld aflewering
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
Dienswerkvloei
Weefsel:
Eksperiment ontwerp
Voorbeeld aflewering
RNA-ekstraksie
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
● Verwerking van rou data
● Transkripsie-identifikasie
● Alternatiewe splitsing
● Uitdrukkingskwantifisering in geenvlak en isovormvlak
● Differensiële uitdrukking analise
● Funksie-annotasie en -verryking (DEG's en DET's)
Alternatiewe splitsingsanalise
Alternatiewe Poliadenilasie Analise (APA)
lncRNA voorspelling
Annotasie van nuwe gene
Groepering van DET's
Proteïen-proteïennetwerke in DEG's
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se Nanopore-vollengte-mRNA-volgordebepalingsdienste gefasiliteer word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Gong, B. et al. (2023) 'Epigenetiese en transkripsionele aktivering van die sekretoriese kinase FAM20C as 'n onkogeen in glioom', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), pp. 422-433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Hy, Z. et al. (2023) 'Vollengte-transkriptoomvolgordebepaling van limfosiete reageer op IFN-γ openbaar 'n Th1-skewe immuunrespons in bot (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Vergelykende analise van PacBio- en ONT-RNA-volgordebepalingsmetodes vir Nemopilema Nomurai-gifidentifikasie', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) 'Nano-volgende analise openbaar verskillende funksionele neigings tussen eksosome en mikrovesikels afgelei van hUMSC', Stamselnavorsing en -terapie, 14(1), pp. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABELS/6.
