BMKMANU S1000 Ruimtelike Transkriptoom
BMKMANU S1000 Ruimtelike Transkriptoom Tegniese Skema
Kenmerke
● Resolusie: 5 µM
● Koldeursnee: 2,5 µM
● Aantal kolle: ongeveer 2 miljoen
● 3 moontlike vasvangareaformate: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm of 15 mm * 20 mm
● Elke kraal met strepieskode is gelaai met onderlaag wat uit 4 afdelings bestaan:
poli(dT)-stert vir mRNA-priming en cDNA-sintese
Unieke Molekulêre Identifiseerder (UMI) om amplifikasie-vooroordeel reg te stel
Ruimtelike strepieskode
Bindingsvolgorde van gedeeltelike lees 1 volgordebepaling primer
● H&E en fluoresserende kleuring van gedeeltes
● Moontlikheid om te gebruikselsegmenteringstegnologie: integrasie van H&E-kleuring, fluoresserende kleuring en RNA-volgordebepaling om die grense van elke sel te bepaal en geenuitdrukking korrek aan elke sel toe te ken.
Voordele van BMKMANU S1000
●Subsellulêre resolusie: Elke vasvangarea het >2 miljoen ruimtelike strepiesgekodeerde kolle bevat met 'n deursnee van 2.5 µm en 'n spasiëring van 5 µm tussen kolsentrums, wat ruimtelike transkriptoomanalise met subsellulêre resolusie (5 µm) moontlik maak.
●Multivlak-resolusie-analise:Buigsame multivlakanalise wat wissel van 100 μm tot 5 μm om diverse weefselkenmerke teen optimale resolusie op te los.
●Moontlikheid om "Drie in een skyfie" selsegmenteringstegnologie te gebruik:Deur fluoressensiekleuring, H&E-kleuring en RNA-volgordebepaling op 'n enkele skyfie te kombineer, bemagtig ons "drie-in-een" analise-algoritme die identifikasie van selgrense vir daaropvolgende selgebaseerde transkriptomika.
●Versoenbaar met veelvuldige volgorde-platforms: Beide NGS en langlees-volgorde beskikbaar.
●Buigsame ontwerp van 1-8 aktiewe opname-area: Die grootte van die opname area is buigsaam, aangesien dit moontlik is om 3 formate te gebruik (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm en 15 mm * 20 mm)
●Eenstopdiens: Dit integreer alle ervaring en vaardigheid-gebaseerde stappe, insluitend krio-seksie, kleuring, weefseloptimalisering, ruimtelike strepieskodering, biblioteekvoorbereiding, volgordebepaling en bioinformatika.
●Omvattende bioinformatika en gebruikersvriendelike visualisering van resultate:pakket sluit 29 ontledings en 100+ syfers van hoë gehalte in, gekombineer met die gebruik van intern ontwikkelde sagteware om selverdeling en kolgroepering te visualiseer en aan te pas.
●Pasgemaakte data-analise en visualisering: beskikbaar vir verskillende navorsingsversoeke
●Hoogs-geskoolde Tegniese Span: met ondervinding in meer as 250 weefseltipes en 100+ spesies insluitend mens, muis, soogdier, visse en plante.
●Intydse opdaterings oor die hele projek: met volle beheer van eksperimentele vordering.
●Opsionele gesamentlike analise met enkelsel mRNA-volgordebepaling
Diensspesifikasies
|
Voorbeeld Vereistes
| Biblioteek |
Opeenvolgingstrategie
| Data aanbeveel | Gehaltebeheer |
| OCT-ingebedde cryo-monsters, 3 blokke per monster | S1000 cDNA-biblioteek | Illumina PE150 (ander platforms beskikbaar) | 100K PE lees per 100 uM (60-150 Gb) | RIN>7 |
Vir meer besonderhede oor voorbeeldvoorbereidingsleiding en dienswerkvloei, praat gerus met aBMKGENE deskundige
Dienswerkvloei
In die monstervoorbereidingsfase word 'n aanvanklike grootmaat-RNA-ekstraksieproef uitgevoer om te verseker dat 'n hoë-gehalte RNA verkry kan word. In die weefseloptimaliseringstadium word die snitte gekleur en gevisualiseer en die permeabiliseringstoestande vir mRNA vrystelling uit weefsel word geoptimaliseer. Die geoptimaliseerde protokol word dan tydens biblioteekkonstruksie toegepas, gevolg deur volgordebepaling en data-analise.
Die volledige dienswerkvloei behels intydse opdaterings en kliëntbevestigings om 'n responsiewe terugvoerlus te handhaaf, wat gladde projekuitvoering verseker.
Die data wat deur BMKMANU S1000 gegenereer word, word ontleed deur gebruik te maak van die sagteware "BSTMatrix", wat onafhanklik deur BMKGENE ontwerp is, wat 'n Gene Expression Matrix genereer. Van daar af word 'n standaardverslag gegenereer wat datakwaliteitbeheer, binnesteekproefanalise en intergroepanalise insluit.
● Datakwaliteitbeheer:
Data-uitset en kwaliteit telling verspreiding
Geenopsporing per plek
Weefsel dekking
● Binne-steekproef analise:
Gene rykdom
Kolgroepering, insluitend verminderde dimensie-analise
Differensiële uitdrukkingsanalise tussen trosse: identifikasie van merkergene
Funksionele annotasie en verryking van merkergene
● Intergroepontleding:
Herkombinasie van kolle van beide monsters (bv. siek en kontrole) en hergroepering
Identifikasie van merkergene vir elke groepering
Funksionele annotasie en verryking van merkergene
Differensiële Uitdrukking van dieselfde groep tussen groepe
Boonop is "BSTViewer" wat deur BMKGENE ontwikkel is, 'n gebruikersvriendelike hulpmiddel wat die gebruiker in staat stel om die geenuitdrukking en kolgroepering teen verskillende resolusies te visualiseer.
BMKGene het sagteware ontwikkel vir gebruikersvriendelike visualisering
BSTViewer-kolgroepering teen multi-vlak resolusie
BSTcellViewer: outomatiese en handmatige selverdeling
Binne-steekproef Analise
Kolgroepering:
Merkergene-identifikasie en ruimtelike verspreiding:
Intergroep Analise
Datakombinasie van beide groepe en hergroepering:
Merkergene van nuwe trosse:
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se ruimtelike transkriptomika-dienste met die BMKManu S1000-tegnologie gefasiliteer word in hierdie uitgesproke publikasie:
Song, X. et al. (2023) 'Ruimtelike transkriptomika onthul liggeïnduseerde chlorenchiemselle wat betrokke is by die bevordering van lootregenerasie in tamatieeelt',Verrigtinge van die Nasionale Akademie van Wetenskappe van die Verenigde State van Amerika, 120(38), bl. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
Jy, Y. et al. (2023) 'Sistematiese vergelyking van volgordebepaling-gebaseerde ruimtelike transkriptomiese metodes',bioRxiv, bl. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
