16S/18S/sy amplicon-volgorde-ngs
Diensfunksies
● Opeenvolgingplatform: Illumina Novasq.
● Versterking van kort streke van 16S, 18S en ITS, onder andere versterkte teikens.
● Buigsame keuses van amplicon.
● Vorige projekervaring met veelvuldige versterkingsteikens.
Diensvoordele
●Isolasievry:Vinnige identifikasie van mikrobiese samestelling in omgewingsmonsters.
●Hoë resolusie: In lae-oorvloedige komponente in omgewingsmonsters.
●Wyd toepaslik: Diverse mikrobiese gemeenskapstudies.
●Omvattende bioinformatiese analise: Die nuutste Qiime2 -pakket (kwantitatiewe insig in mikrobiese ekologie) met uiteenlopende ontledings in terme van databasis, aantekening, OTU/ASV.
●Uitgebreide kundigheid: Met 150 duisend amplicon-volgorde-projekte wat jaarliks uitgevoer word, bring BMKGene 'n dekade ervaring, 'n hoogs bekwame ontledingspan, omvattende inhoud en uitstekende ondersteuning na verkope.
Dienspesifikasies
| Biblioteek | Volgorde -strategie | Data aanbeveel |
| Amplicon | Illumina PE250 | 50/100/300K tags (lees pare) |
Diensvereistes
| Konsentrasie (ng/µl) | Totale bedrag (NG) | Volume (µl) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Grond/slyk: 1-2G
● Intestinale inhoud-Animaal: 0,5-2G
● Intestinale inhoud-insek: 0.1-0.25g
● Plantoppervlak (verrykte sediment): 0.1-0.5g
● Fermentasie-sous verrykte sediment): 0.1-0.5g
● Fekelde (groot diere): 0,5-2g
● Fekelde (muis): 3-5graan
● Pulmonale alveolêre spoelvloeistof: filterpapier
● Vaginale depper: 5-6 deppers
● Vel/geslags depper/speeksel/orale sagte weefsel/faringeale depper/rektale depper: 2-3 deppers
● Oppervlakmikroörganismes: filterpapier
● Waterliggaam/lug/biofilm: filterpapier
● Endofiete: 1-2g
● Tandheelkundige gedenkplaat: 0,5-1g
Dienswerkvloei
Monster aflewering
Biblioteekbou
Volgorde
Data -analise
Na-verkoop dienste
Sluit die volgende ontleding in:
- Rou data -kwaliteitskontrole
- OTU Clustering /De-Noise (ASV)
- OTU -aantekening
- Alfa -diversiteitsanalise: veelvuldige indekse, insluitend Shannon, Simpson en Ace.
- Beta -diversiteitsanalise
- Intergroepanalise
- Korrelasie -analise: tussen omgewingsfaktore en outsamestelling en diversiteit
- 16S funksionele geenvoorspelling
Histogram van taksonomiese verspreiding
Taksonomiese oorvloed groepering van hittekaart
Alfa -diversiteitsanalise: seldsame kromme
Beta -diversiteitsanalise: NMD's
Intergroepanalise: Lefse Biomarker Discovery
Ontdek die vooruitgang wat deur BMKGene se Amplicon -volgorde -dienste met Illumina vergemaklik word deur 'n saamgestelde versameling publikasies.
Dong, C. et al. (2022) 'Vergadering, kernmikrobiota, en funksie van die rhizosfeer grond- en basmikrobiota in eucommia ulmoides', grense in mikrobiologie, 13. doi: 10.3389/fmicb.2022.855317/vol.
Li, Y. et al. (2023) 'Sintetiese bakteriële konsortia-oorplanting vir die behandeling van gardnerella vaginalis-geïnduseerde bakteriële vaginose by muise', mikrobioom, 11 (1), pp. 1-14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. en Liu, H. (2022) 'Microbiome of Air Dust versamel tydens die grondgebaseerde geslote bio-afleidende lewensondersteuningseksperiment “Lunar Palace 365”', omgewingsmikrobiome, 17 (1), pp. 1–20. doi: 10.1186/s40793-022-00399-0/syfers/8.
Yin, S. et al. (2022) 'Voer-afhanklike oorvloed van funksionele gene wat verband hou met stikstoftransformasie-beheerde stikstofverlies in kompostering', Bioresource Technology, 361, p. 127678. Doi: 10.1016/j.biortech.2022.127678.
