Vollengte mRNA-volgordebepaling -PacBio
Kenmerke
● cDNA sintese vanaf poli-A mRNA gevolg deur biblioteek voorbereiding
● Opeenvolging in CCS-modus, genereer HiFi-lesings
● Opeenvolging van die vollengte transkripsies
● Die ontleding vereis nie 'n verwysingsgenoom nie; dit kan egter aangewend word
● Bioinformatiese analise maak ontleding van transkripsies van isovorm lncRNA, geenfusies, poli-adenilering en geenstruktuur moontlik
Diensvoordele
●Hoë akkuraatheid: HiFi lees met akkuraatheid >99.9% (Q30), vergelykbaar met NGS
● Alternatiewe Splyting Analise: volgordebepaling van die hele transkripsies maak isovorm-identifikasie en karakterisering moontlik
●Uitgebreide kundigheid: met 'n rekord van die voltooiing van meer as 1100 PacBio-vollengte-transkripsieprojekte en die verwerking van meer as 2300 monsters, bring ons span 'n magdom ervaring na elke projek.
●Ondersteuning na verkope: ons verbintenis strek verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolging, probleemoplossingshulp en V&A-sessies aan om enige navrae wat met die resultate verband hou, aan te spreek.
Voorbeeldvereistes en aflewering
| Biblioteek | Opeenvolgingstrategie | Data aanbeveel | Gehaltebeheer |
| PolyA-verrykte mRNA CCS-biblioteek | PacBio Opvolger II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
Voorbeeldvereistes:
Nukleotiede:
● Plante:
Wortel, stingel of blomblaar: 450 mg
Blaar of saad: 300 mg
Vrugte: 1,2 g
● Dier:
HART of Ingewande: 300 mg
Ingewande of brein: 240 mg
Spier: 450 mg
Bene, hare of vel: 1g
● Geledpotiges:
Insekte: 6g
Skaaldiere: 300 mg
● Volbloed: 1 buis
● Selle: 106 selle
| Kons.(ng/μl) | Hoeveelheid (μg) | Reinheid | Integriteit |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Beperkte of geen proteïen- of DNA-kontaminasie word op gel gewys. | Vir plante: RIN≥7.5; Vir diere: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; beperkte of geen basislyn hoogte nie |
Aanbevole voorbeeldaflewering
Houer: 2 ml sentrifugeerbuis (tinfoelie word nie aanbeveel nie)
Voorbeeldetikettering: Groep+repliseer bv. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Versending:
1. Droë-ys: Monsters moet in sakke verpak en in droë-ys begrawe word.
2. RNA-stabiele buise: RNA-monsters kan in RNA-stabiliseringsbuise (bv. RNAstable®) gedroog word en in kamertemperatuur versend word.
Dienswerkvloei
Eksperiment ontwerp
Voorbeeld aflewering
RNA-ekstraksie
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
Sluit die volgende ontleding in:
● Rou data kwaliteit beheer
● Alternatiewe poliadenilasie-analise (APA)
● Fusie-transkripsie-analise
● Alternatiewe Splyting Analise
● Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)-analise
● Nuwe transkripsie-analise: voorspelling van koderingsvolgordes (CDS) en funksionele annotasie
● lncRNA-analise: voorspelling van lncRNA en teikens
● Mikrosatellietidentifikasie (SSR)
BUSCO ontleding
Alternatiewe Splicing Analise
Alternatiewe Poliadenilasie Analise (APA)
Funksionele annotasie van nuwe transkripsies
Verken die vooruitgang wat gefasiliteer word deur BMKGene se Nanopore-vollengte-mRNA-volgordebepalingsdienste in hierdie uitgesproke publikasie.
Ma, Y. et al. (2023) 'Vergelykende analise van PacBio- en ONT-RNA-volgordebepalingsmetodes vir Nemopilema Nomurai-gifidentifikasie', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) 'Die ontwikkelingsdinamika van die Populus stamtranskriptoom', Plant Biotechnology Journal, 17(1), pp. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Dynamiese veranderinge in askorbiensuurinhoud tydens vrugontwikkeling en rypwording van Actinidia latifolia ('n askorbaatryke vrugtegewas) en die geassosieerde molekulêre meganismes', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Doeltreffende voorspelling van biosintetiese weggene wat betrokke is by bioaktiewe poliepilliene in Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Gekombineerde PacBio Iso-Seq en Illumina RNA-Seq Analise van die Tuta absoluta (Meyrick) Transkriptoom en Sitochroom P450 Gene', Insects, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) ''n Opname van transkriptoomkompleksiteit met behulp van PacBio-enkelmolekule-intydse analise gekombineer met Illumina RNA-volgordebepaling vir 'n beter begrip van ricinoleïensuurbiosintese in Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
