Takagi et al.,Die plantjoernaal, 2013
●Omvattende bioinformatiese analise:wat die skatting van genetiese diversiteit moontlik maak, wat die evolusionêre potensiaal van spesies weerspieël, en betroubare filogenetiese verwantskap tussen spesies openbaar met minimale invloed van konvergente evolusie en parallelle evolusie
●Opsionele pasgemaakte analise: soos die skatting van divergensie tyd en spoed gebaseer op variasies op nukleotied en aminosure vlak.
●Uitgebreide kundigheid en publikasie rekords: BMKGene het vir meer as 15 jaar massiewe ondervinding in populasie- en evolusionêre genetikaprojekte opgedoen, wat duisende spesies dek, ens. en het bygedra tot meer as 1000 hoëvlakprojekte wat gepubliseer is in Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, ens.
● Hoogs vaardige bioinformatika-span en kort ontledingsiklus: met groot ervaring in gevorderde genomika-analise, lewer BMKGene se span omvattende ontledings met 'n vinnige omkeertyd.
● Ondersteuning na verkope:Ons verbintenis strek verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolging, probleemoplossingshulp en V&A-sessies aan om enige navrae wat met die resultate verband hou, aan te spreek.
Tipe volgordebepaling | Aanbevole bevolkingskaal | Opeenvolgingstrategie | Nukleotiedvereistes |
Hele genoom volgordebepaling | ≥ 30 individue, met ≥ 10 individue uit elke subgroep
| 10x | Konsentrasie: ≥ 1 ng/ µL Totale hoeveelheid≥ 30ng Beperk of geen agteruitgang of kontaminasie nie |
Spesifieke Lokus Amplified Fragment (SLAF) | Merker diepte: 10x Aantal merkers: <400 Mb: WGS word aanbeveel <1Gb: 100K merkers 1 Gb >2Gb: 300K-etikette Maksimum 500 000 etikette | Konsentrasie ≥ 5 ng/µL Totale hoeveelheid ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Agarose gel: geen of beperkte afbraak of kontaminasie
|
Diens sluit in ontleding van bevolkingstruktuur (filogenetiese boom, PCA, bevolkingstratifikasiekaart), bevolkingsdiversiteit en bevolkingseleksie (skakelingswanbalans, selektiewe sweep-seleksie van voordelige terreine). Die diens kan ook pasgemaakte analise insluit (bv. divergensietyd, geenvloei).
*Demo-resultate wat hier gewys word, is almal van genome wat met BMKGENE gepubliseer is
1.Evolusie-analise bevat konstruksie van filogenetiese boom, populasiestruktuur en PCA gebaseer op genetiese variasies.
Filogenetiese boom verteenwoordig taksonomiese en evolusionêre verwantskappe tussen spesies met 'n gemeenskaplike voorouer.
PCA het ten doel om nabyheid tussen sub-bevolkings te visualiseer.
Bevolkingstruktuur toon die teenwoordigheid van geneties duidelike subpopulasie in terme van alleelfrekwensies.
Chen, ens. al.,PNAS, 2020
2.Selektiewe vee
Selektiewe sweep verwys na 'n proses waardeur 'n voordelige webwerf gekies word en frekwensies van gekoppelde neutrale werwe verhoog word en dié van ongekoppelde webwerwe word verminder, wat lei tot 'n vermindering van streeks.
Genoomwye opsporing op selektiewe sweepstreke word verwerk deur die berekening van bevolkingsgenetiese indeks (π,Fst, Tajima's D) van alle SNP's binne 'n skuifvenster (100 Kb) by sekere stap (10 Kb).
Nukleotied diversiteit (π)
Tajima se D
Fiksasie-indeks (Fst)
Wu, ens. al.,Molekulêre Plant, 2018
3.Geenvloei
Wu, ens. al.,Molekulêre Plant, 2018
4. Demografiese geskiedenis
Zhang, et. al.,Natuur Ekologie & Evolusie, 2021
5.Divergensie tyd
Zhang, et. al.,Natuur Ekologie & Evolusie, 2021
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se evolusionêre genetikadienste gefasiliteer word deur 'n saamgestelde versameling publikasies:
Hassanyar, AK et al. (2023) 'Ontdekking van SNP-molekulêre merkers en kandidaatgene wat geassosieer word met Sacbrood-virusweerstand in Apis cerana cerana-larwes deur geheelgenoomherrangskikking',Internasionale joernaal vir molekulêre wetenskappe, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) 'Ontdekking van 'n wilde, geneties suiwer Chinese reuse salamander skep nuwe bewaringsgeleenthede',Dierkundige Navorsing, 2022, Vol. 43, Uitgawe 3, Bladsye: 469-480, 43(3), pp. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) 'Filogeografiese patroon en populasie-evolusiegeskiedenis van inheemse Elymus sibiricus L. op Qinghai-Tibetaanse plato',Grense in Plantkunde, 13, bl. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) 'Genomiese insigte in longan-evolusie vanaf 'n chromosoomvlak-genoomsamestelling en bevolkingsgenomika van longan-toetredings',Tuinbounavorsing, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.