Exclusive Agency for Korea

条形banner-03

Produkte

Evolusionêre Genetika

Evolusionêre Genetika is 'n omvattende volgordebepalingdiens wat ontwerp is om 'n insiggewende interpretasie van die evolusie binne 'n groot groep individue te bied, gebaseer op genetiese variasies, insluitend SNP's, InDels, SV's en CNV's. Hierdie diens sluit alle noodsaaklike ontledings in wat nodig is om die evolusionêre verskuiwings en genetiese kenmerke van bevolkings toe te lig, insluitend assesserings van bevolkingstruktuur, genetiese diversiteit en filogenetiese verwantskappe. Boonop delf dit in studies oor geenvloei, wat ramings van effektiewe bevolkingsgrootte en divergensietyd moontlik maak. Evolusionêre genetikastudies lewer waardevolle insigte oor die oorsprong en aanpassings van spesies.

By BMKGENE bied ons twee maniere om evolusionêre genetikastudies op groot populasies uit te voer: die gebruik van heelgenoomvolgordebepaling (WGS) of kies vir 'n verminderde verteenwoordiging genoomvolgordebepalingsmetode, die intern-ontwikkelde Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). Terwyl WGS kleiner genome pas, kom SLAF na vore as 'n koste-effektiewe alternatief vir die bestudering van groter populasies met langer genome, wat opeenvolgingskoste effektief verminder.


Diensbesonderhede

Bioinformatika

Demo resultate

Uitgestalte publikasies

Diensvoordele

1 Evolusionêre genetika

Takagi et al.,Die plantjoernaal, 2013

Omvattende bioinformatiese analise:wat die skatting van genetiese diversiteit moontlik maak, wat die evolusionêre potensiaal van spesies weerspieël, en betroubare filogenetiese verwantskap tussen spesies openbaar met minimale invloed van konvergente evolusie en parallelle evolusie

Opsionele pasgemaakte analise: soos die skatting van divergensie tyd en spoed gebaseer op variasies op nukleotied en aminosure vlak.

Uitgebreide kundigheid en publikasie rekords: BMKGene het vir meer as 15 jaar massiewe ondervinding in populasie- en evolusionêre genetikaprojekte opgedoen, wat duisende spesies dek, ens. en het bygedra tot meer as 1000 hoëvlakprojekte wat gepubliseer is in Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, ens.

● Hoogs vaardige bioinformatika-span en kort ontledingsiklus: met groot ervaring in gevorderde genomika-analise, lewer BMKGene se span omvattende ontledings met 'n vinnige omkeertyd.

● Ondersteuning na verkope:Ons verbintenis strek verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolging, probleemoplossingshulp en V&A-sessies aan om enige navrae wat met die resultate verband hou, aan te spreek.

Diensspesifikasies en vereistes

Tipe volgordebepaling

Aanbevole bevolkingskaal

Opeenvolgingstrategie

Nukleotiedvereistes

Hele genoom volgordebepaling

≥ 30 individue, met ≥ 10 individue uit elke subgroep

 

10x

Konsentrasie: ≥ 1 ng/ µL

Totale hoeveelheid≥ 30ng

Beperk of geen agteruitgang of kontaminasie nie

Spesifieke Lokus Amplified Fragment (SLAF)

Merker diepte:

10x

Aantal merkers:

<400 Mb: WGS word aanbeveel

<1Gb: 100K merkers

1 Gb

>2Gb: 300K-etikette

Maksimum 500 000 etikette

Konsentrasie ≥ 5 ng/µL

Totale hoeveelheid ≥ 80 ng

Nanodrop OD260/280=1.6-2.5

Agarose gel: geen of beperkte afbraak of kontaminasie

 

Dienswerkvloei

Voorbeeld QC

Eksperiment ontwerp

monster aflewering

Voorbeeld aflewering

Biblioteekvoorbereiding

Biblioteek konstruksie

Opeenvolging

Opeenvolging

Data-analise

Data-analise

Na verkope Dienste

Na-verkope dienste


  • Vorige:
  • Volgende:

  • SLAF流程图 -8.4改-01

    Diens sluit in ontleding van bevolkingstruktuur (filogenetiese boom, PCA, bevolkingstratifikasiekaart), bevolkingsdiversiteit en bevolkingseleksie (skakelingswanbalans, selektiewe sweep-seleksie van voordelige terreine). Die diens kan ook pasgemaakte analise insluit (bv. divergensietyd, geenvloei).

