16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Dienskenmerke
● Volgorde-platform: PacBio Revio
● Volgordemodus: CCS (HiFi-lees)
● Versterking van teikengebied gevolg deur tandemkoppeling van amplikone voor HiFi SMRT klok biblioteek voorbereiding
Diensvoordele
●Hoër taksonomiese resolusie: Than kort-amplikoon volgordebepaling,wat hoër OTU-klassifikasiekoerse op spesievlak moontlik maak.
●Hoogs akkurate basisoproepe: PacBio CCS-modus volgordebepaling (HiFi-lees).
●Isolasievry: Vinnige identifikasie van mikrobiese samestelling in omgewingsmonsters.
●Wyd toepaslik: Diverse mikrobiese gemeenskapstudies.
●Omvattende bioinformatiese analise: Die nuutste QIIME2-pakket (kwantitatiewe insig in mikrobiese ekologie) met uiteenlopende ontledings in terme van databasis, annotasie, OTU/ASV.
●Uitgebreide kundigheid: Met duisende amplicon-volgorde-projekte wat jaarliks uitgevoer word, bring BMKGENE meer as 'n dekade se ondervinding, 'n hoogs bekwame ontledingspan, omvattende inhoud en uitstekende na-verkope ondersteuning.
Diensspesifikasies
| Biblioteek | Opeenvolgingstrategie | Data aanbeveel |
| Amplikon | PacBio Revio | 10/30/50 K-merkers (CCS) |
Voorbeeldvereistes
| Konsentrasie (ng/µL) | Totale hoeveelheid (µg) | Volume (µL) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Aanbevole voorbeeldaflewering
Vries die monsters in vloeibare stikstof vir 3-4 uur en stoor in vloeibare stikstof of -80 grade tot langtermyn bespreking. Monsterversending met droë-ys word vereis.
Dienswerkvloei
Voorbeeld aflewering
Biblioteek konstruksie
Opeenvolging
Data-analise
Na-verkope dienste
Sluit die volgende ontleding in:
● Rou data kwaliteit beheer
●OTU-groepering/de-geraas (ASV)
●OTU-aantekening
●Alfa-diversiteitsanalise: veelvuldige indekse, insluitend Shannon, Simpson en ACE.
●Beta diversiteit analise
●Intergroepontleding
●Korrelasie-analise: tussen omgewingsfaktore en OUT samestelling en diversiteit
●16S funksionele geen voorspelling
Histogram van taksonomiese verspreiding
Filogenetiese boom vir gemeenskapsverspreiding
Alfa-diversiteitsanalise: GOS
indeks
Beta-diversiteitsanalise: PCoA
Intergroepanalise: ANOVA
Verken die vooruitgang wat deur BMKGene se amplicon-volgordebepalingsdienste met PacBio gefasiliteer word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Gao, X. en Wang, H. (2023) 'Vergelykende Analise van Rumen-bakterie-profiele en -funksies tydens aanpassing aan verskillende fenologie (Regreen vs. Grassy) in Alpe Merino Skape met Twee Groeiende Stadia op 'n Alpine Meadow', Fermentation, 9( 1), bl. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Li, S. et al. (2023) 'Om die mikrobiese donker materie in woestyngrond vas te vang deur gebruik te maak van kulturomika-gebaseerde metagenomika en hoë-resolusie-analise', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), pp. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. et al. (2022) 'Effekte van vetsuursoute op fermentasie-eienskappe, bakteriese diversiteit en aërobiese stabiliteit van gemengde kuilvoer wat met lusern, rysstrooi en koringsemels voorberei is', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), pp. 1475– 1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Yang, J. et al. (2023) 'Die interaksie tussen oksidatiewe stres-biomerkers en dermmikrobiota in die antioksidante-effekte van uittreksels uit Sonchus brachyotus DC. in Oxazolone-geïnduseerde intestinale oksidatiewe stres in volwasse sebravis', Antioksidante 2023, Vol. 12, Bladsy 192, 12(1), bl. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
