De novo Bakteriële Genoom Vergadering
Ons bied 'n volledige bakteriese genoom-samestellingsdiens, wat 0 gapings waarborg. Dit is moontlik deur die integrasie van langleesvolgordebepalingtegnologieë, soos Nanopore en PacBio vir samestelling en kortleesvolgordebepaling met Illumina vir samestellingvalidering en foutkorreksie van ONT-lesings. Ons diens bied die volledige bioinformatiese werkvloei van samestelling, funksionele annotasie en gevorderde bioinformatiese analise, wat spesifieke navorsingsdoelwitte vervul. Hierdie diens maak die ontwikkeling van presiese verwysingsgenome vir verskeie genetiese en genomiese studies moontlik. Daarbenewens vorm dit die basis vir toepassings soos stamoptimalisering, genetiese ingenieurswese en mikrobiese tegnologie-ontwikkeling, wat betroubare en gapingsvrye genomiese data verseker wat noodsaaklik is vir die bevordering van wetenskaplike insigte en biotegnologiese innovasie.
Dienskenmerke
● Met twee moontlike opsies om van te kies, afhangende van die verlangde graad van genoom volledigheid.
● Konsepgenoomopsie: Kortleesvolgordebepaling met Illumina NovaSeq PE150.
● Voltooi 0 gaping genoom.
● Langleesvolgordebepaling op Nanopore PromethION 48 of PacBio Revio vir genoomsamestelling.
● Kortleesvolgordebepaling op Illumina NovaSeq vir genoomvalidering en foutkorreksie (Nanopore) of om 'n konsepgenoom te genereer.
Diensvoordele
●Zero-Gap Genoom Gewaarborg: Dit is as gevolg van die integrasie van Illumina-volgordebepaling met langleesvolgordebepaling (Nanopore of PacBio).
●Voltooi bioinformatika-werkvloei:Dit sluit in genoomsamestelling en voorspelling van veelvuldige genomiese elemente, funksionele geenannotasie en genoomvisualiserings soos Circos plot.
●Uitgebreide kundigheid: Met meer as 20 000 mikrobiese genome wat saamgestel is, bring BMKGENE meer as 'n dekade se ondervinding, 'n hoogs bekwame ontledingspan, omvattende inhoud en uitstekende na-verkope ondersteuning.
●Ondersteuning na verkope:Ons verbintenis strek verder as projekvoltooiing met 'n 3-maande na-verkope dienstydperk. Gedurende hierdie tyd bied ons projekopvolging, probleemoplossingshulp en V&A-sessies aan om enige navrae wat met die resultate verband hou, aan te spreek.
●Meervoudige volgordebepalingstrategieë beskikbaar:Vir verskillende navorsingsdoelwitte en vereistes van genoom volledigheid.
Diensspesifikasies
| Diens | Opeenvolgingstrategie |
| Konsep genoom | Illumina PE150 100x |
| 0 Gaping genoom | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (opsioneel) |
Voorbeeldvereistes:
| Konsentrasie (ng/µL) | Totale hoeveelheid (µg) | Volume (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,0 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1,0-3,0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bakterieë: ≥3,5x1010 selle
Dienswerkvloei
Voorbeeld aflewering
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
Sluit die volgende ontleding in:
● Opeenvolging van datakwaliteitbeheer
● Genoom Vergadering
● Genoomkomponentanalise: Voorspelling van CDS en veelvuldige genomiese elemente
● Funksionele annotasie met veelvuldige algemene databasisse (GO, KEGG, ens.) en gevorderde databasisse (KAART, VFDB, ens.)
● Genoomvisualisering
Ons verskaf die genoom in 'n maklik toeganklike fasta-formaat en die genoom-aantekeninglêer (gff).
Geen-aantekening – GO
Geen annotasie – CAZY koolhidrate
Genoomvisualisering – Circos plot
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se bakteriese genoomsamestellingsdienste gefasiliteer word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Dai, W. et al. (2023) 'Ontdekking van Bacteroides uniformis F18-22 as 'n veilige en nuwe probiotiese bakterie vir die behandeling van ulseratiewe kolitis van die gesonde menslike kolon',Internasionale Tydskrif vir Molekulêre Wetenskappe, 24(19), bl. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) 'Multimiddelweerstandige Proteus mirabilis-isolate wat blaOXA-1 en blaNDM-1 van wild in China dra: toenemende openbare gesondheidsrisiko',Integrerende Dierkunde, 16(6), pp. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) 'Volledige genoomvolgorde van endofiet Bacillus flexus KLBMP 4941 openbaar sy plantgroeibevorderingsmeganisme en genetiese basis vir soutverdraagsaamheid',Tydskrif vir Biotegnologie, 260, pp. 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) 'Meervoudige-replikon weerstandsplasmiede van Klebsiella bemiddel uitgebreide verspreiding van antimikrobiese gene',Grense in mikrobiologie, 12, bl. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