    *Demo-resultate wat hier gewys word, is almal van genome wat met BMKGENE gepubliseer is

    1.Evolusie-analise bevat konstruksie van filogenetiese boom, populasiestruktuur en PCA gebaseer op genetiese variasies.

    Filogenetiese boom verteenwoordig taksonomiese en evolusionêre verwantskappe tussen spesies met 'n gemeenskaplike voorouer.
    PCA het ten doel om nabyheid tussen sub-bevolkings te visualiseer.
    Bevolkingstruktuur toon die teenwoordigheid van geneties duidelike subpopulasie in terme van alleelfrekwensies.

    3-1 Filogenetiese-boom 3-2 PCA 3-3 Bevolkingstruktuur

    Chen, ens. al.,PNAS, 2020

    2.Selektiewe vee

    Selektiewe sweep verwys na 'n proses waardeur 'n voordelige webwerf gekies word en frekwensies van gekoppelde neutrale werwe verhoog word en dié van ongekoppelde webwerwe word verminder, wat lei tot 'n vermindering van streeks.

    Genoomwye opsporing op selektiewe sweepstreke word verwerk deur die berekening van bevolkingsgenetiese indeks (π,Fst, Tajima's D) van alle SNP's binne 'n skuifvenster (100 Kb) by sekere stap (10 Kb).

    Nukleotied diversiteit (π)
    4Nukleotieddiversiteit(π)

    Tajima se D
    5Tajima's-D

    Fiksasie-indeks (Fst)

    6Fiksasie-indeks (Fst)

    Wu, ens. al.,Molekulêre Plant, 2018

    3.Geenvloei

    7Geenvloei

    Wu, ens. al.,Molekulêre Plant, 2018

    4. Demografiese geskiedenis

    8 Demografiese geskiedenis

    Zhang, et. al.,Natuur Ekologie & Evolusie, 2021

    5.Divergensie tyd

    9Divergensie-tyd

    Zhang, et. al.,Natuur Ekologie & Evolusie, 2021

    Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se evolusionêre genetikadienste gefasiliteer word deur 'n saamgestelde versameling publikasies:

    Hassanyar, AK et al. (2023) 'Ontdekking van SNP-molekulêre merkers en kandidaatgene wat geassosieer word met Sacbrood-virusweerstand in Apis cerana cerana-larwes deur geheelgenoomherrangskikking',Internasionale joernaal vir molekulêre wetenskappe, 24(7). doi: 10.3390/IJMS24076238.

    Chai, J. et al. (2022) 'Ontdekking van 'n wilde, geneties suiwer Chinese reuse salamander skep nuwe bewaringsgeleenthede',Dierkundige Navorsing, 2022, Vol. 43, Uitgawe 3, Bladsye: 469-480, 43(3), pp. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.

    Han, M. et al. (2022) 'Filogeografiese patroon en populasie-evolusiegeskiedenis van inheemse Elymus sibiricus L. op Qinghai-Tibetaanse plato',Grense in Plantkunde, 13, bl. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.

    Wang, J. et al. (2022) 'Genomiese insigte in longan-evolusie vanaf 'n chromosoomvlak-genoomsamestelling en bevolkingsgenomika van longan-toetredings',Tuinbounavorsing, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.

    kry 'n kwotasie

    Skryf jou boodskap hier en stuur dit vir ons

    Stuur jou boodskap aan ons: