Eukariotiese mRNA-volgordebepaling-NGS
Kenmerke
● Vaslegging van poli-mRNA voor biblioteekvoorbereiding
● Opsionele rigtinggewende mRNA-biblioteekvoorbereiding om die verkryging van string-spesifieke volgordebepalingsdata moontlik te maak
● Bioinformatiese analise van geenuitdrukking en transkripsiestruktuur
Voordele
●Uitgebreide kundigheid: Ons span het meer as 600 000 monsters by BMKgene verwerk, wat strek oor uiteenlopende monstertipes soos selkulture, weefsels en liggaamsvloeistowwe. Ons bring 'n magdom ervaring na elke projek en het meer as 100 000 mRNA-Seq-projekte in verskeie navorsingsdomeine suksesvol voltooi.
●Streng kwaliteitbeheer: Ons implementeer kernbeheerpunte oor alle stadiums, van monster- en biblioteekvoorbereiding tot volgordebepaling en bioinformatika. Hierdie noukeurige monitering verseker die lewering van konsekwent hoë gehalte resultate, wat jou verseker dat jou projek in betroubare hande is.
●Omvattende aantekening: Ons gebruik veelvuldige databasisse om die Differensieel Uitgedrukte Gene (DEG's) funksioneel te annoteer en om ooreenstemmende verrykingsontledings uit te voer. Hierdie omvattende benadering bied insigte in die sellulêre en molekulêre prosesse onderliggend aan die transkriptoomreaksie, en verseker dat jy ten volle ingelig is oor jou projek se resultate.
●Ondersteuning na verkope: Ons verbintenis strek verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolging, probleemoplossingshulp en V&A-sessies aan om enige navrae wat met die resultate verband hou, aan te spreek.
Voorbeeldvereistes en aflewering
| Biblioteek | Opeenvolgingstrategie | Data aanbeveel | Gehaltebeheer |
| Poly A verryk | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6 -10 Gb | Q30≥85% |
Voorbeeldvereistes:
Nukleotiede:
| Kons.(ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Reinheid | Integriteit | |
| Standaard Biblioteek | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Beperkte of geen proteïen- of DNA-kontaminasie word op gel gewys. | Vir plante: RIN≥4.0; Vir diere: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; beperkte of geen basislyn hoogte nie |
| Rigtingsbiblioteek | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Beperkte of geen proteïen- of DNA-kontaminasie word op gel gewys. | Vir plante: RIN≥4.0; Vir diere: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; beperkte of geen basislyn hoogte nie |
● Plante:
Wortel, stingel of blomblaar: 450 mg
Blaar of saad: 300 mg
Vrugte: 1,2 g
●Dier:
HART of Ingewande: 300 mg
Ingewande of brein: 240 mg
Spier: 450 mg
Bene, hare of vel: 1g
● Geledpotiges:
Insekte: 6g
Skaaldiere: 300 mg
● Volbloed: 1 buis
● Selle: 106 selle
Aanbevole voorbeeldaflewering
Houer: 2 ml sentrifugeerbuis (tinfoelie word nie aanbeveel nie)
Voorbeeldetikettering: Groep+repliseer bv. A1, A2, A3; B1, B2, B3 ... ...
Versending:
1. Droë-ys: Monsters moet in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.
2. RNA-tafelbuise: RNA-monsters kan in RNA-stabiliseringsbuis gedroog word (bv. RNAstable®) en in kamertemperatuur versend word.
Dienswerkvloei
Eksperiment ontwerp
Voorbeeld aflewering
RNA-ekstraksie
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
Bioinformatika
Eukarioties mRNA volgordebepaling analise werkvloei
Bioinformatika
ØRou data kwaliteit beheer
ØVerwysing genoombelyning
ØTranskripsiestruktuuranalise
ØUitdrukking kwantifisering
ØDifferensiële uitdrukking analise
ØFunksie annotasie en verryking
Verwysing genoombelyning
Dataversadiging
Monsterkorrelasie en assessering van biologiese replikate
Differensieel uitgedrukte gene (DEG's)
Funksionele annotasie van DEG's
Funksionele verryking van DEG's
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se eukariotiese NGS mRNA-volgordebepalingsdienste gefasiliteer word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Huang, L. et al. (2023) 'Triclosan en triclocarban verswak die reukkapasiteit van goudvis deur reukherkenning te beperk, reukseintransduksie te ontwrig en reukinligtingverwerking te versteur', Water Research, 233, p. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ et al. (2023) 'Aspergillus fumigatus kaap menslike p11 om swambevattende fagosome na nie-degradatiewe pad te herlei', Cell Host & Microbe, 31(3), pp. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. et al. (2022) 'TCP-transkripsiefaktore betrokke by lootontwikkeling van Ma-bamboes (Dendrocalamus latiflorus Munro)', Frontiers in Plant Science, 13, p. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. et al. (2022) 'Die Chrysanthemum lavandulifolium genoom en die molekulêre meganisme onderliggend aan diverse capitulum tipes', Tuinbou Navorsing, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie et al. (2023) ''n Kaskade nanoreaktor vir die verbetering van sonodinamiese terapie op kolorektale kanker via sinergistiese ROS-aanvulling en outofagieblokkering', Nano Today, 49, p. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
