Amplicon -volgorde (16S/18S/ITS)

Amplicon (16S/18S/ITS) se volgorde met Illumina is 'n metode om mikrobiese diversiteit te ontleed deur mikrobiese profiele volgens hul rye te identifiseer en dan die gemeenskap se rykdom en diversiteit binne elke monster en tussen monsters te bepaal. Die BMKCloud Amplicon (NGS) pypleiding laat die ontleding van 16S, 18S, sy en veelvuldige funksionele gene toe. Dit begin met lees-afwerking, gepaarde-end-lees-montering en kwaliteitsassessering, gevolg deur groepering van soortgelyke lesings om operasionele taksonomiese eenhede (OTU's) te genereer wat in ses verskillende ontledingsafdelings gebruik word. Taksonomiese aantekening verskaf inligting oor die relatiewe oorvloed en samestelling van elke monster, terwyl alfa- en beta -diversiteitsanalises onderskeidelik op mikrobiese diversiteit binne en tussen monsters fokus. Differensiële analise tussen groepe vind OTU's wat verskil met behulp van beide parametriese en nie-parametriese toetse, terwyl korrelasie-analise hierdie verskille met omgewingsfaktore in verband bring. Laastens word funksionele geenoorvloed voorspel op grond van die oorvloed van merkergeen, wat insig bied in funksie en ekologie in elke monster.