BMKMANU S3000_Ruimtelike transkriptoom
BMKMANU S3000 Ruimtelike Transkriptoom Tegniese Skema
Kenmerke
- Resolusie: 3,5 µM
- Koldeursnee: 2,5 µM
- Aantal plekke: ongeveer 4 miljoen
- 3 moontlike opname area formate: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm of 15 mm * 20 mm
- Elke kraal met strepieskode is gelaai met onderlaag wat uit 4 afdelings bestaan:
• poli(dT)-stert vir mRNA-priming en cDNA-sintese,
• Unieke Molekulêre Identifiseerder (UMI) om amplifikasie-vooroordeel reg te stel
• Ruimtelike strepieskode
• Bindingsvolgorde van gedeeltelike lees 1 volgordebepaling-onderlaag
- H&E en fluoresserende kleuring van snitte
- Moontlikheid om selsegmenteringstegnologie te gebruik: integrasie van H&E-kleuring, fluoresserende kleuring en RNA-volgordebepaling om die grense van elke sel te bepaal en geenuitdrukking korrek aan elke sel toe te ken. Verwerking stroomaf Ruimtelike profileringsanalise gebaseer op selhouer.
- Moontlik om multivlak-resolusie-analise te bewerkstellig: Buigsame multivlak-analise wat wissel van 100um tot 3.5 um om diverse weefselkenmerke teen optimale resolusie op te los.
Voordele van BMKMANU S3000
-Verdubbeling van vangplekke tot 4 miljoen: met 'n verbeterde resolusie van 3.5 uM, wat lei tot hoër geen- en UMI-opsporing per sel. Dit lei tot verbeterde groepering van selle gebaseer op transkripsieprofiele, met fyner detail wat ooreenstem met die weefselstruktuur.
- Subsellulêre resolusie:Elke vangarea het >2 miljoen ruimtelike strepiesgekodeerde kolle bevat met 'n deursnee van 2.5 µm en 'n spasiëring van 5 µm tussen kolsentrums, wat ruimtelike transkriptoomanalise met subsellulêre resolusie (5 µm) moontlik maak.
-Multi-vlak resolusie analise:Buigsame multivlakanalise wat wissel van 100 μm tot 5 μm om diverse weefselkenmerke teen optimale resolusie op te los.
-Moontlikheid om "Drie in een skyfie" selsegmenteringstegnologie te gebruik:deur fluoressensiekleuring, H&E-kleuring en RNA-volgordebepaling op 'n enkele skyfie te kombineer, bemagtig ons "drie-in-een" analise-algoritme die identifikasie van selgrense vir daaropvolgende selgebaseerde transkriptomika.
-Versoenbaar met veelvuldige volgorde-platforms: beide NGS en langlees-volgorde beskikbaar.
-Buigsame ontwerp van 1-8 aktiewe vangarea: die grootte van die opname area is buigsaam, dit is moontlik om 3 formate te gebruik (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm en 15 mm * 20 mm)
-Eenstopdiens: integreer alle ervaring en vaardigheid-gebaseerde stappe, insluitend krio-seksie, kleuring, weefseloptimalisering, ruimtelike strepieskodering, biblioteekvoorbereiding, volgordebepaling en bioinformatika.
-Omvattende bioinformatika en gebruikersvriendelike visualisering van resultate:pakket sluit 29 ontledings en 100+ syfers van hoë gehalte in, gekombineer met die gebruik van intern ontwikkelde sagteware om selverdeling en kolgroepering te visualiseer en aan te pas.
-Pasgemaakte data-analise en visualisering: beskikbaar vir verskillende navorsingsversoeke
-Hoogs bekwame tegniese span: met ondervinding in meer as 250 weefseltipes en 100+ spesies insluitend mens, muis, soogdier, visse en plante.
-Intydse opdaterings oor die hele projek: met volle beheer van eksperimentele vordering.
