Eukariotiese mRNA-analise (verwysingsgebaseerde en de novo opsies beskikbaar)
Hierdie pyplyn gebruik NGS RNA-Seq-data as insette en lewer resultate van verskeie stroomaf-ontledings, insluitend maar nie beperk nie tot: volgordebepaling van datakwaliteitassessering,de novotranskripsieplekannotasie, veranderlike splitsingsanalise, differensiële uitdrukkingsanalise, funksieannotasie en verrykingsanalise.
Lang nie-koderende RNA-analise
Lang nie-koderende RNA's (lncRNA) is nie-koderende transkripsies met lengtes langer as 200 nt en bekend om rolle te speel in chromatienorganisasie en -regulering. Hoë-deurset-volgordebepalingstegnologieë en bioinformatika het ons begrip van lncRNA-volgordes en posisioneringsinligting bemagtig om lncRNA's met deurslaggewende regulatoriese funksies te identifiseer. Hierdie pyplyn verskaf lncRNA-analise bykomend tot ontledings wat in die Eukariotiese mRNA-analise-pyplyn genoem word.
16S/18S/ITS amplikon-volgordebepaling
Die Amplicon Sequencing mikrobiese diversiteit analise pyplyn is ontwikkel gebaseer op jare se ondervinding in mikrobiese diversiteit projek analise. Die pyplyn bevat gestandaardiseerde basiese analise, wat die hoofstroom-analise-inhoud van huidige mikrobiese navorsing en persoonlike analise dek. Die ontledingsverslag is ryk en omvattend, met die opsie om diverse persoonlike ontledings uit te voer. Daarbenewens kan monsters en groepe dadelik verander word vir bykomende aanpassing en beheer.
Haelgeweer Metagenomics Analise
Die haelgeweer-metagenomiese analise-pyplyn gebruik NGS-data van gemengde genomiese materiale wat uit omgewingsmonsters onttrek is. Ingesluit ontledings verskaf gedetailleerde inligting oor spesiediversiteit en volopheid, bevolkingstruktuur, filogenetiese verwantskap, funksionele gene en korrelasienetwerke met omgewingsfaktore.
NGS-WGS Variant Analise
Die NGS-WGS Variant Analysis is 'n geïntegreerde variant opsporing pyplyn wat data kwaliteit beheer, volgorde belyning, annotasie, en geen mutasie analise uitvoer. Die pyplyn volg GATK se beste praktyke vir SNP en InDel opsporing en gebruik Manta vir strukturele variant oproepe.
Genome Wide Association Studie (GWAS)
Die GWAS-pyplyn is 'n stroomaf-analise wat voorheen gegenereerde VCF-lêers en ooreenstemmende fenotipe data vir 'n groep individue as insette neem. Deur gebruik te maak van spesifieke statistiese metodologieë, poog GWAS om genoomwye nukleotiedvariasies wat met fenotipiese verskille gekorreleer is, te ontbloot. Dit speel 'n deurslaggewende rol in die ondersoek van funksionele gene wat verband hou met komplekse menslike siektes en ingewikkelde eienskappe in plante en diere.
Grootmaat segregasie-analise (BSA)
BSA-analise behels die samevoeging van individue met uiterste fenotipiese eienskappe van 'n segregerende bevolking. Deur differensiële lokusse tussen die saamgevoegde monsters te vergelyk, identifiseer hierdie benadering vinnig gekoppelde molekulêre merkers wat met teikengene geassosieer word. Dit word wyd gebruik in genetiese kartering van plante en diere, en is 'n waardevolle hulpmiddel vir merkergesteunde teling.
Evolusionêre Genetika Analise
Die Evolusionêre Genetika Analise-werkvloei maak gebruik van BMKGENE se uitgebreide ervaring in genetiese evolusieprojekte en sluit filogenetiese boomkonstruksie, koppelingswanbalansanalise, genetiese diversiteitbeoordeling, selektiewe sweep-identifikasie, verwantskapsanalise, hoofkomponent-analise en populasiestruktuurkarakterisering in.