-Opsionele gesamentlike analise met enkelsel mRNA volgordebepaling
Diensspesifikasies
| Voorbeeldvereistes | Biblioteek | Opeenvolgingstrategie | Data word aanbeveel | Gehaltebeheer |
| OCT-ingebedde cryo-monsters (Optimale deursnee: ongeveer. 6×6×6 mm³) 2 blokkies per monster 1 vir eksperiment, 1 vir rugsteun | S3000 cDNA-biblioteek | Illumina PE150 | 160K PE lees per 100υM (250 Gb) | RIN > 7 |
Vir meer besonderhede oor voorbeeldvoorbereidingsleiding en dienswerkvloei, praat gerus met aBMKGENE deskundige
Dienswerkvloei
In die monstervoorbereidingsfase word 'n aanvanklike grootmaat-RNA-ekstraksieproef uitgevoer om te verseker dat 'n hoë-gehalte RNA verkry kan word. In die weefseloptimaliseringstadium word die snitte gekleur en gevisualiseer en die permeabiliseringstoestande vir mRNA vrystelling uit weefsel word geoptimaliseer. Die geoptimaliseerde protokol word dan tydens biblioteekkonstruksie toegepas, gevolg deur volgordebepaling en data-analise.
Die volledige dienswerkvloei behels intydse opdaterings en kliëntbevestigings om 'n responsiewe terugvoerlus te handhaaf, wat gladde projekuitvoering verseker.
Die data wat deur BMKMANU S3000 gegenereer word, word ontleed deur gebruik te maak van die sagteware "BSTMatrix", wat onafhanklik deur BMKGENE ontwerp is, wat 'n selvlak en multivlak resolusie Gene Expression Matrix genereer. Van daar af word 'n standaardverslag gegenereer wat datakwaliteitbeheer, binnesteekproefanalise en intergroepanalise insluit.
- Datakwaliteitbeheer:
- Data-uitset en kwaliteit telling verspreiding
- Geenopsporing per kol
- Weefseldekking
- Innerlike monster analise:
- Gene rykdom
- Kolgroepering, insluitend verminderde dimensie-analise
- Differensiële uitdrukkingsanalise tussen trosse: identifikasie van merkergene
- Funksionele annotasie en verryking van merkergene
- Intergroepanalise
- Herkombinasie van kolle van beide monsters (bv. siek en kontrole) en hergroepering
- Identifikasie van merkergene vir elke groepering
- Funksionele annotasie en verryking van merkergene
- Differensiële Uitdrukking van dieselfde groep tussen groepe
Daarbenewens is die BMKGene-ontwikkelde "BSTViewer" 'n gebruikersvriendelike hulpmiddel wat die gebruiker in staat stel om die geenuitdrukking en kolgroepering teen verskillende resolusies te visualiseer.
BMKGene bied ruimtelike profieldienste teen presiese enkelsel-resolusie (gebaseer op selbak of meervlakkige vierkantige bak van 100um tot 3.5um).
Ruimtelike profileringsdata van weefselafdelings op S3000-skyfie het goed gevaar soos hieronder.
Gevallestudie 1: Muisbrein
Ontleding van 'n muisbreinseksie met S3000 het gelei tot die identifikasie van ~94 000 selle, met 'n mediaan volgordebepaling van ~2000 gene per sel. Die verbeterde resolusie van 3.5 uM het gelei tot 'n baie gedetailleerde groepering van die selle gebaseer op transkripsiepatrone, met die trosse selle wat die breingedifferensieerde strukture naboots. Dit word maklik waargeneem deur die verspreiding van selle te visualiseer wat as oligodendrosiete en mikroglia-selle gegroepeer is, wat byna uitsluitlik in onderskeidelik grys en witstof geleë is.
Gevallestudie 2: Muisembrio
Ontleding van 'n muis-embrio-seksie met S3000 het gelei tot die identifikasie van ~2200 000 selle, met 'n mediaan volgordebepaling van ~1600 gene per sel. Die verbeterde resolusie van 3.5 uM het gelei tot 'n baie gedetailleerde groepering van die selle gebaseer op transkripsiepatrone, met 12 trosse in die area van die oog en 28 trosse in die area van die brein.
Binne-steekproef Analise Selgroepering:
Merkergene-identifikasie en ruimtelike verspreiding:
- Hoër sub-sellulêre resolusie: In vergelyking met S1000-skyfie, het elke vasvangarea van S3000 >4 miljoen ruimtelike strepieskodekolle bevat met 'n deursnee van 2.5 µm en 'n afstand van 3.5 µm tussen kolsentrums, wat ruimtelike transkripsie-analise moontlik maak met hoër subsellulêre resolusie (vierkantige bak: 3,5 µm).
- Hoër vangdoeltreffendheid: vergeleke met S1000-skyfie, Median_UMI styging van 30% tot 70%, Median_Gene toename van 30% tot 60%
Skema van S1000-skyfie:
Skema van S3000-skyfie:
